genome.fa.s427.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold427
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  252688

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--37	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
4521--4576	28	2.0	28	92	0	94	30	16	30	23	1.96
4559--4724	51	3.3	51	83	6	178	32	10	25	30	1.90
4416--4610	107	1.8	107	85	2	275	32	13	27	26	1.94
4594--4935	51	6.6	51	68	18	179	34	12	25	27	1.92
4490--4969	212	2.3	208	85	2	629	33	13	26	26	1.93
4859--5098	82	3.0	80	88	4	322	40	12	21	25	1.89
5138--5206	28	2.5	28	97	0	129	26	21	27	24	1.99
5138--5237	28	3.6	28	82	8	98	28	21	28	23	1.99
5220--5401	52	3.4	53	78	6	190	34	11	24	30	1.91
7757--8354	55	10.3	59	80	7	542	26	18	26	28	1.98
7757--8327	183	3.3	174	84	6	698	26	18	26	28	1.98
8376--8540	55	3.0	54	88	3	240	25	20	26	27	1.99
8227--8504	149	1.9	149	88	1	423	24	21	28	26	1.99
8169--8538	204	1.8	204	90	2	600	25	20	27	26	1.99
11542--11618	28	2.8	28	80	7	86	22	32	20	24	1.98
11602--11717	51	2.3	51	80	5	128	33	26	10	29	1.90
12967--13133	51	3.3	50	82	10	171	31	10	26	31	1.90
13177--13361	55	3.4	55	87	3	250	35	14	22	28	1.93
14558--14623	21	3.5	21	73	26	83	19	36	6	37	1.77
14588--14635	21	2.2	21	78	10	53	22	37	4	35	1.74
14549--14676	35	3.7	35	92	0	211	21	35	5	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14690--14724	6	5.7	6	96	3	61	28	0	2	68	1.04
16309--16334	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16289--16352	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
19609--19654	22	2.1	21	84	11	58	50	6	0	43	1.28
19708--19824	32	3.7	31	79	6	128	48	5	0	45	1.27
20759--20798	18	2.3	17	87	8	62	52	0	0	47	1.00
20981--21025	21	2.1	21	84	8	56	44	0	15	40	1.47
21247--21291	18	2.5	19	75	20	51	66	2	0	31	1.04
21231--21323	43	2.1	45	80	11	104	64	1	1	33	1.08
21273--21349	29	2.9	26	73	16	77	68	0	1	29	0.97
22790--22918	64	2.0	64	95	0	231	38	17	11	32	1.85
26143--26177	18	1.9	18	88	0	52	48	22	2	25	1.64
29780--29831	12	4.3	12	73	9	52	44	9	0	46	1.36
31934--31976	21	2.0	21	100	0	86	18	27	23	30	1.98
32533--32572	3	13.3	3	89	0	62	0	5	35	60	1.19
32533--32582	24	2.1	24	92	0	82	2	10	32	56	1.44
32899--33090	78	2.5	76	79	9	203	41	9	7	42	1.65
33121--33159	16	2.4	17	78	8	53	48	2	0	48	1.15
34034--34126	25	3.7	25	67	15	66	39	1	3	55	1.23
35783--35845	23	2.7	24	72	16	60	63	9	4	22	1.43
35826--35872	19	2.6	18	83	12	60	65	10	0	23	1.23
36230--36280	16	3.4	16	81	7	63	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36232--36292	28	2.2	28	82	5	70	49	0	0	50	1.00
36427--36455	14	2.0	15	93	6	51	3	20	0	75	0.94
36432--36475	12	3.5	12	78	9	52	0	25	0	75	0.81
36437--36496	26	2.3	27	83	11	81	0	35	0	65	0.93
38573--38639	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
38593--38617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38680--38704	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38713--38840	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
42522--42559	18	2.1	19	90	5	60	47	0	36	15	1.46
49888--49929	20	2.2	19	91	4	66	85	0	9	4	0.72
49879--49929	19	2.5	20	87	12	70	84	0	7	7	0.78
50924--50957	14	2.3	15	90	5	52	67	2	0	29	1.05
51343--51378	18	1.9	19	88	5	56	41	25	8	25	1.83
64494--64534	21	2.0	21	95	0	73	36	34	9	19	1.85
75587--75868	140	2.0	139	95	0	501	39	12	14	33	1.83
76115--76182	17	3.9	17	75	9	57	58	0	0	41	0.98
