genome.fa.s394.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold394
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241827

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 212 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8036--8062	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
12212--12330	52	2.3	51	94	1	202	30	17	17	34	1.93
12339--12363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12404--12470	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
12426--12450	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13330--13398	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
13206--13492	49	5.8	49	82	8	300	32	16	25	26	1.96
13513--13934	30	14.3	29	77	10	331	24	16	29	28	1.97
13513--13938	60	7.2	59	78	9	388	24	16	29	28	1.97
13760--13934	29	6.0	29	81	6	183	26	18	29	26	1.98
13655--13929	121	2.3	116	79	7	286	27	16	29	26	1.97
18243--18330	32	2.9	29	78	8	95	28	23	12	35	1.91
18243--18376	29	4.4	30	73	10	92	26	26	13	33	1.93
18378--18569	73	2.6	73	84	4	219	22	23	14	39	1.91
18453--18572	37	3.3	37	65	15	95	20	27	14	37	1.91
18450--18850	112	3.5	114	80	7	427	21	25	14	38	1.92
18450--18888	230	1.9	228	82	5	544	20	25	14	38	1.91
18680--18970	37	7.7	37	69	11	135	23	26	13	37	1.92
18803--19511	36	18.8	36	68	15	283	22	25	15	36	1.94
18591--19155	305	1.9	303	84	4	771	21	25	14	37	1.92
19002--19107	37	2.9	37	72	6	108	21	25	15	37	1.92
19065--19149	44	1.9	44	87	0	125	20	22	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18872--19165	115	2.6	115	78	5	319	22	25	13	38	1.91
19145--19213	32	2.2	32	84	2	86	23	23	18	34	1.96
19044--19313	149	1.8	149	84	4	375	23	25	15	35	1.94
18450--19511	117	9.3	113	73	14	381	21	25	15	37	1.93
18609--19511	36	23.8	39	68	15	180	21	25	15	36	1.93
20165--20218	20	2.7	20	88	2	81	42	11	14	31	1.81
21608--21696	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
21588--21717	32	4.0	32	97	1	242	34	12	17	35	1.87
21586--21715	19	7.8	18	70	29	110	33	12	17	36	1.87
21758--21782	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21771--21919	52	2.9	52	87	4	219	34	17	16	30	1.93
26191--26309	52	2.3	52	97	0	220	28	17	18	35	1.94
26191--26332	52	2.7	52	89	4	198	30	16	17	34	1.93
26374--26398	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26352--26418	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
29846--30325	79	6.1	77	74	11	364	29	24	12	33	1.91
29800--30325	158	3.3	156	81	7	494	29	24	11	34	1.91
29846--30282	237	1.8	236	82	5	560	28	24	11	35	1.90
34895--34922	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
34967--35039	32	2.2	34	85	4	96	32	15	13	38	1.86
34993--35018	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35077--35115	21	1.9	20	89	5	60	35	10	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35874--36144	49	5.6	49	77	8	277	30	18	26	25	1.98
35908--36151	43	5.2	43	73	16	182	29	18	26	25	1.98
35855--36048	92	2.1	93	86	2	266	30	18	25	25	1.98
36146--36254	27	3.5	32	81	15	140	26	14	37	21	1.92
36135--36232	27	3.5	27	76	22	103	29	13	33	23	1.93
36135--36254	60	2.0	60	89	7	185	28	14	35	21	1.92
36249--36495	29	8.6	29	84	4	268	22	17	29	31	1.96
36249--36495	59	4.3	59	82	7	301	22	17	29	31	1.96
37919--38008	1	90.0	1	69	0	54	0	3	12	84	0.74
37919--38004	31	2.5	33	76	20	88	0	3	12	83	0.76
37920--38010	26	3.5	25	83	4	101	0	3	13	83	0.76
37922--37995	37	2.0	38	86	7	107	0	4	13	82	0.81
37919--38010	32	2.8	31	79	11	96	0	3	13	83	0.76
51912--51937	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
