genome.fa.s404.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold404
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  638648

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186891--186964	6	12.7	6	81	11	73	10	16	0	72	1.10
186924--186977	22	2.4	22	81	9	56	11	12	1	74	1.16
187272--187334	31	2.0	33	81	6	76	49	11	6	33	1.64
188348--188386	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
188457--188513	22	2.6	22	97	0	105	36	12	22	28	1.90
188555--188691	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
188661--188731	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
188771--188811	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
189165--189214	17	2.8	19	73	14	52	52	2	2	44	1.24
191451--191524	24	3.1	24	77	16	73	24	2	2	70	1.14
194998--195095	41	2.4	42	84	8	130	30	19	12	37	1.88
196091--196135	15	2.9	15	80	6	54	82	0	11	6	0.84
198128--198192	18	3.6	18	81	10	71	47	1	0	50	1.10
199026--199066	21	2.0	21	90	9	66	41	2	4	51	1.36
200096--200147	20	2.5	20	84	3	59	42	13	15	28	1.85
200206--200307	51	2.0	52	86	1	143	30	15	12	41	1.85
201393--201449	20	2.8	20	94	0	105	24	15	15	43	1.86
201431--201460	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
201476--201582	20	5.7	19	74	20	84	28	14	13	42	1.84
201494--201562	33	2.1	33	94	0	120	28	15	13	42	1.85
201476--201582	53	2.0	52	82	10	128	28	14	13	42	1.84
201513--201543	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203906--204029	51	2.4	51	80	0	158	30	24	10	34	1.89
204111--204183	28	2.6	28	82	8	87	24	28	19	27	1.98
204172--204280	50	2.2	50	82	9	132	31	23	11	33	1.90
204026--204230	109	1.9	109	82	2	261	25	24	15	34	1.95
204224--204436	79	2.7	79	82	5	227	28	23	13	34	1.93
203934--204364	236	1.8	235	84	5	582	28	25	13	32	1.94
205923--205975	23	2.2	24	86	3	72	32	20	32	15	1.93
216844--216915	1	72.0	1	71	0	54	86	9	4	0	0.70
216844--216912	9	8.5	8	84	13	79	85	10	4	0	0.72
216844--216912	17	4.2	16	82	14	79	85	10	4	0	0.72
216844--216915	31	2.3	30	84	11	92	86	9	4	0	0.70
217874--218058	94	1.9	94	83	9	239	24	29	16	29	1.96
217989--218302	55	5.5	55	84	10	389	26	31	20	21	1.98
218010--218301	61	5.0	60	82	11	365	26	31	19	22	1.98
218009--218302	116	2.5	116	91	2	457	25	31	19	22	1.98
218038--218566	272	2.0	265	86	4	738	26	28	19	24	1.99
218160--218446	156	1.8	155	87	0	430	27	28	18	25	1.98
218315--218617	55	5.4	55	84	6	365	28	26	21	24	1.99
219034--219085	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
227777--227829	13	3.9	13	72	18	54	39	15	15	30	1.87
231433--231507	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
231430--231507	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233586--233626	21	2.0	21	90	0	64	29	9	17	43	1.80
234072--234148	28	2.8	28	83	0	100	20	28	20	29	1.98
234134--234299	51	3.3	51	90	0	253	30	26	9	33	1.88
234236--234451	78	2.7	77	83	4	279	27	26	13	31	1.94
234236--234451	79	2.7	78	84	5	265	27	26	13	31	1.94
241227--241433	58	3.6	58	75	1	200	49	15	11	23	1.77
245903--245955	20	2.6	21	87	3	72	35	13	18	32	1.90
247858--247913	19	2.9	19	83	2	67	32	19	12	35	1.89
247957--247986	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
248111--248169	30	1.9	31	93	3	102	47	25	3	23	1.67
266378--266421	23	1.9	23	95	0	79	22	2	6	68	1.25
267119--267143	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
267594--267623	5	6.0	5	100	0	60	60	20	0	20	1.37
268052--268080	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
270629--270654	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
