genome.fa.s447.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold447
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  214352

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1079--1124	21	2.2	21	84	7	58	28	0	13	58	1.35
3922--3960	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
5391--5420	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
6217--6262	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
9102--9143	21	2.0	22	90	4	68	2	26	4	66	1.23
11813--11918	24	4.5	24	68	10	65	30	16	24	29	1.96
14713--14756	18	2.4	18	84	0	61	56	9	4	29	1.50
15313--15358	14	3.1	14	79	14	56	34	15	13	36	1.86
15603--15657	3	18.0	3	96	3	101	32	1	0	65	1.03
16013--16153	14	9.8	14	75	6	120	26	19	20	33	1.96
16013--16153	29	4.9	29	81	3	135	26	19	20	33	1.96
16050--16175	29	4.4	28	77	7	83	29	18	18	34	1.94
18427--18461	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
19856--19921	2	33.0	2	93	0	114	46	0	0	53	1.00
20828--20858	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
21090--21122	17	1.9	17	88	11	50	54	15	0	30	1.41
21431--21457	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21447--21481	18	1.9	18	88	0	52	57	20	0	22	1.41
21714--21756	18	2.4	18	80	3	52	65	0	2	32	1.06
24450--24543	46	2.1	45	85	2	125	34	14	6	44	1.71
25512--25556	20	2.2	20	88	0	63	57	0	0	42	0.98
26626--26657	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26703--26736	16	2.0	18	88	11	54	47	2	0	50	1.16
26805--26843	19	2.1	19	90	4	62	46	0	0	53	1.00
27497--27538	22	1.9	22	90	0	66	64	2	0	33	1.07
31036--31072	15	2.4	16	90	4	58	43	0	2	54	1.14
31613--31684	27	2.7	26	76	16	76	36	0	0	63	0.94
33293--33353	29	2.1	29	93	6	106	26	3	1	68	1.14
33701--33730	15	1.9	16	93	6	53	66	3	3	26	1.23
33904--33940	18	2.1	17	95	5	65	27	27	10	35	1.90
34363--34413	9	5.7	9	77	9	50	31	0	3	64	1.11
34371--34443	28	2.6	28	83	14	89	30	1	2	65	1.15
35756--35781	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
39837--39881	23	1.9	24	86	13	67	53	0	0	46	1.00
44529--44595	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
44549--44573	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44636--44660	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44669--44793	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
48038--48075	20	1.9	20	94	0	67	44	10	13	31	1.77
48430--48470	18	2.2	18	86	4	55	65	7	2	24	1.30
50291--50338	16	3.1	16	81	3	53	47	2	0	50	1.12
54446--54483	20	2.0	20	84	5	51	26	5	10	57	1.53
62486--62510	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
64807--65067	134	1.9	134	99	0	513	26	16	15	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65871--65916	23	2.0	23	86	0	65	19	6	26	47	1.73
68777--68834	20	3.0	20	87	2	73	36	22	12	29	1.90
68916--68941	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
68898--68961	33	2.0	32	87	9	94	37	20	14	28	1.91
75568--75612	20	2.1	22	88	8	67	20	48	26	4	1.68
75635--75682	21	2.3	21	100	0	96	33	37	8	20	1.83
77005--77035	16	1.9	16	100	0	62	41	6	12	38	1.69
77578--77616	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
77626--77650	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77638--77690	21	2.5	22	82	11	67	39	16	15	28	1.89
77750--77775	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
81775--81818	3	15.0	3	95	4	81	68	0	0	31	0.90
83206--83285	28	2.9	28	81	3	92	25	15	26	33	1.95
83393--83771	28	13.7	28	73	6	171	25	17	24	31	1.97
83383--83771	138	2.8	137	81	5	408	26	17	24	31	1.97
91475--91530	20	2.8	20	89	5	78	39	12	16	32	1.85
92770--92829	20	3.2	19	83	6	68	33	10	16	40	1.82
99022--99061	13	3.1	13	92	0	71	32	15	15	37	1.88
99180--99222	21	2.0	22	86	4	61	25	23	0	51	1.49
100540--100605	33	2.0	32	88	2	96	27	31	13	27	1.94
100920--101006	29	3.0	30	86	6	117	39	8	20	32	1.82
102590--102632	19	2.1	21	83	12	54	16	16	0	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102526--102818	151	1.9	151	80	4	340	31	11	6	50	1.65
103837--103866	15	2.0	15	100	0	60	46	6	0	46	1.29
104777--105228	153	2.9	152	78	7	459	26	15	19	38	1.92
106133--106158	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106197--106272	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
106218--106290	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
106197--106290	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
106792--107056	132	2.0	132	100	0	530	27	26	4	41	1.75
108861--108899	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
108885--108923	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
110971--111008	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
115070--115095	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115134--115209	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
115155--115227	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
115134--115227	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
118952--118977	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118932--118995	32	2.0	33	84	3	85	29	12	18	39	1.88
121072--121114	20	2.1	20	86	4	59	13	30	39	16	1.87
125420--125475	21	2.6	22	75	13	64	55	7	14	23	1.63
129381--129418	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
129530--129575	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
131960--131985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131941--132005	32	2.0	33	87	3	96	40	16	15	27	1.89
137223--137281	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
137560--137629	13	5.0	14	88	11	108	28	14	21	35	1.92
137561--137629	28	2.5	28	100	0	138	28	14	21	34	1.93
140144--140182	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
140168--140221	20	2.7	20	88	5	74	48	16	12	22	1.80
142238--142268	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
144071--144115	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
145999--146057	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
146338--146363	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147659--147684	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147639--147702	32	2.0	33	87	3	94	29	14	17	39	1.88
151168--151232	33	2.0	33	87	0	94	30	12	15	41	1.84
151201--151318	20	5.8	20	73	20	102	31	15	19	33	1.93
151256--151318	19	3.3	18	85	12	90	33	15	15	34	1.90
151201--151316	39	2.8	41	76	12	121	31	15	18	33	1.93
151283--151347	33	2.0	32	87	3	94	40	13	15	30	1.86
155410--155435	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
156134--156177	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
157981--158019	13	3.0	13	92	0	69	41	15	12	30	1.85
158225--158249	8	3.1	8	100	0	50	60	28	0	12	1.32
160101--160131	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161935--161979	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
169988--170046	20	3.0	21	85	9	79	33	16	15	33	1.91
170069--170157	19	4.9	19	75	20	93	35	15	14	33	1.88
170091--170198	32	3.3	32	88	3	155	40	15	13	29	1.86
170142--170168	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
171618--171679	31	2.0	32	93	3	108	35	12	16	35	1.87
171617--171682	19	3.8	19	72	25	74	36	12	15	36	1.84
171701--171767	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
171721--171746	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174098--174439	52	6.5	53	67	16	156	29	26	11	31	1.92

Tables:   1   2