genome.fa.s449.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold449
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  551709

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 359 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196--250	28	2.0	28	88	0	83	36	16	25	21	1.94
208--599	79	5.0	79	81	4	443	35	13	24	26	1.93
211--599	157	2.5	159	83	2	464	36	13	23	26	1.92
1356--1405	19	2.6	19	93	0	82	32	10	18	40	1.83
1458--1482	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1470--1535	20	3.7	20	69	26	74	27	16	13	42	1.86
1458--1536	33	2.4	33	95	0	140	27	16	13	41	1.86
3612--3790	62	2.9	59	81	8	198	24	27	17	29	1.98
3613--3800	30	6.1	30	88	5	209	23	28	17	30	1.97
3741--3925	32	5.6	32	77	8	147	21	28	14	35	1.92
3802--3926	34	3.7	34	77	10	139	20	29	12	36	1.90
3932--4031	33	3.0	33	95	0	173	29	32	18	21	1.96
4031--4544	43	10.9	45	76	13	452	24	26	18	31	1.97
4031--4594	92	6.0	93	80	8	606	24	26	18	31	1.97
4122--4648	144	3.6	144	83	3	637	24	25	17	32	1.97
4031--4592	236	2.4	230	84	6	689	24	25	18	31	1.97
4402--4595	95	2.0	96	87	1	282	23	25	17	33	1.96
13146--13328	31	6.0	30	86	4	172	26	28	15	30	1.96
13183--13327	30	4.7	30	83	5	150	27	26	15	29	1.96
13275--13561	34	8.6	33	81	7	233	21	29	12	35	1.91
13303--13544	102	2.4	101	85	4	319	21	29	11	36	1.89
13568--13667	33	3.0	33	94	0	173	28	33	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13667--14712	49	21.8	49	81	9	1187	23	24	18	33	1.97
13667--14712	92	10.9	94	83	8	1144	23	24	18	33	1.97
13667--14712	144	7.3	143	85	6	1323	23	24	18	33	1.97
13970--14037	21	3.2	21	66	24	52	25	29	17	27	1.97
13667--14712	285	3.6	287	89	4	1468	23	24	18	33	1.97
13994--14712	101	7.4	101	84	8	918	22	24	18	33	1.97
18249--18300	21	2.6	20	93	6	88	46	15	11	26	1.80
20511--20560	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
24471--24506	13	2.8	13	91	0	54	36	16	13	33	1.89
26930--26986	20	2.8	20	92	5	89	36	14	17	31	1.89
30154--30180	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
30649--30687	21	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
38827--38910	42	2.0	42	100	0	168	33	7	16	42	1.75
39227--39261	17	2.0	18	88	5	54	51	5	8	34	1.56
42663--42709	24	1.9	25	86	4	69	31	2	10	55	1.46
43091--43220	2	70.0	2	71	19	86	44	3	3	48	1.36
43098--43166	27	2.4	30	90	7	108	40	0	4	55	1.20
43125--43196	27	2.6	27	82	8	74	44	4	2	48	1.36
46646--47595	89	10.7	89	85	1	1186	30	16	16	36	1.91
47700--47779	5	16.0	5	74	23	55	40	1	2	56	1.21
47700--47794	7	12.9	7	79	12	102	40	1	3	55	1.23
47711--47778	2	37.5	2	73	24	62	41	1	1	55	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48050--48092	13	3.1	13	78	18	50	62	0	2	34	1.08
54766--54830	14	5.0	14	73	17	59	3	32	0	64	1.09
54752--54835	37	2.3	37	95	0	150	3	29	0	66	1.08
55525--55569	22	2.0	22	91	8	74	51	4	8	35	1.54
55574--55624	20	2.5	20	90	0	75	37	7	19	35	1.81
55707--55731	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55686--55750	32	2.0	33	90	3	105	27	15	16	40	1.89
55717--55767	19	2.7	18	79	11	57	31	11	15	41	1.83
57372--57408	3	12.3	3	88	0	56	35	0	35	29	1.58
61659--61709	21	2.3	23	80	12	63	29	0	17	52	1.45
61880--61904	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
63642--63710	36	1.9	36	85	5	95	23	11	14	50	1.75
64697--64762	33	2.0	33	96	0	123	31	15	13	39	1.86
64698--64784	20	4.8	20	73	20	91	29	14	14	40	1.87
64731--64801	20	3.6	19	84	7	72	30	14	15	39	1.87
67781--67815	13	2.6	13	95	4	61	28	0	0	71	0.86
67781--67823	13	3.2	13	86	3	59	25	2	0	72	0.97