270609--270672	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
272428--272452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
276069--276094	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
276049--276112	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
280139--280167	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
280217--280274	25	2.4	23	83	11	71	46	0	1	51	1.11
280525--280575	26	2.0	26	84	7	68	35	11	1	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282812--282859	17	2.7	18	81	15	64	37	0	0	62	0.95
282792--282858	26	2.6	26	81	13	68	31	0	2	65	1.07
282816--282886	17	4.1	18	74	15	60	43	1	0	54	1.08
283510--283560	27	2.0	25	84	7	66	39	0	5	54	1.24
283668--283755	45	2.0	45	97	0	167	45	4	5	44	1.48
284766--284803	19	2.0	19	94	0	67	31	18	10	39	1.85
286051--286093	21	2.0	22	81	4	52	58	13	0	27	1.37
287252--287284	16	2.1	16	94	0	57	36	0	0	63	0.95
287741--287784	21	2.1	21	91	0	70	34	4	13	47	1.63
287884--287958	16	4.7	16	79	0	78	12	14	30	42	1.82
287884--287955	32	2.2	32	82	0	90	12	15	30	41	1.84
287949--287992	16	2.8	16	85	0	61	11	0	31	56	1.35
289052--289147	32	3.0	32	81	7	97	18	16	25	39	1.91
289046--289142	16	6.0	15	75	13	70	20	16	23	39	1.92
292185--292234	22	2.3	22	89	6	75	50	4	16	30	1.63
296547--296613	20	3.7	20	70	29	69	34	17	13	34	1.89
296568--296592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
296548--296612	33	2.0	33	93	6	114	32	18	13	35	1.90
296642--296696	19	2.8	20	80	5	67	38	14	14	32	1.87
297286--297331	22	2.1	21	84	4	56	36	21	2	39	1.66
299045--299084	22	2.0	21	85	14	57	47	0	22	30	1.52
299212--299236	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305415--305439	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
305395--305459	33	2.0	33	87	6	96	32	21	13	32	1.93
305529--305555	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
305683--305734	21	2.4	22	84	9	63	46	11	5	36	1.64
309162--309217	29	1.9	29	82	7	69	76	0	17	5	0.96
310526--310557	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
316427--316468	12	3.6	11	84	9	57	57	2	2	38	1.25
318216--318259	20	2.2	20	80	12	54	54	0	0	45	0.99
318222--318261	20	2.1	19	90	4	62	50	0	0	50	1.00
318987--319030	20	2.2	20	91	0	70	47	0	0	52	1.00
323230--323258	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
323341--323682	63	5.4	63	76	9	227	28	11	17	42	1.85
326026--326151	63	2.0	63	93	0	216	30	20	16	31	1.95
328297--328385	25	3.3	25	65	17	70	53	16	5	23	1.64
328287--328479	56	3.4	56	98	0	368	55	16	4	23	1.59
328322--328472	31	5.3	31	62	18	101	58	15	3	21	1.54
337442--337466	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
337843--337875	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
337909--337953	17	2.6	17	82	6	56	42	6	0	51	1.28
338547--338600	20	2.6	21	88	2	74	40	9	16	33	1.80
342088--342143	17	3.2	17	82	10	69	46	1	1	50	1.22
342323--342365	20	2.3	18	84	8	50	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342356--342417	18	3.6	18	76	8	58	41	4	1	51	1.33
342376--342436	27	2.2	28	86	13	92	44	3	0	52	1.17
342448--342486	11	3.6	11	89	3	62	35	0	0	64	0.94
342499--342601	54	1.9	52	82	7	127	44	2	2	49	1.32
342536--342600	33	2.0	33	84	6	87	47	1	1	49	1.20
342553--342616	19	3.1	20	82	15	69	48	3	3	45	1.34
342693--342797	34	3.2	33	73	16	103	45	3	3	46	1.39
347599--347646	6	7.7	6	86	9	60	12	2	0	85	0.69
347599--347650	19	2.7	19	85	11	79	13	1	0	84	0.70
347599--347646	13	3.8	13	86	10	64	12	2	0	85	0.69

Tables:   1   2   3   4