genome.fa.s418.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold418
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251372

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 190 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167693--167984	104	2.8	102	77	5	286	35	13	22	28	1.92
168036--168278	34	7.5	33	79	7	198	23	13	32	30	1.93
168160--168236	31	2.5	31	85	6	95	19	12	32	35	1.90
168331--168401	32	2.2	33	85	5	92	42	8	26	22	1.82
168413--168645	30	7.7	31	84	5	273	32	16	26	24	1.96
168408--168645	90	2.7	90	81	4	302	33	16	26	23	1.96
169454--169521	33	2.1	33	91	0	109	25	5	25	44	1.76
173346--173373	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
177648--177693	16	3.0	16	73	23	53	41	0	2	56	1.11
177706--177763	20	2.8	21	86	5	82	27	1	3	67	1.17
181493--181530	17	2.2	17	95	0	67	52	10	10	26	1.68
181596--181648	20	2.6	21	87	3	72	32	16	9	41	1.81
181573--181648	21	3.7	21	77	10	77	28	14	13	43	1.83
182310--182440	52	2.5	52	80	4	140	37	14	23	24	1.92
182534--182846	52	6.1	52	75	5	172	36	13	23	27	1.92
182945--183032	34	2.6	34	94	0	149	26	17	28	28	1.97
183014--183090	31	2.5	31	85	6	95	19	12	32	35	1.90
183117--183254	32	4.5	31	74	12	97	36	10	28	23	1.88
183185--183256	33	2.2	33	85	2	92	43	8	26	22	1.81
183132--183244	60	1.9	59	83	1	145	34	11	28	25	1.91
183285--183499	30	7.2	30	81	7	222	33	15	26	23	1.95
183273--183500	60	3.8	60	83	2	255	32	15	26	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183268--183500	90	2.6	90	80	4	281	32	15	27	24	1.95
184311--184376	33	2.0	33	90	0	105	25	6	25	42	1.78
184888--184925	16	2.3	17	81	4	51	5	10	13	71	1.30
188197--188224	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
191443--191494	20	2.5	21	84	3	70	30	13	11	44	1.79
193913--193966	12	4.4	12	76	4	63	75	3	20	0	0.95
193999--194046	24	2.0	24	88	8	71	8	16	0	75	1.04
194719--194961	58	4.2	57	77	8	219	29	9	12	48	1.72
194862--194947	29	3.0	28	66	19	68	30	6	13	48	1.69
194764--195037	114	2.4	115	77	7	256	30	9	11	48	1.70
197064--197256	68	2.9	66	90	4	305	30	26	2	40	1.67
199194--199241	20	2.4	20	92	0	78	39	6	12	41	1.68
210185--210548	184	2.0	184	98	0	701	27	14	18	39	1.90
215056--215090	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
215471--215581	21	5.4	20	76	7	82	34	1	6	57	1.34
215450--215585	42	3.3	42	78	9	129	36	2	7	53	1.44
215568--215621	21	2.5	21	81	6	63	33	5	7	53	1.52
215816--215883	21	3.3	21	78	12	77	35	8	8	47	1.66
215825--215935	52	2.1	52	83	3	134	31	5	10	52	1.59
215920--216042	63	2.0	63	86	3	176	35	5	13	45	1.67
215921--216067	63	2.3	63	80	10	167	36	6	12	44	1.69
216018--216097	41	1.9	42	82	2	99	40	8	7	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216048--216248	21	9.5	21	69	15	85	40	9	6	42	1.65
216270--216346	20	3.8	20	75	14	68	32	6	10	50	1.62
216535--216585	21	2.4	21	96	0	93	37	1	9	50	1.47
216544--216584	12	3.7	12	81	18	52	39	2	7	51	1.43
216535--216594	21	2.9	21	90	5	86	36	3	8	51	1.49
221573--221626	20	2.6	21	85	2	74	33	14	7	44	1.73
223927--223952	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226171--226215	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
228019--228049	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
230066--230142	20	3.6	20	75	16	73	25	15	14	44	1.84
230128--230166	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
230287--230333	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
230289--230331	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
232706--232731	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
235337--235392	15	3.4	15	73	21	58	28	12	8	50	1.70
235321--235411	35	2.6	35	94	1	157	26	9	7	56	1.59
236216--236261	14	3.4	14	77	17	53	21	0	2	76	0.90
237620--237654	17	2.1	16	89	5	52	28	2	0	68	1.04
237804--238062	50	5.2	50	92	0	421	30	17	20	31	1.96
242467--242711	50	4.9	50	91	0	400	31	18	20	29	1.96
243502--243570	5	14.8	5	82	14	78	40	0	1	57	1.07
243499--243569	16	3.9	18	80	15	92	40	0	1	57	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243544--243790	44	5.6	45	79	12	244	38	4	2	54	1.35
249010--249036	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
250494--250518	11	2.3	11	100	0	50	16	8	0	76	1.02
250965--251002	18	2.1	19	85	5	51	47	5	0	47	1.24

Tables:   1   2

The End!