genome.fa.s445.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold445
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  297477

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205--242	17	2.3	16	90	4	58	71	0	0	28	0.87
193--242	16	3.2	16	80	8	50	68	0	0	32	0.90
5271--5305	17	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
12210--12242	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
12633--12667	2	17.5	2	87	0	52	0	5	48	45	1.26
17511--17544	17	2.0	18	88	11	54	29	5	2	61	1.34
18296--18345	20	2.4	21	83	12	68	62	0	0	38	0.96
18264--18328	32	2.1	31	83	11	80	56	1	1	40	1.18
18314--18344	16	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
22285--22313	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23109--23317	50	4.2	50	93	1	339	28	20	19	31	1.97
23307--23379	32	2.3	32	97	0	137	38	24	6	30	1.81
23666--23698	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
25038--25119	39	2.1	39	95	0	146	21	18	13	46	1.83
27374--27410	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
35936--36146	71	2.9	71	75	12	194	35	1	9	54	1.42
36195--36234	13	3.2	13	85	3	55	77	0	22	0	0.77
39867--39927	21	2.9	22	81	13	67	36	0	1	62	1.05
40353--40378	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
41861--41992	68	1.9	68	87	0	192	33	15	18	32	1.92
42092--42227	68	2.0	68	94	0	236	22	14	41	20	1.89
42561--42630	13	5.2	13	69	17	54	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43310--43341	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
45078--45121	19	2.4	19	85	11	56	61	0	2	36	1.09
54265--54310	24	1.9	24	86	0	65	28	6	8	56	1.54
56195--56245	23	2.2	24	82	10	61	52	0	3	43	1.19
56301--56337	15	2.6	14	91	4	56	51	8	0	40	1.32
60453--60499	23	2.0	23	84	8	60	55	2	0	42	1.12
65706--65779	27	2.7	27	89	0	112	50	22	5	21	1.69
67773--68023	124	2.0	124	96	1	459	25	22	17	34	1.96
74231--74260	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77298--77371	27	2.7	27	82	2	85	25	8	17	48	1.74
78843--78905	31	2.1	31	85	8	85	25	20	14	39	1.90
79017--79045	9	3.3	9	95	4	51	0	0	6	93	0.36
79012--79046	15	2.3	15	95	0	61	0	0	11	88	0.51
79213--79254	20	2.1	20	90	0	66	47	4	0	47	1.23
79231--79301	28	2.6	27	81	2	88	43	4	0	52	1.20
79167--79327	83	1.9	83	82	11	200	41	5	1	50	1.36
79259--79327	20	3.7	19	75	18	74	40	4	0	55	1.20
79231--79301	27	2.6	27	80	10	81	43	4	0	52	1.20
83392--83453	30	2.1	30	84	6	81	27	3	6	62	1.35
84693--84749	23	2.6	21	78	10	60	63	8	1	26	1.34
84693--84752	22	2.6	24	82	7	72	61	8	1	28	1.34
84737--84823	19	4.8	17	71	25	56	59	3	3	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84746--84838	9	10.2	9	70	18	59	62	3	3	31	1.27
84856--85058	9	22.6	9	68	18	77	27	0	3	67	1.11
84860--84924	19	3.6	19	84	15	93	24	0	6	69	1.11
84909--85001	27	3.6	26	75	16	86	31	0	0	68	0.90
84911--85134	18	11.7	19	69	22	107	29	0	2	67	1.08
84965--85134	30	5.8	28	72	13	105	27	1	2	68	1.11
84927--85106	29	5.8	32	72	22	97	28	1	2	67	1.09
84938--85142	37	5.8	35	69	21	94	28	0	2	67	1.09
85076--85141	10	7.3	9	76	19	57	30	0	1	68	0.99
85077--85137	8	7.0	8	77	14	50	31	0	1	67	1.01
84901--85137	9	28.2	8	70	20	66	30	0	2	66	1.11
85018--85141	66	1.9	66	82	12	157	30	1	2	65	1.15
86311--86362	27	1.9	27	84	7	70	61	5	3	28	1.37
89775--89837	16	3.9	16	73	8	56	46	23	11	19	1.82
89765--89847	32	2.6	33	82	3	98	44	26	12	16	1.83
90644--90717	16	4.6	16	79	14	71	41	24	17	16	1.89
93879--93938	24	2.5	24	83	0	66	75	3	20	1	1.04
96267--96328	30	2.1	30	90	0	97	54	9	8	27	1.61
99151--99200	24	2.3	22	83	16	61	54	2	2	42	1.23
101371--101402	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103904--103965	29	2.1	30	88	8	92	46	1	1	50	1.20
110238--110292	18	3.2	16	78	14	65	61	0	3	34	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110343--110379	13	2.8	14	84	12	51	51	0	2	45	1.15
110561--110591	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
112252--112297	19	2.2	20	85	11	58	60	0	0	39	0.97
113590--113687	31	3.1	32	75	8	94	60	2	1	36	1.15
113590--113687	15	6.2	16	73	15	71	60	2	1	36	1.15
115693--115743	24	2.1	25	81	3	59	27	9	1	60	1.39
115771--115806	18	1.9	19	88	5	56	52	11	2	33	1.51
128491--128858	79	4.7	79	79	3	393	34	13	23	28	1.92
128491--128858	158	2.3	158	83	1	443	34	13	23	28	1.92
128819--128885	28	2.4	27	85	7	89	28	16	29	25	1.97
128756--128962	106	1.9	106	81	4	247	35	14	25	25	1.93
128928--128988	28	2.2	28	81	0	68	36	14	24	24	1.93
128797--129027	107	2.2	105	81	3	266	35	13	23	26	1.93
132102--132737	61	10.4	61	86	1	828	30	19	25	24	1.98
132265--132364	34	3.1	34	61	19	88	28	20	28	24	1.99
132043--132737	183	3.8	185	85	3	929	31	18	25	24	1.98
139053--139129	20	3.8	20	83	6	102	40	11	15	32	1.84
151963--152035	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
151981--152056	21	3.7	21	78	3	91	43	11	15	28	1.83
151963--152056	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
152095--152120	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
156182--156212	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158292--158329	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
160122--160182	31	2.0	31	100	0	122	26	3	26	44	1.69
160804--160876	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
160822--160897	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
160804--160897	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
160936--160961	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
162041--162065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
162021--162091	34	2.1	34	86	2	99	33	11	14	40	1.81
162131--162155	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
167892--168243	156	2.2	157	84	4	451	25	16	20	37	1.93
167892--168307	155	2.7	156	82	4	410	26	16	19	37	1.93
168841--168881	18	2.3	19	79	12	50	51	4	9	34	1.56
170198--170236	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
170287--170341	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
172307--172358	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
177352--177382	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
178991--179016	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
178971--179034	33	2.0	32	87	3	92	29	12	21	35	1.91
179067--179121	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
181101--181146	23	2.0	23	87	4	67	52	10	4	32	1.56
184548--184593	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
194787--194855	22	3.2	22	65	19	63	26	10	14	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194771--194856	43	2.0	43	97	0	163	26	9	15	48	1.74
198734--198765	8	3.9	8	92	8	55	90	0	0	9	0.45
198734--198767	9	3.9	9	96	3	61	88	0	0	11	0.52
199136--199167	13	2.4	14	90	10	50	18	0	0	81	0.70
199434--199463	13	2.2	14	94	5	53	80	0	0	20	0.72
200954--200995	21	2.0	21	90	0	66	45	16	9	28	1.79
202693--202717	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
202670--202737	33	2.1	33	88	2	102	33	13	16	36	1.87
202791--202840	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
210638--210662	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2