genome.fa.s395.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold395
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363785

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 245 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182987--183056	17	4.2	16	81	15	72	87	7	2	2	0.74
182987--183056	30	2.3	29	83	11	88	87	7	2	2	0.74
184125--184253	60	2.3	57	86	10	176	25	31	18	24	1.98
187084--187220	51	2.7	51	81	4	152	29	27	10	32	1.90
187083--187248	51	3.3	51	79	7	142	29	27	11	31	1.92
187236--187381	76	1.9	76	84	5	197	26	25	13	34	1.93
189515--189547	11	3.1	11	86	4	50	45	0	3	51	1.16
193459--193494	18	2.0	18	94	0	63	19	22	30	27	1.98
196696--196721	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
196645--196770	64	2.0	64	95	0	225	28	11	14	45	1.80
196709--196831	51	2.4	51	89	4	176	27	15	13	43	1.83
198068--198140	20	3.7	19	85	7	76	28	13	17	39	1.88
203296--203357	22	2.8	22	87	4	90	37	1	32	29	1.67
203990--204042	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
203974--204042	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
204474--204499	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
205643--205698	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
209849--209879	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
211961--211996	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
213843--213928	43	2.0	43	97	0	163	34	5	30	29	1.81
214461--214516	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
214587--214611	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214568--214666	34	3.0	34	94	2	166	44	15	12	28	1.82
214620--214645	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
218854--218882	14	2.1	14	93	6	51	6	0	24	68	1.13
219374--219450	20	3.8	20	81	8	77	37	15	10	36	1.82
219497--219535	20	2.0	20	94	0	69	33	20	7	38	1.81
220514--220539	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
224640--224974	79	4.2	78	85	6	435	30	21	10	37	1.87
224637--225012	157	2.4	157	82	9	473	30	21	10	37	1.88
224652--225012	158	2.3	158	84	8	391	29	22	11	36	1.89
229157--229218	32	1.9	33	87	9	92	30	16	12	40	1.86
229184--229238	19	2.8	19	80	2	65	36	18	12	32	1.88
229270--229307	20	1.9	20	94	0	67	28	10	21	39	1.86
230508--230597	10	8.6	10	71	13	58	53	22	16	7	1.68
230535--230624	45	2.0	43	89	4	135	54	21	16	7	1.67
230611--230652	11	3.7	11	90	3	57	52	21	21	4	1.65
230627--230699	36	2.2	35	83	11	91	53	19	21	5	1.65
232043--232433	202	1.9	201	81	5	475	22	18	23	36	1.95
232240--232987	155	4.8	151	74	10	448	22	16	21	39	1.92
235265--235293	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
236492--236552	17	3.7	17	73	18	58	67	3	18	11	1.35
237641--237778	43	3.2	44	69	12	122	22	18	14	44	1.85
238580--238687	48	2.3	47	91	1	171	22	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238690--238945	44	5.8	43	75	10	223	21	24	13	40	1.89
238678--239077	176	2.3	175	84	1	496	22	24	13	40	1.89
238699--239080	44	8.7	44	74	8	213	23	23	13	40	1.90
238678--239065	88	4.4	87	81	5	422	22	24	13	40	1.89
239178--239336	41	3.8	41	78	9	153	15	31	16	36	1.90
239161--239667	42	12.1	42	76	7	311	18	29	15	36	1.92
239187--239585	83	4.8	83	77	5	331	17	29	16	36	1.92
239270--239585	125	2.5	125	78	8	309	18	29	15	37	1.91
239555--239704	42	3.6	41	80	11	135	21	28	14	35	1.93
241477--241569	32	2.9	32	79	6	98	52	18	20	8	1.71
241533--241625	22	4.4	21	73	20	86	50	23	21	4	1.66
241464--241623	64	2.5	63	76	12	141	51	21	20	6	1.69
241533--241588	20	2.8	19	80	17	69	51	21	21	5	1.67
242895--243439	156	3.5	154	80	6	519	23	18	20	37	1.94
247601--247661	10	5.9	10	84	7	77	72	3	0	24	1.00
247601--247661	21	3.0	20	80	7	77	72	3	0	24	1.00
