genome.fa.s443.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold443
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318098

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123376--123417	20	2.1	20	82	8	50	40	2	0	57	1.12
123884--123967	20	4.0	21	72	14	75	47	0	0	52	1.00
123902--123984	24	3.6	24	74	19	79	51	0	0	48	1.00
123897--123984	44	2.0	44	86	10	126	48	0	0	51	1.00
123903--124009	47	2.4	43	82	13	119	47	0	0	50	1.13
123938--124019	19	4.1	20	76	11	71	40	1	2	56	1.20
124860--124891	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
128575--128627	22	2.5	21	84	9	72	45	0	0	54	0.99
131096--131124	14	2.1	14	100	0	58	27	13	27	31	1.94
131558--131595	10	3.5	11	85	10	51	55	0	0	44	0.99
131571--131607	19	2.0	18	94	5	65	48	0	0	51	1.00
131858--131927	22	3.1	21	75	16	70	55	0	1	42	1.08
131859--131967	16	7.3	15	67	20	50	54	0	1	43	1.17
131862--131979	22	5.2	22	70	18	66	52	0	1	44	1.16
132219--132259	19	2.3	17	87	8	55	43	0	0	56	0.99
132220--132295	31	2.4	32	76	12	77	38	0	0	61	0.96
132231--132291	10	6.1	10	74	14	63	34	0	0	65	0.93
140376--140430	12	4.4	12	80	8	56	34	0	3	61	1.13
143464--143516	23	2.3	22	81	18	63	58	0	0	41	0.98
144782--144852	12	6.2	12	71	26	57	45	0	0	54	0.99
144783--144855	23	3.0	24	74	25	82	43	0	0	56	0.99
146535--146612	29	2.6	29	80	11	70	51	0	5	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147113--147152	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
148348--148408	17	3.7	15	78	18	59	42	1	0	55	1.09
148360--148451	17	5.3	17	69	19	57	41	3	0	55	1.16
148350--148454	18	5.8	18	68	22	60	41	2	0	55	1.15
148569--148686	19	6.3	19	67	23	81	43	0	0	56	0.99
148572--148729	31	5.2	29	69	23	94	42	0	0	56	1.03
148571--148714	34	4.1	34	71	21	100	40	0	0	59	0.98
148671--148715	10	4.4	10	78	15	56	31	0	0	68	0.89
148569--148722	19	7.6	19	69	23	59	41	0	0	58	0.98
150147--150172	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
150121--150198	39	2.0	40	87	2	113	41	0	6	52	1.27
156493--156876	210	1.8	207	81	8	483	32	20	20	27	1.97
159415--159469	26	2.1	26	96	0	101	29	18	14	38	1.90
160226--160271	19	2.4	19	79	17	51	41	0	0	58	0.98
160258--160299	22	1.9	22	85	9	59	59	0	0	40	0.97
160301--160331	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
160600--160638	19	2.1	18	85	4	51	56	0	0	43	0.99
161164--161229	29	2.4	28	82	12	82	39	0	1	59	1.07
161838--161886	17	2.8	19	82	11	52	38	2	0	59	1.09
163335--163367	17	1.9	17	88	11	50	48	0	3	48	1.17
165117--165176	27	2.3	25	82	8	66	48	0	1	50	1.11
165806--165910	22	4.5	23	73	12	72	35	2	2	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165862--165893	5	6.8	5	86	13	50	34	0	0	65	0.93
165862--165909	12	4.1	12	81	13	64	33	2	0	64	1.05
170570--170647	39	2.0	39	85	5	104	46	15	6	32	1.71
172407--172475	27	2.6	27	71	17	63	46	1	0	52	1.09
172462--172546	29	3.0	29	80	13	86	34	2	2	61	1.22
172832--172913	29	2.8	30	81	10	89	43	1	6	48	1.35
173827--173883	17	3.4	16	90	7	78	45	3	0	50	1.18
174396--174436	20	2.0	20	85	0	55	36	0	4	58	1.20
176839--176880	22	1.9	22	85	9	59	59	0	2	38	1.10
177343--177376	17	2.1	17	89	10	54	44	0	0	55	0.99
178384--178428	21	2.1	21	100	0	90	46	20	0	33	1.51
179023--179051	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
179270--179315	16	2.9	16	90	0	65	58	4	2	34	1.30
180170--180221	20	2.7	20	76	8	54	1	28	3	65	1.21
180591--180653	28	2.2	28	81	13	76	53	0	3	42	1.16
183989--184022	15	2.5	13	90	9	50	64	0	0	35	0.94