74020--74328	150	2.1	150	99	0	609	29	15	22	32	1.95
75068--75113	22	2.1	21	84	4	56	8	13	6	71	1.29
76732--76757	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76712--76775	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
77402--77492	39	2.3	41	79	9	107	35	24	4	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79326--79363	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
85462--85513	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
87015--87466	152	2.9	157	91	6	724	50	13	3	33	1.59
94363--94470	40	2.7	40	89	1	162	43	10	12	33	1.77
96801--96852	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
98050--98111	32	1.9	33	90	3	99	43	14	12	29	1.83
105926--105971	3	15.3	3	100	0	92	32	32	0	34	1.58
106372--106425	19	2.7	19	82	5	63	40	11	14	33	1.82
106369--106425	21	2.8	21	78	5	73	40	10	14	35	1.80
116971--116996	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116953--117016	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
119223--119267	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
121071--121101	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
123326--123371	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
125752--125777	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
125734--125797	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
131723--131771	14	3.6	13	81	15	55	85	6	0	8	0.73
133111--133388	32	8.7	31	81	4	306	30	26	17	25	1.98
133106--133388	127	2.2	128	85	2	381	29	26	17	25	1.98
133397--133732	49	6.7	49	81	3	339	25	25	15	33	1.95
133397--133732	99	3.4	99	84	3	388	25	25	15	33	1.95
134529--134579	19	2.7	19	100	0	102	31	11	15	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134567--134660	20	4.7	20	81	7	118	35	15	10	38	1.83
139199--140068	442	2.0	442	84	2	1165	29	22	19	28	1.98
146889--146913	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146954--147020	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
146976--147000	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
153301--153371	20	3.6	19	74	12	54	83	9	4	2	0.89
153315--153370	23	2.2	26	87	12	82	85	10	0	3	0.71
154848--154949	27	3.5	27	67	23	71	23	39	11	25	1.89
154834--155083	62	4.1	62	84	5	319	22	35	11	30	1.89
155053--155150	27	3.6	27	91	0	160	24	32	13	29	1.93
155034--155157	54	2.3	54	84	0	167	22	33	16	27	1.96
155190--155332	54	2.7	53	80	5	173	23	25	15	34	1.94
155198--155420	52	4.3	51	73	8	180	25	23	15	35	1.94
156230--156295	33	2.0	33	87	0	96	34	12	12	40	1.80
166927--166960	16	2.1	15	89	10	50	29	2	0	67	1.05
167043--167095	26	2.0	26	85	7	72	52	3	3	39	1.37
169089--169121	13	2.5	14	85	14	52	21	12	0	66	1.23
172803--173144	159	2.2	159	88	2	492	32	16	24	26	1.96
172813--173191	79	4.8	78	80	6	404	32	16	24	26	1.96
175607--175737	42	3.0	42	81	9	133	38	12	29	19	1.89
175746--175934	61	3.1	61	77	8	204	34	19	22	23	1.97
175859--176619	172	4.6	156	79	9	652	29	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176130--177028	61	15.4	56	80	9	764	27	20	25	26	1.99
176130--176998	55	15.0	55	78	10	756	27	20	26	26	1.99
176127--177028	233	3.9	227	80	9	930	27	20	25	26	1.99
177636--177988	159	2.2	159	85	2	478	34	14	23	27	1.94
177636--177988	79	4.4	78	74	8	311	34	14	23	27	1.94
177880--178116	130	1.8	130	83	5	318	35	13	23	27	1.92
180494--180600	20	5.7	20	76	18	97	42	13	15	28	1.84
180519--180582	33	1.9	33	96	0	119	43	14	15	26	1.85
180618--180642	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181241--181340	41	2.4	41	85	9	134	46	9	25	20	1.79

Tables:   1   2   3