247603--247661	31	1.9	31	89	6	93	71	3	0	25	1.02
247604--247660	11	5.4	11	81	6	55	73	3	0	22	0.98
251064--251134	20	3.5	20	78	0	79	46	12	7	33	1.69
254703--254751	21	2.3	21	89	0	71	20	26	22	30	1.98
259786--259823	13	3.0	13	84	3	51	36	0	2	60	1.11
264488--264517	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264470--264533	33	1.9	33	87	6	94	34	20	14	31	1.92
266783--266826	22	2.0	22	82	4	54	65	13	9	11	1.46
270708--270745	20	1.9	19	89	5	58	39	15	7	36	1.77
270866--270927	32	1.9	33	90	3	99	43	14	12	29	1.83
272408--272433	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
273951--274000	21	2.3	21	83	10	57	20	20	4	56	1.58
273967--274021	21	2.6	21	88	0	74	20	18	1	60	1.46
276296--276360	33	2.0	32	82	11	78	32	16	13	36	1.89
276414--276476	33	1.9	33	87	9	94	39	15	12	31	1.85
276425--276591	82	2.0	82	95	0	298	34	13	17	34	1.90
276513--276537	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
277398--277422	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
277378--277445	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
281509--281538	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
281498--281538	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
283030--283061	8	4.0	8	91	0	55	12	0	28	59	1.34
283264--283302	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
283444--283484	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
288412--288450	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
295804--295829	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298525--298565	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
298704--298735	13	2.5	13	89	0	55	37	15	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303844--303868	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
303877--303997	52	2.3	52	95	0	215	35	17	18	28	1.93
308604--308629	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
308582--308649	33	2.1	33	94	2	120	30	14	17	36	1.90
309160--309220	30	1.9	31	87	9	88	24	18	29	27	1.98
309215--309704	141	3.5	140	80	6	506	24	18	29	28	1.98
309208--309704	113	4.4	114	79	7	487	24	18	28	28	1.98
309185--309704	28	18.4	28	80	6	512	24	18	29	28	1.98
319748--319785	20	1.9	20	94	0	67	39	10	7	42	1.69
319834--319907	20	3.7	19	80	10	78	28	16	12	43	1.83
322205--322473	51	5.3	50	79	7	274	29	24	11	34	1.91
322205--322472	102	2.6	101	84	4	317	29	24	11	34	1.91
322506--322602	51	1.9	51	82	4	124	34	25	8	31	1.86
322356--322633	130	2.1	129	81	8	332	29	25	12	32	1.92
322586--322662	28	2.8	27	90	7	111	23	31	20	24	1.98
322646--322763	51	2.3	50	86	4	166	27	27	14	29	1.95
324228--324252	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
330363--330388	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
332166--332214	20	2.4	20	96	3	89	32	4	18	44	1.68
332976--333001	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
332958--333021	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
334802--334851	20	2.5	20	87	3	66	30	16	14	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339505--339543	20	1.9	20	89	5	60	38	17	15	28	1.91
340462--340799	164	2.0	164	80	4	376	28	11	10	48	1.73
342266--342706	158	2.8	158	87	3	611	35	11	13	40	1.80
348485--349062	79	7.3	79	89	2	831	33	14	25	26	1.94
349014--349089	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
350486--350794	35	8.9	35	93	2	532	20	32	5	42	1.76
350801--350829	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
351534--351587	21	2.7	20	77	8	65	35	16	11	37	1.84
352426--352646	88	2.5	88	83	7	288	36	12	22	29	1.90
360928--360968	20	2.0	20	95	0	73	41	7	19	31	1.79

Tables:   1   2   3