genome.fa.s434.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold434
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  307070

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 247 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--45	21	2.2	21	96	4	83	48	13	8	28	1.72
1229--1336	32	3.3	32	81	10	103	22	30	12	35	1.90
1275--1532	26	9.6	26	82	9	261	25	29	12	32	1.93
1305--1532	105	2.2	105	84	5	291	25	29	12	32	1.92
1517--2677	34	36.9	32	71	16	405	22	31	10	35	1.88
1650--1793	26	5.3	27	80	9	159	21	33	12	32	1.91
1681--1793	53	2.1	53	90	0	172	21	32	13	32	1.92
1411--1953	247	2.2	240	82	4	640	21	30	11	36	1.89
1891--2015	61	2.0	61	85	0	169	20	31	11	37	1.87
1960--2010	26	2.0	26	92	0	84	25	35	13	25	1.93
2099--2167	27	2.7	25	80	8	93	26	34	14	24	1.94
2204--2295	30	3.0	29	80	9	103	20	29	11	38	1.89
2141--2296	32	4.8	32	76	9	129	22	30	10	35	1.89
1953--2323	154	2.4	156	80	9	429	22	31	12	33	1.91
2269--2359	27	3.5	26	85	4	130	27	30	12	29	1.92
2266--2371	52	2.0	53	92	1	178	26	32	12	29	1.92
2548--2602	27	2.0	27	89	0	83	23	34	10	30	1.89
2550--2608	27	2.2	27	84	0	73	23	28	10	37	1.88
2481--2698	95	2.3	95	86	2	285	22	31	9	36	1.87
2768--3136	52	7.3	51	78	7	324	24	24	15	35	1.94
2779--3107	150	2.2	152	84	3	423	25	24	15	34	1.95
3950--4021	20	3.5	20	76	14	65	34	11	12	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7888--7952	19	3.4	19	80	4	76	56	3	4	35	1.35
8121--8160	12	3.2	13	86	13	57	62	0	0	37	0.95
8156--8200	24	1.9	23	86	4	63	33	2	2	62	1.20
8497--8527	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
16414--16498	43	2.0	43	95	0	152	14	15	20	50	1.77
17399--17429	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
17764--17829	33	1.9	33	87	6	96	48	19	6	25	1.72
18056--18107	25	2.1	25	81	0	59	44	1	0	53	1.11
18262--18296	17	2.0	18	94	5	63	85	0	5	8	0.73
18890--18944	21	2.6	21	81	13	69	52	0	29	18	1.45
20135--20172	16	2.4	16	86	4	51	73	0	5	21	1.02
28425--28468	23	1.9	23	100	0	88	36	18	9	36	1.82
28459--28500	13	3.2	13	86	0	66	30	14	16	38	1.89
31659--31691	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
32055--32084	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
33503--33537	18	1.9	18	88	11	54	65	0	2	31	1.07
34055--34096	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
35366--35533	2	93.0	2	71	25	126	51	1	1	45	1.19
35365--35399	5	7.2	5	87	6	54	37	0	2	60	1.12
35411--35544	30	4.7	29	81	15	147	55	2	1	40	1.21
39014--41358	89	26.5	89	84	3	2659	31	16	14	37	1.89
41429--41560	7	19.6	7	75	16	102	40	1	0	57	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41440--41561	2	67.0	2	73	20	99	40	1	0	57	1.08
41429--41561	40	3.2	42	76	14	150	40	1	0	57	1.13
41667--41709	20	2.2	20	91	4	70	20	2	0	76	0.89
41662--41709	20	2.3	21	82	13	64	18	4	0	77	0.93
41667--41716	18	2.7	19	81	9	59	26	2	0	72	0.96
46619--46674	27	2.2	25	81	12	62	55	3	0	41	1.17
47533--47579	20	2.3	20	85	3	58	57	0	0	42	0.98
47736--47770	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
48412--48443	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
53494--53563	20	3.5	19	78	18	72	34	12	12	40	1.82
64963--65020	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
66001--66070	1	70.0	1	71	0	50	0	8	5	85	0.73
66000--66082	43	2.0	42	92	4	141	0	8	8	83	0.82
66001--66082	30	2.7	30	83	5	94	0	8	7	84	0.79
66001--66082	15	5.2	17	72	20	54	0	8	7	84	0.79
66000--66083	42	2.0	41	90	6	134	0	8	9	82	0.85
