genome.fa.s431.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold431
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404915

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 300 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116149--116213	21	3.0	21	77	4	58	55	3	3	38	1.31
117000--117098	34	2.7	38	72	18	95	53	1	1	44	1.14
117048--117118	27	2.6	27	78	10	74	53	1	0	45	1.09
116999--117117	37	3.3	35	73	17	84	55	1	0	42	1.15
117390--117429	21	2.0	20	85	5	53	45	0	2	52	1.14
118675--118718	8	5.5	8	84	10	63	70	0	0	29	0.88
119130--119172	20	2.2	20	84	8	54	41	9	4	44	1.57
124270--124317	24	2.0	24	88	8	71	45	0	0	54	0.99
124826--124879	20	2.6	21	78	16	60	50	3	0	46	1.19
127023--127065	21	2.0	22	82	13	54	46	0	0	53	1.00
127442--127488	19	2.4	20	82	3	60	57	2	4	36	1.30
128076--128128	21	2.5	21	81	0	52	50	1	7	39	1.41
128299--128378	19	4.4	18	66	23	51	60	0	1	38	1.05
128240--128381	35	4.2	34	84	11	195	57	0	1	40	1.07
128233--128348	16	7.7	15	67	18	64	57	0	1	40	1.09
128233--128364	65	2.1	62	91	4	210	57	0	1	40	1.08
128333--128404	25	2.8	26	81	12	78	59	0	0	40	0.97
128250--128381	65	2.0	63	88	7	194	57	0	1	40	1.08
128312--128415	18	5.7	18	67	19	63	57	0	0	41	1.05
129340--129369	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
129747--129803	26	2.2	27	78	15	66	54	7	8	29	1.58
130999--131054	28	2.0	27	83	10	69	71	8	3	16	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131833--131876	20	2.1	21	84	12	56	47	4	2	45	1.35
132613--132647	17	2.1	16	89	5	52	71	2	2	22	1.13
140415--140511	42	2.3	42	85	0	122	40	15	17	26	1.89
141948--141985	18	2.1	18	90	5	58	52	0	0	47	1.00
141951--141993	19	2.3	18	84	4	50	55	2	2	39	1.25
142543--142571	11	2.6	11	100	0	58	31	0	0	68	0.89
142580--142633	16	3.3	16	77	12	56	44	1	0	53	1.11
142973--143007	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
143095--143128	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
143572--143638	28	2.4	27	73	9	64	41	1	1	55	1.18
144722--144760	15	2.4	17	87	12	55	41	0	5	53	1.23
147556--147606	11	5.1	10	75	17	52	70	0	0	29	0.87
147556--147612	19	3.1	18	82	7	62	68	0	0	31	0.90
147556--147611	29	1.9	29	89	7	87	69	0	0	30	0.89
147570--147609	11	3.5	11	83	12	53	70	0	0	30	0.88
147570--147643	6	12.2	6	75	13	53	59	0	0	40	0.97
147589--147643	25	2.2	24	77	3	65	56	0	0	43	0.99
147590--147661	32	2.3	31	85	4	99	55	0	0	44	0.99
147617--147668	18	3.1	18	75	25	51	53	0	1	44	1.11
147748--147780	13	2.3	15	85	15	52	60	0	0	39	0.97
147769--147839	37	1.9	37	86	11	101	52	0	0	47	1.00
148403--148436	11	3.1	11	82	0	50	47	0	5	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150374--150407	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
151828--151857	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
157138--157170	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
159382--159420	7	5.1	7	85	14	51	43	0	0	56	0.99
159372--159420	15	3.1	15	82	17	55	44	0	0	55	0.99
160260--160493	117	2.0	117	99	0	459	30	15	16	37	1.90
161107--161131	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
168556--168637	32	2.5	32	80	9	87	43	0	3	52	1.18
169030--169104	39	1.9	39	89	2	116	36	13	20	30	1.91
169226--169261	5	7.2	5	93	6	56	80	0	19	0	0.71
172242--172295	2	27.0	2	85	7	74	53	0	1	44	1.11
173409--173438	12	2.5	12	94	0	51	66	6	0	26	1.16
174728--174763	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
175626--175654	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
176126--176194	17	4.0	17	78	10	77	36	1	1	60	1.14
176965--177088	38	3.3	36	83	8	149	28	29	13	28	1.94
176986--177135	38	3.9	38	83	5	162	29	28	13	28	1.94
