genome.fa.s427.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold427
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  252688

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165900--166088	17	10.9	17	72	20	92	19	1	6	73	1.12
166022--166082	8	7.2	8	89	10	95	13	1	11	73	1.16
165968--166069	9	10.3	10	77	20	51	16	0	5	76	1.03
165900--166096	63	3.2	62	74	18	153	19	1	6	73	1.11
168789--168862	26	2.6	29	81	10	73	51	1	1	45	1.18
168819--168871	26	2.1	27	82	10	67	54	1	0	43	1.11
168939--169000	22	2.9	21	79	13	56	61	3	0	35	1.12
168825--169103	116	2.5	110	84	9	330	54	2	1	41	1.23
169418--169780	123	2.9	123	83	10	463	42	3	1	52	1.27
173122--173246	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
173122--173267	52	2.8	51	89	4	213	29	17	18	34	1.94
173310--173334	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173288--173354	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
173558--173618	18	3.2	18	75	20	70	24	34	19	21	1.96
173548--173611	21	3.2	21	75	20	82	25	28	23	23	2.00
174161--174704	91	6.0	92	85	5	721	40	8	16	33	1.80
174161--174703	183	3.0	182	85	5	717	41	8	16	33	1.80
174629--174844	70	3.1	70	94	1	387	41	9	18	31	1.82
174774--175026	90	2.8	91	90	2	418	41	8	16	33	1.79
174952--175258	70	4.4	70	87	3	410	42	9	16	30	1.80
174450--175165	323	2.2	324	96	0	1319	41	8	17	33	1.79
174952--175258	141	2.2	135	87	4	436	42	9	16	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179469--179814	123	2.8	122	87	8	461	54	1	3	40	1.26
180110--180170	23	2.7	22	80	7	68	26	4	6	62	1.40
180147--180347	109	1.8	110	88	3	278	43	2	1	52	1.23
180568--180621	14	3.8	14	78	11	56	61	3	0	35	1.14
181737--181810	38	2.0	37	82	12	89	28	1	6	63	1.28
183198--183245	14	3.4	14	85	8	62	77	0	20	2	0.88
183202--183242	18	2.2	18	87	12	57	80	0	17	2	0.82
183202--183250	19	2.5	20	83	9	57	75	0	22	2	0.90
183525--183564	20	1.9	21	85	10	55	30	0	5	65	1.14
183523--183589	11	6.1	11	72	16	50	31	1	2	64	1.18
183559--183593	17	2.1	17	88	0	52	34	2	0	62	1.10
183740--183775	19	1.9	19	94	5	65	25	0	0	75	0.81
183867--183907	7	6.0	7	88	5	66	29	0	0	70	0.87
183856--183902	20	2.3	21	85	10	71	31	0	0	68	0.90
183865--183909	13	3.4	13	87	6	72	26	0	0	73	0.84
184159--184188	13	2.3	13	94	0	51	50	0	3	46	1.18
184638--184732	32	3.0	32	73	0	91	49	7	6	36	1.56
184695--184740	16	2.9	16	86	0	65	54	4	2	39	1.32
184930--185027	49	2.0	48	82	5	117	55	2	2	40	1.23
184968--185002	19	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
184949--185028	16	5.0	16	72	17	67	52	1	2	43	1.22
186323--186357	18	2.0	18	88	5	54	60	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186417--186484	5	13.6	5	71	22	54	35	1	0	63	1.04
186418--186486	11	6.3	11	75	15	63	34	1	0	63	1.03
186418--186527	6	17.2	6	70	22	55	36	0	0	62	1.01
186413--186526	30	3.5	33	68	20	89	38	0	0	60	1.03
186417--186520	38	2.9	36	76	16	106	38	0	0	60	1.03
186418--186526	20	5.5	20	72	16	75	36	0	0	62	1.02
186459--186485	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
186745--186787	13	3.3	13	75	12	52	23	2	2	72	1.08
188263--188300	2	19.5	2	83	5	51	47	5	0	47	1.24
189666--189908	121	2.0	122	97	0	461	48	6	7	37	1.56
193747--193809	31	2.0	31	90	0	99	46	20	12	20	1.83
194574--194611	14	2.7	14	84	11	51	60	0	34	5	1.19
194731--194769	19	2.2	18	86	9	53	53	10	7	28	1.62
194742--194783	19	2.2	19	83	8	50	57	11	9	21	1.63
197757--197812	7	8.0	7	84	7	78	44	25	0	30	1.54
199523--199570	16	3.2	14	82	11	51	60	2	14	22	1.45
202130--202201	20	3.7	19	74	9	56	31	12	13	41	1.82
206365--207294	465	2.0	465	83	3	1163	29	19	10	40	1.85
209419--209457	16	2.4	16	91	4	60	0	20	0	79	0.73
209998--210081	32	2.6	32	96	1	150	27	9	28	34	1.88
210067--210300	28	8.6	29	76	15	214	23	17	29	29	1.97
210214--210295	30	2.9	28	81	3	92	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210173--210266	50	1.9	48	91	4	152	19	17	31	31	1.94
210139--210294	78	2.0	76	82	4	188	21	18	28	30	1.97
210111--210300	106	1.8	105	85	5	267	22	17	29	30	1.97
213799--213853	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
213873--213942	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
213895--213919	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
213876--213938	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
214179--214586	29	14.3	27	79	8	375	24	17	28	29	1.97
214361--214520	60	2.7	60	80	2	146	24	17	27	30	1.97
214565--214804	56	4.3	56	81	1	284	32	12	30	25	1.92
214548--214834	85	3.4	83	77	5	281	31	12	30	25	1.93
214565--214834	28	9.5	28	79	3	218	31	12	30	25	1.92
222603--222722	48	2.5	47	91	1	186	35	16	27	20	1.94
222603--222722	47	2.5	48	89	4	181	35	16	27	20	1.94
222850--223891	28	35.5	29	81	8	562	25	15	30	28	1.96
222850--223558	62	11.8	59	81	7	552	22	16	29	30	1.96
222924--223496	126	4.7	126	80	8	454	21	16	29	31	1.96
222850--223542	158	4.6	155	80	7	528	22	16	29	31	1.96
222879--223883	82	11.5	85	77	11	328	24	15	30	29	1.96
223559--223882	27	11.7	27	86	6	350	30	14	30	24	1.95
223559--223882	82	3.9	82	83	7	388	30	14	30	24	1.95
223559--223883	55	5.9	54	85	5	368	30	14	30	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233426--233455	15	2.1	15	93	6	53	40	0	13	46	1.43
237418--237444	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
237400--237463	32	2.0	33	87	9	96	28	15	15	40	1.88
237428--237484	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
238431--238456	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
243023--243053	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
244854--244898	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
247119--247144	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
250584--250614	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
251561--251594	17	1.9	18	94	5	61	17	5	0	76	0.98

Tables:   1   2

The End!