genome.fa.s395.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold395
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363785

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460--1795	51	6.4	51	69	15	202	30	25	11	32	1.91
1779--1852	28	2.6	28	89	0	103	24	31	18	25	1.98
1458--1851	212	1.9	211	88	3	596	29	26	12	31	1.93
1809--2008	77	2.6	79	80	7	203	25	29	16	29	1.97
14404--14442	11	3.5	11	89	6	60	87	10	2	0	0.65
14405--14464	12	4.8	12	80	17	61	86	6	6	0	0.70
15428--16183	55	13.4	54	86	7	974	27	27	20	24	1.99
15483--15568	27	3.1	27	62	15	68	27	29	18	24	1.98
15439--16184	171	4.4	171	94	2	1226	27	27	20	24	1.99
15429--16164	226	3.3	220	87	6	1051	27	27	20	24	1.99
16027--16109	27	3.0	28	64	22	75	28	31	20	19	1.97
21904--21971	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
21906--21968	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
21925--21949	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22011--22036	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
21991--22057	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
24571--24736	52	3.2	51	75	11	158	30	25	10	33	1.90
24720--24796	28	2.7	29	88	4	104	24	33	18	23	1.96
24398--24792	212	1.9	212	87	4	591	29	26	12	31	1.93
24750--24952	79	2.6	79	79	4	221	25	30	15	29	1.96
24458--24875	107	3.9	107	72	9	260	27	27	14	30	1.95
26607--26632	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26587--26650	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
29021--29067	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
29179--29219	13	3.2	13	96	0	73	29	14	19	36	1.92
31176--31213	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
33015--33059	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
35218--35269	19	2.7	20	84	6	70	28	11	15	44	1.81
38646--38698	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
38743--38798	19	2.9	19	83	2	67	37	16	14	32	1.88
43552--43805	29	8.7	29	86	2	328	22	18	31	28	1.97
43552--43805	59	4.3	58	86	2	328	22	18	31	28	1.97
43552--43805	88	2.9	88	86	1	339	22	18	31	28	1.97
45250--45332	6	13.3	6	79	14	80	0	2	13	84	0.72
45256--45370	14	8.1	14	73	18	87	1	5	9	83	0.87
45266--45349	25	3.3	24	80	9	96	0	5	8	85	0.73
45244--45346	51	2.0	53	85	11	142	0	4	11	83	0.79
45243--45400	32	4.9	30	75	15	106	1	6	10	81	0.95
45259--45382	51	2.4	52	80	10	132	1	7	8	83	0.89
45259--45349	1	91.0	1	71	0	65	0	5	8	85	0.73
45328--45402	33	2.3	33	95	0	132	4	10	6	78	1.06
62248--62299	8	5.9	8	75	20	50	82	13	0	3	0.80
62247--62299	19	2.9	18	77	5	61	83	13	0	3	0.79
63545--63626	14	6.2	13	74	8	58	35	13	19	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63895--64110	32	6.8	32	82	4	226	31	32	17	18	1.94
63897--64101	63	3.2	63	85	6	227	32	33	16	18	1.93
63893--64101	95	2.2	96	87	5	298	31	33	16	19	1.94
64119--64420	52	5.9	51	74	9	220	24	25	15	34	1.95
64118--64426	153	2.0	154	81	5	356	23	26	15	34	1.94
64348--64497	61	2.5	60	79	7	151	26	26	9	38	1.86
65145--65170	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
69331--69356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69311--69374	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
71890--71928	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
77502--77527	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
77482--77545	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
78832--79314	155	3.1	153	80	3	513	40	19	15	23	1.90
79594--80244	142	4.6	139	82	5	713	43	8	10	37	1.70
79594--80244	282	2.3	280	83	5	816	43	8	10	37	1.70
81661--82081	166	2.5	168	82	6	482	49	8	9	32	1.65
83345--83395	23	2.2	24	89	3	77	27	5	9	56	1.54
84668--84705	9	4.2	9	89	0	58	76	0	23	0	0.79
85610--85638	9	3.3	9	90	9	51	20	0	0	79	0.74
85630--85659	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
86786--86815	12	2.5	12	94	0	51	30	0	56	13	1.37
88704--88773	35	2.0	35	100	0	140	28	17	11	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94161--94241	40	2.0	40	100	0	162	33	7	32	27	1.84
101240--101305	18	3.4	18	67	25	53	50	0	3	46	1.16
101240--101322	41	2.0	41	93	4	141	46	1	4	46	1.31
103231--103258	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
104339--104402	33	2.0	32	84	9	85	28	14	18	39	1.90
104473--104497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105092--105123	16	2.0	16	93	0	55	40	18	6	34	1.76
106956--106993	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
107592--107647	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
107699--107762	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
107717--107742	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107699--107762	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
109974--110023	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
111821--111851	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
113884--113922	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
114033--114078	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
116345--116400	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
116452--116515	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
116470--116495	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116452--116515	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
118408--118449	21	2.0	21	85	0	57	33	7	19	40	1.78
118507--118531	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118487--118555	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
118606--118751	52	2.8	51	82	8	188	34	17	17	30	1.94
119606--119655	20	2.5	20	93	0	82	22	12	10	56	1.65
119620--119665	20	2.3	20	85	7	58	23	15	10	50	1.75
126670--126724	20	2.8	20	100	0	110	30	10	18	40	1.85
126711--126736	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
126691--126754	33	2.0	32	87	9	94	28	14	18	39	1.90
126825--126849	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128690--128855	84	2.0	84	90	0	260	33	13	21	31	1.92
130721--130746	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
130701--130764	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
131551--131576	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
134147--134185	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
134171--134250	20	3.8	20	75	15	70	42	15	13	28	1.85
139149--139246	49	2.0	49	95	0	178	40	19	9	30	1.83
142625--142749	20	5.7	20	71	18	97	41	13	16	28	1.86
144238--144262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
144346--144409	33	2.0	32	87	3	92	39	18	9	32	1.83
154029--154053	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
154041--154093	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
154135--154160	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
154115--154181	33	2.1	32	88	2	98	34	19	11	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160095--160120	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
162160--162205	23	2.0	23	83	4	58	36	4	26	32	1.76
162755--162805	21	2.5	21	77	3	59	45	15	13	25	1.83
162828--162880	20	2.7	20	82	2	63	33	16	13	35	1.88
164521--164570	20	2.5	20	83	6	57	56	18	4	22	1.58
170482--170603	51	2.4	52	83	8	153	27	28	13	30	1.95
170534--170755	76	2.8	78	80	10	249	26	26	14	32	1.94
172864--172888	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
182986--183056	1	71.0	1	74	0	61	87	7	2	2	0.73
182986--183056	16	4.2	17	79	15	69	87	7	2	2	0.73

Tables:   1   2   3