176979--177137	76	2.1	76	82	6	198	29	30	13	27	1.94
181666--181784	38	3.1	38	78	4	123	30	26	12	30	1.93
181730--181830	38	2.7	38	80	6	123	32	25	9	31	1.89
182498--182539	21	2.0	21	90	0	66	23	33	0	42	1.55
182507--182552	21	2.2	21	84	0	56	26	26	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182782--182821	15	2.7	14	88	7	53	32	2	22	42	1.67
184455--185437	490	2.0	490	93	0	1671	35	14	17	33	1.90
188592--188845	75	3.4	75	88	2	363	29	8	19	42	1.81
188616--188731	36	3.1	36	69	11	108	32	6	18	41	1.78
188590--188795	39	5.4	39	67	16	146	29	7	20	41	1.80
189140--189177	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
190300--190324	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
190545--190592	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
190592--190618	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
191718--191742	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
191656--191824	83	2.0	83	98	0	329	39	13	10	37	1.78
195032--195071	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
195357--195406	24	2.0	25	88	3	75	66	4	6	24	1.32
198235--198311	39	1.9	41	86	5	113	45	9	2	42	1.49
199145--199178	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
199804--199940	45	3.1	44	84	3	184	35	18	7	38	1.78
200646--200679	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
200646--200696	6	9.0	6	85	10	54	39	0	0	60	0.97
200646--200689	12	3.8	12	88	5	65	40	0	0	59	0.98
200886--200955	31	2.4	28	76	9	70	58	1	0	40	1.07
201352--201379	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
203287--203325	20	2.0	20	100	0	78	30	30	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209010--209050	2	20.0	2	85	5	55	51	2	2	43	1.28
213289--213349	32	1.9	32	100	0	122	42	9	14	32	1.79
213569--213606	2	19.5	2	89	5	60	50	2	0	47	1.15
215358--215392	6	5.8	6	100	0	70	34	51	0	14	1.42
216102--216133	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
218633--218660	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
219910--219959	22	2.2	24	82	7	59	34	2	0	64	1.05
225319--225347	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
226256--226302	21	2.3	21	85	3	60	42	17	10	29	1.82
226477--226520	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
226712--226745	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
226745--226775	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
230296--230357	22	2.8	22	82	7	72	58	0	3	38	1.15
230409--230464	12	4.2	13	76	15	53	51	0	3	44	1.18
241796--241829	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
242662--242789	63	2.0	63	100	0	256	38	16	7	37	1.78
242766--242799	12	2.8	12	86	0	50	52	26	0	20	1.46
244379--244410	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
247507--247588	32	2.6	32	92	0	137	39	17	10	32	1.84
249551--249575	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
250878--250945	34	2.0	34	91	0	109	39	16	7	36	1.76
251025--251068	18	2.4	18	78	14	54	56	2	2	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251036--251091	24	2.3	25	85	11	73	53	0	1	44	1.11
251770--251817	2	24.0	2	84	0	60	41	0	2	56	1.11
251770--251819	26	1.9	26	100	0	100	40	0	2	58	1.10
252082--252114	10	3.3	10	91	0	57	48	39	3	9	1.50
255302--255338	6	6.7	6	82	17	53	35	13	18	32	1.90
255307--255338	15	2.1	15	100	0	64	34	12	18	34	1.89
255633--255668	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
256341--256375	6	5.8	6	93	0	61	0	62	0	37	0.95
259810--259835	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
260922--260974	25	2.2	24	78	15	56	49	5	3	41	1.44

Tables:   1   2   3