genome.fa.s460.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold460
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276263

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 221 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159878--160302	144	2.9	142	79	3	440	32	27	14	25	1.95
163526--164354	90	8.5	97	73	14	491	31	21	8	38	1.83
163516--164144	188	3.3	188	79	9	693	31	22	8	38	1.84
163869--164146	98	3.0	93	78	8	244	31	22	9	36	1.86
164077--164630	210	2.7	208	87	3	677	30	21	9	38	1.85
164422--164449	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
164077--164576	104	4.8	102	75	12	415	31	20	8	39	1.82
164236--164630	210	1.9	211	95	0	720	29	21	10	38	1.86
164002--164669	105	6.5	103	75	10	503	30	20	8	39	1.84
166341--166371	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
166321--166385	33	2.0	33	88	11	98	30	18	13	36	1.90
166353--166409	20	2.9	18	76	18	69	33	15	15	35	1.90
166466--166496	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
166269--166510	125	1.9	125	97	0	457	30	15	15	38	1.89
166563--166589	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
167679--167731	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
168372--168407	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
170288--170351	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
170288--170351	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
172417--172457	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
174258--174302	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
176536--176561	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177767--177808	13	3.2	13	89	0	66	40	16	11	30	1.85
181866--181933	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
181888--181912	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181869--181931	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
182794--183231	49	9.0	49	86	1	603	32	16	25	25	1.96
182751--183231	97	4.9	97	88	2	667	32	16	24	26	1.96
183234--183329	33	2.9	33	92	0	156	17	17	33	31	1.94
183351--183904	34	17.2	33	78	10	339	33	14	29	22	1.94
183461--183515	27	2.0	27	89	0	83	34	16	29	20	1.94
183425--183904	228	2.1	218	81	9	531	33	15	29	22	1.94
185166--185219	14	3.9	14	80	9	65	1	0	18	79	0.82
185166--185225	28	2.1	28	84	6	77	3	1	16	78	0.97
190727--190778	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
194825--194855	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
196921--196958	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
197070--197115	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
199526--199551	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199507--199571	32	2.0	33	87	3	96	41	16	13	27	1.87
201867--201899	3	11.0	3	93	0	57	33	36	0	30	1.58
203482--203548	33	2.0	33	85	5	91	31	16	13	38	1.87
205155--205259	40	2.6	40	93	1	183	21	21	10	45	1.82
205390--205483	15	6.0	15	75	14	59	61	3	1	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205425--205507	15	5.2	16	75	5	71	59	6	3	31	1.39
206923--206959	19	1.9	19	88	0	56	40	10	5	43	1.63
207477--207538	15	3.8	16	76	17	56	35	0	1	62	1.05
207473--207523	18	2.9	19	81	16	58	37	0	0	62	0.95
207713--207762	16	3.2	16	80	2	57	60	6	0	34	1.21
207745--207787	20	2.1	21	95	4	79	58	0	0	41	0.98
213271--213298	1	28.0	1	100	0	56	0	0	100	0	0.00
213619--213652	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
216849--216895	19	2.4	20	89	3	69	25	12	23	38	1.90
218176--218200	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
223944--223974	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
225070--225106	10	3.6	10	96	3	65	29	21	10	37	1.88
225347--225493	52	2.8	52	90	2	224	32	20	17	29	1.96
229150--229212	34	1.9	32	87	12	92	30	12	17	39	1.87
229278--229327	19	2.5	20	83	3	66	30	14	20	36	1.91
233034--233101	33	2.0	35	88	5	104	5	14	11	67	1.39
233050--233115	33	2.0	33	84	0	87	6	16	10	66	1.41
233715--233747	10	3.4	10	87	4	50	45	12	21	21	1.84
233702--233738	15	2.6	14	91	8	58	45	13	21	18	1.84
233801--233895	14	7.1	14	69	21	69	47	10	20	22	1.80
233829--233921	29	3.5	26	72	22	77	44	9	21	24	1.82
233800--233925	52	2.3	55	87	6	177	45	10	19	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233827--233912	25	3.4	25	74	17	86	45	9	20	24	1.81
233826--233985	52	3.3	51	76	16	165	47	10	18	23	1.80
233888--233978	43	2.1	43	89	0	137	48	9	17	24	1.77
233976--234000	12	2.1	12	100	0	50	44	8	24	24	1.80
234243--234284	14	3.0	14	86	6	50	35	2	0	61	1.09
234244--234306	11	5.7	11	82	0	54	25	1	1	71	1.04
237995--238313	159	2.0	159	100	0	638	28	25	20	26	1.99
242251--242438	48	4.1	45	81	8	227	32	15	23	27	1.96
242208--242437	92	2.4	97	85	5	299	32	16	23	27	1.96
242457--242580	28	4.3	28	83	7	135	17	15	29	37	1.91
242457--242580	58	2.2	58	82	10	148	17	15	29	37	1.91
242483--242801	29	10.6	30	78	10	199	26	15	29	29	1.96
242554--242644	35	2.6	34	81	5	103	38	12	28	20	1.89
242622--242796	59	2.9	59	77	5	183	25	16	30	27	1.97
244241--244317	1	77.0	1	76	0	73	0	0	11	88	0.52
244241--244319	5	16.2	5	83	11	94	0	0	12	87	0.55
244241--244317	16	5.3	15	86	11	99	0	0	11	88	0.52
244241--244317	31	2.5	30	84	10	102	0	0	11	88	0.52
260589--260890	85	3.6	85	84	0	408	35	17	28	18	1.94
260485--260892	170	2.5	163	90	3	620	34	18	28	18	1.95
260650--261104	212	2.1	212	84	6	591	34	18	27	19	1.95
260607--261315	85	8.4	85	75	7	394	34	16	28	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260485--261320	127	6.6	128	72	6	537	34	17	28	19	1.94
260585--261315	42	17.3	42	71	7	377	34	16	28	19	1.94
262667--262738	36	1.9	38	86	5	103	13	11	0	75	1.06
274450--274488	20	2.0	20	84	0	51	56	7	17	17	1.64
274575--274632	22	2.7	21	82	15	57	3	22	18	55	1.58
275083--275115	15	2.1	16	94	5	59	0	18	6	75	1.00
275757--275790	14	2.5	13	86	13	50	44	14	20	20	1.87
275836--276003	14	12.0	14	69	20	77	45	7	19	26	1.77
275815--275964	52	3.1	52	81	16	192	44	7	21	27	1.78
275891--275959	18	3.4	18	70	24	57	43	8	20	27	1.81
275866--276003	43	3.3	43	94	2	235	47	7	18	26	1.76
275952--276003	25	2.1	25	85	7	70	50	9	17	23	1.75
275807--275991	29	6.6	28	69	19	93	45	8	20	25	1.79

Tables:   1   2

The End!