genome.fa.s422.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold422
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263912

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 187 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2680--2807	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2816--2840	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2903--2927	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3155--3838	49	14.6	49	82	9	883	31	18	25	24	1.98
3155--3843	92	7.4	92	94	1	1067	31	18	25	24	1.98
3838--4011	67	2.6	68	93	3	293	18	17	35	28	1.94
3838--4011	33	5.2	34	93	2	293	18	17	35	28	1.94
3993--5089	34	32.3	35	83	10	1215	32	12	34	20	1.90
4013--5099	268	4.0	270	86	7	1355	33	12	34	20	1.89
4930--5280	63	5.5	60	77	12	220	30	14	31	23	1.94
4660--5280	126	4.8	126	81	12	377	31	13	32	22	1.93
4968--5277	31	9.9	30	85	8	230	28	15	31	24	1.95
13041--13073	14	2.4	14	90	10	50	0	3	21	75	0.93
16276--16314	12	3.2	12	82	7	51	51	10	17	20	1.74
17712--18576	284	3.0	289	94	3	1532	35	13	20	30	1.91
20432--20549	52	2.3	53	88	4	170	43	16	15	25	1.86
21352--21499	57	2.6	57	78	4	138	42	17	18	21	1.89
22641--22674	10	3.3	10	91	4	50	88	2	8	0	0.62
28395--28460	28	2.4	27	77	5	80	30	9	7	53	1.60
29947--29994	18	2.7	18	78	18	55	31	6	14	47	1.69
32412--32472	31	1.9	33	86	6	90	52	4	0	42	1.23
35500--35559	26	2.3	27	80	11	70	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35681--35736	24	2.3	25	81	6	69	51	0	0	48	1.00
38520--38970	222	2.0	223	90	2	701	26	11	10	51	1.70
39158--39266	56	1.9	58	84	3	150	20	13	12	53	1.72
42340--42397	24	2.4	24	88	0	89	3	39	15	41	1.64
42652--42764	53	2.2	52	91	1	181	7	26	12	53	1.63
43024--43068	21	2.1	21	87	0	63	13	20	24	42	1.87
43702--43760	30	2.0	30	86	6	84	40	11	22	25	1.88
43909--43980	24	3.2	22	76	19	76	12	4	6	76	1.13
43951--44007	9	6.3	9	78	6	62	22	0	3	73	0.98
43951--44007	8	6.5	8	75	15	51	22	0	3	73	0.98
43951--44007	17	3.2	17	80	11	69	22	0	3	73	0.98
43952--43999	19	2.6	19	87	6	64	22	0	4	72	1.01
44562--44678	53	2.2	53	98	0	225	26	35	11	25	1.91
44691--44736	20	2.3	20	100	0	92	32	19	17	30	1.95
46885--46953	27	2.6	27	92	0	120	24	27	18	28	1.98
52304--52339	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
52897--52921	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53010--53035	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52990--53054	33	2.0	32	88	8	96	38	16	13	30	1.88
55610--55659	20	2.5	20	87	3	66	26	18	16	40	1.90
55733--55757	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61925--61953	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63796--63834	18	2.1	19	90	4	62	51	0	33	15	1.44
64449--64475	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
64430--64494	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
64460--64516	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
64545--64611	33	2.0	33	85	5	91	34	13	19	32	1.91
67544--67598	20	2.8	20	94	0	92	18	41	29	10	1.84
73261--73297	13	2.8	13	91	0	65	32	13	16	37	1.87
75862--75912	19	2.6	20	87	3	77	33	19	11	35	1.88
75957--75986	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
75943--76009	33	2.0	33	88	5	100	37	13	14	34	1.86
81358--81407	10	5.2	10	76	13	52	84	2	14	0	0.72
81345--81405	19	3.2	19	82	13	81	81	3	13	1	0.88
82093--82182	29	3.1	28	67	20	69	26	10	12	51	1.71
82033--82194	58	2.8	57	82	1	180	25	9	12	51	1.70
94777--94822	22	2.1	23	88	8	69	47	0	0	52	1.00
