genome.fa.s444.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold444
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  554371

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141520--141566	13	3.8	12	80	8	58	42	2	0	55	1.12
141529--141582	25	2.1	27	89	6	85	48	0	0	51	1.00
141872--141910	16	2.4	16	82	0	60	51	0	0	48	1.00
141949--142002	2	25.5	2	78	17	56	46	5	1	46	1.37
141962--142004	15	3.0	14	87	12	61	48	4	2	44	1.36
144325--144365	20	2.0	20	86	9	57	56	4	0	39	1.21
146668--146715	18	2.6	19	74	12	55	52	0	0	47	1.00
146677--146712	17	2.1	17	90	10	56	58	0	0	41	0.98
146964--147015	21	2.5	20	73	11	52	36	0	0	63	0.95
148204--148248	22	2.0	22	82	0	54	37	4	2	55	1.32
148370--148423	24	2.2	24	74	9	56	44	7	1	46	1.42
148598--148642	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
149095--149311	68	3.2	68	87	0	299	27	5	23	44	1.74
149105--149294	102	1.9	102	82	2	238	29	5	20	44	1.75
149110--149295	34	5.5	34	78	0	201	30	5	20	43	1.76
153731--153932	34	5.9	34	85	2	280	24	6	27	41	1.79
153730--153946	68	3.2	68	93	1	357	23	5	27	42	1.77
155489--155559	27	2.7	26	86	4	97	50	19	2	26	1.61
157432--157477	21	2.1	22	84	4	58	21	30	17	30	1.96
157700--157764	29	2.2	29	88	0	103	44	4	23	27	1.73
157992--158022	16	1.9	16	93	0	53	51	0	3	45	1.17
158427--158527	41	2.4	42	86	3	141	35	9	12	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159272--159312	9	4.8	9	79	11	50	51	0	0	48	1.00
159271--159307	16	2.3	16	90	0	56	48	0	0	51	1.00
159332--159364	15	2.1	16	94	5	59	42	0	0	57	0.98
160445--160505	19	2.9	22	76	18	67	59	0	1	39	1.08
162394--162432	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
165778--165859	22	3.7	22	80	4	85	30	1	20	47	1.58
166194--166244	22	2.3	22	86	6	68	52	0	15	31	1.43
166251--166286	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
166653--166695	13	3.4	12	81	9	50	41	2	0	55	1.12
166974--167023	23	2.1	23	88	3	73	62	0	0	38	0.96
167612--167644	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
167866--167925	29	2.1	29	87	0	84	23	16	21	38	1.93
168236--168453	34	6.5	34	84	5	273	40	27	7	24	1.81
168234--168453	67	3.3	67	85	2	307	40	27	7	24	1.81
168234--168453	101	2.2	101	90	4	345	40	27	7	24	1.81
172519--172581	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
172882--173097	34	6.4	34	84	5	269	40	27	7	24	1.81
172880--173097	67	3.2	67	87	1	310	40	27	7	24	1.81
175164--175234	29	2.4	29	79	11	72	45	0	0	54	0.99
175205--175254	21	2.3	22	79	3	57	42	4	0	54	1.19
180259--180329	27	2.6	28	86	2	90	47	22	4	25	1.69
184688--184726	20	2.0	20	89	0	60	41	5	41	12	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184789--184880	28	3.4	27	80	5	98	46	21	5	26	1.73
186463--186517	21	2.6	21	82	8	67	70	12	0	16	1.16
187160--187554	124	3.2	123	82	4	472	49	9	9	31	1.67
187445--187769	109	3.0	108	77	9	351	49	11	10	28	1.71
187450--187741	106	2.7	105	81	4	327	50	11	10	27	1.71
187666--187922	125	2.1	124	80	3	284	49	11	9	30	1.70
187809--188033	111	2.0	109	82	3	263	47	10	10	31	1.72
187929--188273	127	2.7	124	77	7	343	46	8	11	33	1.71
187930--188273	128	2.7	124	78	6	341	46	9	11	33	1.71
189101--189169	31	2.3	31	77	5	79	60	5	0	33	1.20
189996--190051	26	2.2	27	84	12	75	60	0	0	39	0.97
189992--190042	23	2.2	24	80	19	65	58	0	0	41	0.98
190008--190059	26	2.0	26	81	7	61	65	1	0	32	1.04
190601--190665	23	3.1	22	70	20	59	63	0	0	36	0.95
191075--191114	20	2.0	20	100	0	80	20	10	5	65	1.42
194018--194395	107	3.5	109	86	4	496	49	8	10	31	1.68
