genome.fa.s434.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold434
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  307070

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 247 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153336--153435	42	2.4	43	80	8	116	39	13	16	32	1.86
153472--153570	19	5.8	19	73	26	114	37	12	15	35	1.84
153492--153548	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
153473--153567	32	3.0	32	100	0	190	36	12	15	34	1.86
155995--156111	51	2.4	48	81	12	123	29	23	12	34	1.92
156093--156145	27	2.0	27	96	0	97	26	32	18	22	1.97
156093--156165	27	2.7	27	86	2	83	26	27	20	26	1.99
156122--156300	80	2.3	78	85	5	227	25	26	17	30	1.97
156233--156401	52	3.3	49	79	11	178	29	26	12	31	1.93
155994--156590	289	2.1	285	84	5	774	26	27	14	31	1.95
156335--156539	107	1.9	107	83	6	263	27	29	14	28	1.95
156416--156618	79	2.6	79	81	4	214	25	32	16	26	1.96
157592--157633	20	2.2	20	91	4	68	35	23	11	28	1.91
157756--157781	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157736--157803	33	2.1	32	91	8	111	35	14	16	33	1.89
160745--160828	32	2.7	32	92	1	134	35	10	17	35	1.85
160748--160830	13	5.5	13	70	27	58	36	12	18	33	1.87
160869--161023	52	3.0	52	89	1	222	35	20	16	28	1.94
167590--167627	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
168585--168618	18	1.9	17	88	5	50	32	29	11	26	1.92
170177--170244	33	2.1	33	86	8	95	35	14	17	32	1.91
173140--173184	21	2.1	21	95	0	81	48	6	4	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173574--173620	16	2.9	16	77	0	58	21	12	23	42	1.87
174956--175010	27	2.0	27	86	6	76	65	0	5	29	1.15
175425--175449	10	2.5	10	100	0	50	0	12	0	88	0.53
176881--176919	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
177300--177342	20	2.2	20	86	0	59	2	9	18	69	1.26
180049--180086	20	1.9	19	85	15	51	36	2	7	52	1.45
180500--180532	5	6.8	5	89	6	50	81	0	3	15	0.80
180500--180532	14	2.3	15	89	5	50	81	0	3	15	0.80
180973--181032	2	30.0	2	100	0	120	50	0	50	0	1.00
182944--182979	17	2.1	17	100	0	72	16	11	16	55	1.68
186514--186611	8	12.0	8	92	4	97	33	16	0	50	1.46
186525--186583	4	14.8	4	100	0	118	25	23	0	50	1.49
186581--186611	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
187080--187114	16	2.3	15	90	9	61	51	0	0	48	1.00
187083--187113	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
191157--191193	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
198413--198569	14	10.9	14	73	11	93	33	17	14	35	1.89
198413--198583	15	11.8	15	75	10	115	32	16	14	36	1.90
198413--198569	29	5.4	29	78	5	149	33	17	14	35	1.89
198508--198581	29	2.6	29	82	4	78	31	16	14	37	1.89
201252--201455	76	2.6	78	82	3	234	27	17	30	24	1.97
201320--201373	28	1.9	28	88	7	83	31	20	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201466--201641	52	3.4	51	80	10	203	31	11	26	30	1.91
201562--201688	51	2.5	52	85	6	152	32	13	25	28	1.94
201703--201826	51	2.4	51	83	6	151	33	10	21	33	1.88
201703--201808	54	2.0	52	87	8	153	33	9	22	33	1.86
204194--204219	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
204173--204239	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
204262--204326	19	3.8	18	75	24	77	38	15	12	33	1.85
204281--204305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
204262--204324	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
207428--207492	10	6.3	10	73	18	53	0	26	0	73	0.83
207417--207490	14	5.3	15	70	18	61	0	27	0	72	0.84
207428--207492	22	3.0	22	69	20	55	0	26	0	73	0.83