185800--185836	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
186803--186832	15	2.0	15	100	0	60	53	0	33	13	1.40
187046--187106	29	2.1	29	82	11	72	45	4	14	34	1.67
187119--187159	16	2.4	17	84	8	57	56	0	2	41	1.13
189145--189179	18	1.9	19	88	11	56	60	5	14	20	1.54
189186--189226	2	20.5	2	89	0	64	46	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189450--189524	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
189450--189527	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
193333--193389	22	2.6	21	81	13	62	59	1	0	38	1.08
193333--193393	21	2.9	21	83	9	70	59	1	0	39	1.08
195662--195688	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
196408--196457	25	2.0	25	85	14	68	64	4	0	32	1.12
198793--198868	11	7.0	11	72	21	54	36	1	0	61	1.04
198782--198852	23	3.0	24	80	13	83	39	1	1	57	1.16
198792--198863	26	2.9	26	84	10	80	37	1	0	61	1.05
199174--199224	20	2.5	20	84	15	70	50	1	0	47	1.12
201452--201480	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
201480--201531	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
207271--207365	46	2.1	46	82	7	113	47	0	0	52	1.00
207302--207344	22	2.0	21	82	13	52	51	0	0	48	1.00
207305--207345	13	3.1	14	79	6	50	46	0	0	53	1.00
207954--207992	12	3.3	12	85	7	53	61	0	5	33	1.18
215596--215634	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
220579--220610	15	2.0	17	88	11	50	43	0	0	56	0.99
220597--220676	33	2.4	32	84	12	99	52	0	1	46	1.08
220624--220678	17	3.2	17	73	14	51	50	0	1	47	1.11
220987--221027	15	2.6	16	82	14	50	43	0	2	53	1.13
222826--222865	22	1.9	20	85	10	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222811--222903	40	2.4	38	79	13	91	50	0	2	47	1.13
222821--222903	18	4.6	18	72	20	66	53	0	1	45	1.08
222934--223026	33	2.7	33	83	11	125	30	3	0	66	1.07
224038--224115	35	2.3	34	84	6	104	30	6	0	62	1.20
224706--224739	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
225038--225117	35	2.3	35	86	6	108	26	1	1	71	1.01
226214--226292	39	2.0	39	80	9	90	54	0	0	45	0.99
226258--226291	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
226625--226684	21	2.8	22	75	7	61	56	0	0	43	0.99
226687--226724	19	2.0	19	85	10	51	52	0	2	44	1.14
227721--227751	15	2.1	15	93	0	53	12	25	19	41	1.87
228062--228093	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
229179--229215	19	1.9	19	88	0	56	45	5	0	48	1.25
236206--236271	30	2.3	29	78	5	80	37	1	12	48	1.50
236581--236619	6	6.5	6	96	0	60	79	0	0	20	0.73
237287--237474	92	2.1	92	91	1	306	35	14	6	42	1.73
240000--240026	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
240814--240859	19	2.5	18	75	6	56	43	0	0	56	0.99
241196--241281	44	2.0	44	90	0	136	26	12	4	55	1.56
242458--242489	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
243412--243437	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
247606--247683	28	2.8	28	88	5	106	21	3	23	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247664--247709	24	1.9	24	90	0	74	21	6	28	43	1.77
248377--248457	35	2.4	33	82	10	92	58	1	0	40	1.06
248557--248588	16	2.1	15	94	5	55	43	18	0	37	1.51
249028--249104	20	3.9	19	74	6	73	35	11	11	41	1.78
249028--249105	40	2.0	39	84	2	102	34	11	12	41	1.80
250016--250071	23	2.5	23	97	2	105	17	10	8	62	1.52
250016--250078	23	2.9	21	86	9	56	20	11	9	58	1.60
256229--256276	21	2.2	21	85	10	62	77	8	8	6	1.14
256519--256544	9	2.9	9	100	0	52	92	7	0	0	0.39
257561--258579	27	37.2	27	91	2	1536	23	34	13	27	1.93

Tables:   1   2   3