194569--194847	106	2.6	108	79	6	271	44	8	13	33	1.75
195545--195601	28	2.0	30	82	6	73	50	3	8	36	1.50
195872--195910	17	2.4	15	87	12	51	66	0	0	33	0.92
195963--196012	23	2.1	25	85	14	70	54	2	0	44	1.11
196355--196427	37	2.0	37	81	5	85	47	0	0	52	1.00
196370--196435	31	2.1	32	83	8	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196383--196440	22	2.5	24	83	10	77	51	0	0	48	1.00
195903--196759	426	2.0	426	94	0	1507	40	15	10	34	1.81
196780--196817	14	2.6	15	83	8	51	39	2	0	57	1.12
197733--197788	29	1.9	29	85	7	78	57	0	1	41	1.09
198280--198327	22	2.3	21	83	13	64	60	0	0	39	0.97
198280--198321	19	2.2	19	87	12	59	59	0	0	40	0.97
200762--200801	2	20.5	2	84	5	55	45	0	5	50	1.23
200766--200801	14	2.6	14	100	0	72	44	0	5	50	1.25
200857--201088	124	1.9	125	83	8	312	47	7	10	34	1.65
201007--201643	110	5.7	110	84	3	620	51	8	10	29	1.67
201014--201643	224	2.8	218	81	4	708	50	8	10	29	1.67
201885--201931	19	2.5	19	83	10	60	57	0	0	42	0.98
201884--201931	20	2.5	20	86	10	64	56	0	0	43	0.99
203839--204143	50	6.1	50	93	0	493	29	21	19	28	1.98
208535--208839	50	6.1	50	89	0	448	30	20	18	30	1.97
209609--209650	15	2.9	15	82	3	50	57	2	2	38	1.25
210871--211088	34	6.4	34	85	1	269	26	6	25	41	1.79
210871--211089	102	2.2	101	86	4	314	26	6	25	42	1.79
211392--211444	19	2.8	19	88	0	79	37	16	7	37	1.78
215520--215736	34	6.4	34	83	5	253	25	6	26	41	1.79
215520--215736	102	2.1	102	88	6	323	25	6	26	41	1.79
217074--217124	19	2.7	19	82	11	61	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217115--217181	21	3.4	21	68	12	52	46	1	1	50	1.19
217090--217153	31	2.0	32	85	8	87	43	0	0	56	0.99
217707--217735	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
219869--219905	18	2.1	18	94	0	65	32	18	21	27	1.97
220203--220349	73	2.0	73	100	0	294	36	16	16	31	1.91
221456--223096	817	2.0	818	89	1	2529	41	9	11	37	1.72
222735--223428	362	1.9	362	91	0	1133	42	9	13	34	1.77
223097--225927	840	3.4	832	87	4	4160	41	9	11	36	1.75
226287--226320	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
228375--228405	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
228636--228667	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
229895--229925	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
231691--231726	15	2.3	15	90	4	54	80	8	8	2	0.99
232081--232126	16	2.5	19	73	26	53	60	0	0	39	0.97
232069--232119	16	3.3	16	78	15	63	56	0	0	43	0.99
232112--232145	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
232247--232281	16	2.1	17	89	5	54	54	0	0	45	0.99
232626--232720	41	2.3	42	80	10	106	43	5	0	51	1.24
235013--235076	33	1.9	33	84	15	87	50	1	1	46	1.20
236476--236509	17	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
242164--242197	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
242516--242553	17	2.2	17	86	9	51	39	2	15	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242622--242665	20	2.1	20	83	8	52	59	2	6	31	1.36
246853--246886	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
247527--247573	21	2.2	21	81	11	51	40	4	2	53	1.32
248366--248405	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
248545--248583	20	2.0	20	84	0	51	33	0	5	61	1.18
248579--248655	21	3.8	21	73	11	70	38	7	1	51	1.39
248573--248635	20	3.1	19	73	13	63	42	4	0	52	1.22
248573--248655	41	2.0	41	88	0	121	40	7	1	50	1.38
252334--252371	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
252441--252469	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5