207423--207492	30	2.4	30	83	7	90	0	28	0	71	0.86
207627--207667	19	2.1	19	86	4	55	53	9	0	36	1.34
207747--207821	25	3.1	25	83	11	93	60	2	0	37	1.11
208087--208234	75	2.0	76	81	6	180	43	2	1	53	1.20
208341--208387	14	3.4	14	80	11	51	59	6	0	34	1.23
210178--210209	7	4.6	7	96	0	55	34	0	34	31	1.58
210612--210641	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
213231--213267	2	18.5	2	89	10	58	51	2	45	0	1.15
213872--213926	20	2.7	21	77	8	69	25	9	12	52	1.68
215822--215882	28	2.2	28	97	2	115	34	16	31	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217777--217851	20	3.8	20	80	0	87	41	12	13	33	1.81
218077--218127	20	2.5	20	96	0	93	31	13	15	39	1.87
218148--218222	20	3.8	20	80	0	87	41	12	13	33	1.81
220819--220882	32	2.0	32	100	0	128	43	9	21	25	1.82
225002--225262	82	3.2	82	80	7	330	31	25	13	29	1.94
228876--228917	21	2.0	20	86	4	57	21	4	0	73	1.01
229109--229155	22	2.1	22	88	7	69	68	0	0	31	0.90
229106--229155	18	2.8	17	82	8	55	68	0	0	32	0.90
229415--229493	29	2.5	31	76	17	83	35	1	0	63	1.03
239345--239419	35	2.2	36	81	11	95	38	9	6	45	1.63
239628--239661	16	2.2	15	89	5	50	50	8	14	26	1.72
245590--245634	15	2.9	16	80	9	58	77	0	2	20	0.87
245587--245636	26	2.0	26	88	4	75	76	0	2	22	0.89
246027--246250	44	5.1	44	77	8	138	21	25	12	41	1.87
246041--246230	88	2.2	88	82	3	231	22	23	12	41	1.88
246359--246483	42	3.0	41	84	4	160	16	23	19	41	1.90
246368--246500	42	3.2	42	83	8	139	15	24	19	41	1.89
246467--246624	84	1.9	84	80	2	183	18	24	15	40	1.90
247181--247217	15	2.4	16	82	13	51	75	0	2	21	0.92
247169--247216	22	2.1	22	84	7	60	77	0	2	20	0.88
247169--247223	24	2.2	25	81	9	60	76	0	1	21	0.88
247549--247616	32	2.1	32	94	0	118	61	20	14	2	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247963--248012	14	3.4	14	73	10	55	56	18	16	10	1.67
247962--248030	30	2.3	30	100	0	138	55	17	15	11	1.70
247977--248028	16	3.4	16	73	10	63	53	15	17	13	1.72
252345--252378	7	4.7	7	85	7	50	88	0	11	0	0.52
252345--252378	15	2.3	15	90	5	52	88	0	11	0	0.52
254110--254187	39	2.0	39	100	0	156	25	10	10	53	1.66
254542--254759	89	2.4	88	77	4	204	28	24	14	32	1.95
254905--255710	47	17.2	47	82	4	769	22	20	17	40	1.91
255694--256367	44	15.2	44	73	12	327	21	21	14	42	1.88
255626--255979	179	2.0	179	83	1	449	21	21	16	40	1.91
255875--256159	131	2.2	131	84	1	356	21	21	13	43	1.86
255875--256401	132	4.0	131	77	4	434	21	21	14	43	1.87
256031--256401	88	4.2	89	78	6	360	21	21	14	43	1.87
256546--257151	42	14.5	42	72	7	266	18	26	17	38	1.92
256548--257403	84	10.2	84	72	6	417	18	26	17	38	1.92
257963--258018	10	6.1	9	76	17	53	82	0	3	14	0.81
257969--258020	18	3.0	17	80	11	61	82	0	3	13	0.80
257969--258020	8	6.0	8	80	14	59	82	0	3	13	0.80
257969--258018	26	1.9	26	88	8	75	84	0	4	12	0.76
257966--258020	17	3.2	18	85	12	64	81	0	3	14	0.82
258814--258861	25	2.0	25	91	4	80	77	4	14	4	1.08
263961--264005	20	2.2	21	88	4	65	44	13	8	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264819--265303	56	8.7	54	71	9	190	26	20	14	38	1.91
265000--265303	111	2.7	112	76	4	299	26	19	13	40	1.89
265912--265945	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
271065--271116	15	3.5	15	81	7	61	11	11	1	75	1.14
272963--273082	57	2.1	58	82	4	145	48	15	10	25	1.76
282097--282122	9	2.9	9	100	0	52	80	7	11	0	0.89
284889--284928	3	13.3	3	100	0	80	32	0	35	32	1.58
291065--291449	110	3.5	109	77	7	339	35	14	13	37	1.85
291917--292374	88	5.2	88	78	5	379	25	17	14	42	1.87
291933--292079	44	3.3	44	73	9	129	20	16	15	47	1.82

Tables:   1   2   3