genome.fa.s460.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold460
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276263

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284--2317	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
2284--2317	11	3.2	11	95	4	61	47	0	0	52	1.00
5058--5114	20	2.8	20	81	0	78	31	8	14	45	1.75
16367--16675	59	5.3	59	74	10	233	46	12	13	27	1.79
16457--16675	118	1.9	116	82	3	278	47	11	12	28	1.76
16601--16741	59	2.4	60	77	10	155	47	10	11	30	1.73
16582--16802	59	3.7	57	75	7	154	47	11	11	29	1.75
16483--16798	119	2.7	118	78	6	293	46	11	12	29	1.77
17723--17748	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19844--19886	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
20315--20352	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
24871--24903	12	2.8	12	100	0	66	24	39	0	36	1.56
26528--26553	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26508--26571	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
28060--28099	20	2.1	20	86	9	57	27	7	22	42	1.80
28173--28223	21	2.4	21	96	0	93	39	17	13	29	1.88
29282--29349	34	2.0	34	100	0	136	20	11	17	50	1.77
29725--30008	79	3.6	78	79	7	295	36	10	22	30	1.88
31225--31296	35	2.1	35	94	0	126	52	2	29	15	1.56
32186--32211	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32166--32229	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
32260--32316	21	2.7	21	100	0	114	26	19	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32948--32991	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
34796--34821	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
34807--34886	20	3.8	20	75	18	72	41	13	16	28	1.86
36899--36929	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
38733--38777	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
40983--41008	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
40963--41026	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
42524--42575	20	2.5	21	90	3	79	30	15	11	42	1.82
43144--43187	15	2.9	15	79	0	61	59	13	4	22	1.53
46930--47416	79	6.2	79	77	6	416	28	25	13	32	1.93
46930--47419	158	3.1	158	81	3	488	28	25	13	33	1.93
48401--48454	20	2.7	20	91	0	81	33	16	12	37	1.87
49687--49711	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
49669--49731	33	1.9	33	87	6	92	36	12	19	31	1.89
57391--57459	33	2.1	33	89	5	104	23	24	20	31	1.98
58390--58442	19	2.7	21	85	8	67	28	15	15	41	1.87
58492--58556	33	2.0	32	85	11	87	35	13	18	32	1.90
61193--61291	51	1.9	51	89	0	153	37	4	24	34	1.74
61360--61643	79	3.6	79	85	3	351	35	12	22	28	1.91
61169--61500	130	2.6	130	81	1	389	36	10	22	29	1.88
64020--64048	13	2.2	13	100	0	58	41	13	13	31	1.84
64598--64941	41	8.2	41	71	13	188	41	12	25	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64694--64946	84	3.0	84	81	4	285	42	12	25	19	1.86
64911--65575	61	11.1	61	82	8	755	28	20	26	24	1.99
66675--66767	1	93.0	1	73	0	60	3	3	8	84	0.82
66676--66767	22	4.4	19	79	15	85	3	3	8	84	0.83
66689--66767	41	1.9	41	85	10	108	3	1	10	84	0.80
66676--66767	27	3.6	26	80	12	86	3	3	8	84	0.83
66698--66767	8	8.5	8	77	17	72	4	1	8	85	0.78
67562--67627	19	3.8	19	75	22	81	34	12	16	36	1.86
67582--67606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67563--67625	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
67669--67693	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67648--67714	33	2.0	34	91	2	109	35	16	13	34	1.88
69865--69918	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
74664--74698	14	2.6	14	90	4	54	85	11	0	2	0.69
74948--74988	21	1.9	22	90	5	66	82	7	9	0	0.83
76012--76473	64	7.1	64	74	13	352	22	29	12	34	1.92
76111--76573	31	13.9	37	71	16	147	22	29	13	35	1.92
76012--76605	33	18.1	33	78	10	411	22	29	12	35	1.91
76019--76473	95	4.7	97	91	4	670	23	29	13	33	1.92
76288--76700	134	3.2	133	80	8	388	22	30	13	33	1.92
76449--76683	101	2.3	99	82	6	276	19	31	12	36	1.89
76449--76705	33	7.6	34	80	9	208	20	31	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76521--76705	101	1.8	101	83	4	248	20	30	12	36	1.90
76766--77377	49	12.6	49	88	5	838	25	26	17	30	1.97
76766--77377	97	6.3	98	90	4	856	25	26	17	30	1.97
77176--77243	21	3.2	21	67	19	59	26	23	17	32	1.97
77155--77222	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
78313--78378	19	3.8	19	77	22	90	33	12	18	36	1.88
78333--78357	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78314--78376	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
78399--78465	33	2.0	34	88	2	100	35	16	11	35	1.86
79632--79685	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
81613--81647	18	1.9	18	94	0	61	17	37	0	45	1.48
82529--82559	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
82509--82572	33	1.9	33	87	12	96	31	17	14	37	1.89
82626--82656	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
82605--82669	33	1.9	34	87	9	98	30	16	16	35	1.92
82509--82738	97	2.4	97	94	0	408	30	16	18	34	1.93
82701--82757	19	2.9	19	86	5	69	35	15	15	33	1.90
82723--82785	32	1.9	33	90	3	101	39	14	17	28	1.89
91320--91350	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
91300--91366	33	2.0	33	85	5	91	34	16	14	34	1.90
98659--98684	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98638--98702	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98638--98702	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
99329--99364	18	2.0	18	94	0	63	38	13	5	41	1.68
102792--102829	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
104631--104675	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
106016--109298	655	5.0	655	99	0	6431	32	20	16	30	1.95
109515--109539	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109494--109558	32	2.0	33	90	6	105	27	12	16	43	1.84
110876--110913	19	2.1	19	85	9	53	44	0	13	42	1.43
113962--114249	156	1.9	154	90	2	461	32	20	12	34	1.90
115453--115502	21	2.4	21	93	0	82	38	12	20	30	1.88
116452--116503	19	2.6	20	87	6	79	26	11	17	44	1.83
119028--119065	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
122964--123008	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
125228--125253	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
125207--125271	32	2.0	33	90	6	105	29	12	13	44	1.81
125207--125271	19	3.6	19	71	26	61	29	12	13	44	1.81
126656--126968	80	3.9	79	81	7	366	35	12	23	28	1.91
126706--127016	159	2.0	160	85	3	421	36	10	24	28	1.89
129482--129522	20	2.0	20	90	0	64	29	12	9	48	1.72
131561--131713	78	2.0	79	88	2	229	33	22	5	39	1.76
131457--131794	182	1.8	184	82	5	425	31	23	7	37	1.83
133375--134081	166	4.3	165	82	5	779	32	10	6	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133374--134081	331	2.1	330	84	5	905	32	10	6	50	1.61
149301--149326	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
149281--149348	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
155399--155436	13	2.9	13	88	0	58	31	10	18	39	1.85
157319--157387	27	2.4	29	90	4	115	28	1	27	42	1.64
158054--158079	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158034--158101	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
159596--159801	69	2.9	72	74	13	210	33	28	11	26	1.91
159595--159918	141	2.3	139	81	8	345	31	28	11	28	1.92
159594--159918	68	4.6	71	72	11	199	31	28	11	28	1.91

Tables:   1   2