51990--52075	19	4.7	19	70	20	67	37	17	10	34	1.84
51982--52052	32	2.2	32	92	0	115	39	18	9	32	1.83
59522--59598	20	3.8	20	80	0	73	44	10	6	38	1.65
60999--62008	153	6.5	155	72	10	523	41	18	15	24	1.89
61057--61715	310	2.1	307	79	4	684	42	20	14	23	1.88
61116--62031	153	5.9	154	74	8	610	39	18	16	24	1.91
70765--70789	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70745--70811	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70852--70876	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70885--71013	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	30	1.94
78926--79012	29	3.0	29	66	22	74	27	11	12	48	1.76
78897--79012	58	2.0	58	84	3	153	26	12	12	49	1.75
79086--79273	58	3.3	57	70	5	153	27	13	17	42	1.87
80513--80554	15	2.6	16	85	7	50	54	0	2	42	1.13
81289--82164	475	1.8	475	84	7	1209	48	8	7	35	1.62
82049--82112	23	2.7	22	77	17	67	65	0	0	34	0.93
82042--82110	21	3.3	22	79	18	76	63	0	0	36	0.94
87023--87076	28	2.0	28	85	10	76	35	0	0	64	0.94
91168--91192	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
91150--91211	32	1.9	32	87	9	90	25	16	17	40	1.90
91181--91254	20	3.8	20	94	1	123	28	20	16	35	1.94
91283--91336	20	2.7	20	85	5	74	33	11	16	38	1.84
99904--99948	20	2.2	20	100	0	90	40	17	15	26	1.90
99912--99956	20	2.2	20	92	0	72	44	20	13	22	1.85
100829--101379	48	11.8	48	74	14	377	29	18	25	25	1.98
100829--101109	49	5.6	50	80	5	273	30	17	25	25	1.97
100829--101292	149	3.3	150	75	13	390	29	18	25	26	1.98
101039--101418	87	4.4	87	90	1	537	28	20	25	25	1.99
101170--101418	39	5.9	39	73	17	212	28	21	25	24	1.99
101440--101535	30	3.3	30	77	10	101	17	17	29	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101515--102029	33	16.9	31	74	15	352	31	13	33	20	1.92
101549--102046	27	16.6	27	72	18	314	31	14	34	20	1.92
101509--101686	88	2.0	87	86	3	250	32	12	30	23	1.92
101569--102082	60	8.4	60	80	8	502	31	13	34	20	1.92
101549--102142	152	3.9	148	81	8	524	31	13	33	21	1.92
102030--102273	32	7.6	32	84	5	316	32	13	29	24	1.94
102030--102273	95	2.5	96	93	1	400	32	13	29	24	1.94
102030--102283	63	4.0	64	84	7	313	33	13	29	23	1.93
103593--103649	9	6.1	9	78	17	55	1	1	12	84	0.79
103582--103650	13	5.5	12	80	19	79	1	1	13	84	0.77
103582--103650	25	2.8	24	79	20	79	1	1	13	84	0.77
103583--103683	37	2.8	36	78	16	109	1	5	10	81	0.95
103580--103674	23	4.0	21	76	17	73	1	7	9	82	0.90
103580--103680	38	2.7	36	74	18	75	0	6	10	81	0.93
103583--103682	11	8.5	11	75	15	67	1	6	11	82	0.90
106325--106364	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
108078--108122	22	2.0	22	100	0	90	31	4	26	37	1.76
108704--108754	20	2.6	20	87	3	68	33	17	13	35	1.89
108701--108754	19	2.8	19	85	2	72	31	16	14	37	1.89
111697--111753	21	2.7	21	94	0	96	31	10	17	40	1.84
111809--111908	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
111830--111886	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111811--111905	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
111948--111973	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111928--111994	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
114446--114518	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
114501--114617	51	2.2	53	84	3	148	27	26	13	32	1.94
117174--117199	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
117153--117219	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
117603--117655	20	2.7	20	84	0	70	33	13	11	41	1.80
120159--120859	79	8.9	79	92	0	1091	31	14	26	27	1.94
122210--122275	21	3.5	21	69	26	74	21	27	6	45	1.75

Tables:   1   2