69050--69437	169	2.2	174	83	5	459	36	15	24	22	1.94
69288--70231	49	19.8	49	81	8	1042	30	17	26	25	1.97
69337--70231	92	9.5	92	87	5	1281	30	17	26	25	1.97
69284--70231	189	5.0	190	91	3	1433	31	17	26	25	1.97
70231--70426	33	5.9	33	90	1	288	20	18	32	28	1.96
70417--71337	35	27.3	34	79	11	886	34	11	33	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70417--71337	34	27.3	34	81	11	967	34	11	33	20	1.89
70665--71337	69	9.9	68	84	8	774	35	12	33	19	1.89
70874--70933	27	2.2	27	82	5	68	33	13	30	23	1.93
72280--72342	9	6.4	9	76	16	63	0	11	4	84	0.77
72292--72360	13	4.7	15	82	14	67	0	10	10	79	0.93
72308--72359	16	3.4	16	77	22	58	0	9	7	82	0.84
72287--72347	13	4.6	12	83	16	68	0	9	6	83	0.80
72279--72346	24	2.8	24	76	23	70	0	10	7	82	0.85
72279--72359	42	2.0	40	87	4	117	0	9	8	81	0.88
76318--76362	21	2.1	21	95	0	81	35	13	17	33	1.89
78829--78882	19	2.8	19	86	10	74	35	14	16	33	1.90
78831--78881	20	2.6	20	87	9	70	35	15	15	33	1.90
78926--78956	13	2.4	13	94	0	53	32	12	12	41	1.81
78910--78978	33	2.1	33	83	5	86	31	13	17	37	1.88
87511--87541	15	2.1	15	93	0	53	45	19	22	12	1.84
89744--89789	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
95205--95243	21	1.9	21	89	5	62	33	23	0	43	1.54
101724--101753	14	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
103232--103258	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
104725--104968	120	2.0	120	96	0	452	25	16	13	44	1.85
113539--113568	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
114048--114079	6	5.3	6	96	0	55	15	28	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114462--114501	14	2.9	14	85	10	55	65	0	2	32	1.06
115278--115318	22	1.9	22	90	5	66	51	2	2	43	1.28
115588--115631	19	2.3	20	85	11	58	11	9	2	77	1.08
115602--115642	21	2.0	21	85	9	57	17	7	2	73	1.17
116502--116546	22	2.0	22	83	8	56	60	2	8	28	1.39
117600--117635	2	18.0	2	94	0	63	0	2	50	47	1.15
121818--121843	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
121898--121929	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
122576--122613	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
128298--128335	20	1.9	20	100	0	76	44	10	13	31	1.77
128304--128374	20	3.5	20	78	0	70	42	12	11	33	1.79
131289--131636	76	4.5	77	76	11	237	36	10	21	30	1.88
131267--131724	79	5.9	78	78	7	308	37	11	20	30	1.88
131446--131731	80	3.6	77	80	6	299	38	11	19	30	1.87
134267--134322	20	2.7	21	86	5	78	28	17	14	39	1.89
138254--138278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
138234--138300	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
138342--138366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
138375--138499	52	2.4	52	94	2	216	34	18	17	29	1.94
142394--142420	12	2.2	12	100	0	54	74	0	0	25	0.83
142469--142515	19	2.5	20	80	13	55	48	0	0	51	1.00
142451--142527	24	3.1	26	80	16	83	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142482--142527	13	3.4	14	77	17	53	41	0	0	58	0.98
142451--142535	26	3.3	26	75	16	72	47	1	0	51	1.08
142482--142526	19	2.3	19	88	7	63	42	0	0	57	0.98
142482--142537	21	2.8	20	83	5	69	42	1	0	55	1.10
142764--142810	7	6.7	7	77	18	53	61	2	0	36	1.08
145033--145087	27	2.0	27	100	0	110	23	14	21	40	1.90
146392--146445	21	2.7	19	78	13	63	14	7	11	66	1.43
146955--146988	3	11.3	3	93	0	59	29	32	0	38	1.58
153342--153416	21	3.6	21	90	3	116	34	10	20	34	1.87
153336--153435	21	4.7	22	79	10	93	39	13	16	32	1.86

Tables:   1   2   3