76859--76918	22	2.7	23	80	17	72	40	0	0	60	0.97
77306--77355	23	2.3	22	77	16	59	50	0	0	50	1.00
77309--77364	24	2.4	24	76	8	62	48	0	0	51	1.00
77626--77664	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
77674--77698	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77799--77824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77779--77846	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
79434--79468	12	2.9	12	91	0	52	51	0	25	22	1.48
83297--83333	14	2.4	16	86	8	51	83	8	5	2	0.88
85487--85852	80	4.5	80	77	8	364	29	22	10	37	1.87
85562--85874	161	1.9	164	83	7	406	29	23	11	36	1.90
85645--85909	80	3.3	78	76	10	248	27	24	12	36	1.91
85645--85910	81	3.3	79	75	10	243	27	24	12	36	1.91
95654--95857	81	2.6	79	83	3	230	29	16	28	25	1.97
95809--95882	28	2.6	28	85	10	98	22	18	33	24	1.97
95869--96038	52	3.3	51	77	6	146	31	12	25	29	1.93
95802--96204	209	1.9	211	86	3	580	31	13	27	28	1.94
98680--98756	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
99501--100227	55	12.9	54	80	11	592	23	20	28	26	1.99
99519--100054	102	4.8	105	79	10	390	23	20	29	26	1.99
99627--100260	55	10.9	59	85	6	673	24	20	28	25	1.99
99627--100260	59	10.9	59	86	4	660	24	20	28	25	1.99
99682--100234	234	2.4	234	91	2	893	25	20	28	25	1.99
103976--104002	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
104042--104109	19	3.9	18	73	23	74	38	16	11	33	1.85
104045--104107	32	2.0	32	93	0	108	36	17	12	33	1.88
108312--108471	67	2.4	67	86	2	214	25	24	18	31	1.98
108927--108970	15	2.8	16	83	13	56	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112296--112421	52	2.4	52	97	0	234	26	19	19	34	1.95
112430--112454	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
114148--114621	80	5.9	81	77	8	427	30	25	9	35	1.87
114158--114657	161	3.1	160	81	4	560	30	25	8	36	1.85
115766--115817	19	2.5	21	81	12	63	3	11	7	76	1.12
117303--117375	38	1.9	38	91	0	119	42	15	13	28	1.85
122248--122298	2	25.5	2	95	0	93	47	1	0	50	1.12
122453--122486	13	2.6	13	95	0	59	61	0	38	0	0.96
125350--125406	17	3.4	17	79	15	66	49	0	0	50	1.00
125869--125918	23	2.1	24	78	14	59	36	4	12	48	1.59
126591--126644	18	3.0	18	78	8	65	55	0	0	44	0.99
127289--127328	22	1.9	20	90	10	62	45	0	0	55	0.99
135070--135099	14	2.2	14	94	5	53	63	6	0	30	1.20
141532--141594	33	1.9	33	90	0	99	30	19	19	31	1.96
147303--147339	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
147683--147926	123	2.0	123	89	1	373	25	34	10	28	1.90
149569--149608	20	2.0	20	85	9	55	60	2	2	35	1.24
149683--149728	23	2.0	23	83	8	58	41	4	0	54	1.20
151529--151569	17	2.4	17	83	0	55	48	7	2	41	1.44
151558--151598	15	2.9	15	78	10	50	41	2	2	53	1.27
152757--152782	12	2.2	12	100	0	52	0	34	15	50	1.45
153046--153077	3	10.7	3	100	0	64	34	65	0	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154547--154616	30	2.3	30	82	4	79	54	0	0	45	0.99
154557--154633	31	2.5	31	78	4	75	51	1	1	45	1.17
155035--155075	19	2.1	20	90	4	66	41	0	2	56	1.13
155039--155081	19	2.3	19	84	4	61	44	0	2	53	1.13
163573--163616	20	2.2	20	84	8	54	34	15	9	40	1.79
165564--165718	80	1.9	80	93	2	267	6	27	16	50	1.69
165899--166024	8	16.6	8	75	20	69	21	0	4	73	1.07
165904--166085	34	5.2	33	67	23	104	19	1	7	72	1.14
165958--165999	18	2.4	17	84	7	57	16	2	2	78	0.96
165968--166035	11	6.3	10	75	14	55	19	0	2	77	0.89

Tables:   1   2