94905--95041	72	1.9	72	93	0	238	54	3	5	36	1.42
95289--95331	19	2.4	19	84	7	54	51	0	0	48	1.00
95302--95338	2	19.5	2	83	10	51	45	0	2	51	1.15
95122--95315	94	2.1	94	84	1	248	47	5	5	41	1.49
95302--95338	19	1.9	19	94	0	65	45	0	2	51	1.15
95986--96047	2	31.5	2	79	9	56	48	8	0	43	1.32
99686--100028	58	5.9	59	72	16	198	46	13	13	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100032--100120	29	3.1	28	71	26	78	47	12	13	26	1.78
101531--101630	20	4.9	20	73	10	78	30	17	21	32	1.95
102473--102529	29	2.0	27	83	6	69	10	21	5	63	1.46
104284--104327	16	2.8	16	82	3	54	40	0	9	50	1.34
105148--105206	20	3.4	17	80	15	66	69	8	0	22	1.15
105121--105235	43	2.6	45	75	16	114	69	4	0	25	1.12
107152--107190	8	4.6	8	84	9	51	84	2	12	0	0.72
107150--107198	14	3.6	14	78	21	52	81	2	16	0	0.78
107144--107199	12	4.5	12	78	8	58	80	1	17	0	0.80
109800--110223	206	2.0	207	89	0	652	32	19	19	29	1.96
112327--112506	78	2.3	78	79	0	198	34	13	22	28	1.93
112432--112620	78	2.4	78	73	6	184	33	13	25	27	1.93
112595--112700	51	2.1	51	89	0	158	35	13	23	27	1.92
114536--114562	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
118554--118583	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
118485--118602	20	5.8	20	69	23	86	41	16	16	26	1.88
118878--119301	207	2.0	208	92	1	699	32	21	18	27	1.96
130530--130668	42	3.4	41	79	7	149	22	23	11	42	1.86
130551--130656	38	2.7	39	79	5	124	25	23	11	39	1.88
130517--130671	42	3.8	41	77	9	145	23	23	10	43	1.84
130898--131889	42	23.5	42	70	6	432	19	27	17	35	1.94
130901--131889	84	11.7	84	79	4	893	19	27	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130896--131288	127	3.1	127	80	4	382	18	29	17	34	1.94
132180--132407	44	5.2	44	72	13	152	16	28	17	37	1.91
132187--132407	87	2.5	88	89	3	333	15	28	17	38	1.90
132249--132402	43	3.5	42	72	14	150	16	28	18	36	1.93
133255--133296	14	3.0	14	80	13	50	19	21	9	50	1.75
133252--133295	19	2.4	18	88	7	70	20	20	11	47	1.80
136589--136613	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136643--136682	20	2.0	21	95	5	73	30	17	12	40	1.86
142124--142693	283	2.0	283	98	0	1097	33	21	14	30	1.94
143023--143087	33	2.0	32	85	11	87	30	16	15	36	1.90
145410--145443	16	2.1	16	100	0	68	20	11	38	29	1.88
148887--148936	22	2.3	22	86	10	75	4	16	0	80	0.87
149401--149805	205	2.0	207	94	2	706	48	13	10	27	1.75
149743--150060	166	1.9	166	80	3	372	49	6	11	32	1.65
158539--158565	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
161325--161415	28	3.1	27	68	27	69	48	1	0	50	1.08
161319--161435	35	3.6	33	76	17	120	46	0	0	52	1.06
161291--161425	62	2.2	62	85	7	177	44	1	1	52	1.19
161344--161395	23	2.3	23	80	6	63	46	1	0	51	1.12
161356--161419	27	2.4	27	86	5	94	48	1	0	50	1.10
163146--163171	5	5.2	5	100	0	52	23	0	76	0	0.78
166401--166429	13	2.2	13	100	0	58	41	27	6	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170412--170442	16	1.9	16	93	0	53	0	45	0	54	0.99
171392--171616	34	6.7	33	84	5	279	41	25	7	25	1.80
171392--171616	102	2.2	101	88	1	342	41	25	7	25	1.80
176023--176243	34	6.5	33	82	9	266	40	26	7	25	1.82
176025--176243	68	3.2	68	86	1	307	40	26	7	25	1.82
176023--176243	102	2.2	101	88	1	343	40	26	7	25	1.82
178519--178546	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
179772--179807	18	2.0	18	88	0	54	33	5	0	61	1.19
182349--182399	17	2.9	17	82	8	57	37	0	1	60	1.08
184361--184394	16	2.1	16	89	10	52	38	2	0	58	1.13

Tables:   1   2