genome.fa.s461.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold461
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  348331

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91--136	9	5.2	9	84	10	51	0	28	0	71	0.86
492--525	2	17.5	2	93	6	61	50	0	50	0	1.00
493--522	15	2.0	15	100	0	60	46	0	53	0	1.00
492--524	17	1.9	17	100	0	66	48	0	51	0	1.00
659--1340	162	4.2	166	81	6	725	51	6	11	31	1.62
2407--2469	33	1.9	33	90	6	101	33	12	20	33	1.90
5430--5588	81	2.0	81	96	0	291	32	10	18	38	1.85
6133--6207	20	3.8	20	80	3	80	32	13	14	40	1.85
13219--13249	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
19372--19422	13	3.9	13	92	0	84	31	17	15	35	1.92
19371--19423	26	2.0	26	96	0	97	30	16	15	37	1.90
21906--21960	20	2.8	19	86	5	74	30	12	20	36	1.90
21988--22054	33	2.0	33	85	5	91	32	13	19	34	1.91
25657--25796	27	5.1	27	82	6	167	25	30	12	31	1.93
25657--25808	55	2.8	55	83	7	193	26	31	12	28	1.93
25813--26757	28	33.4	28	81	4	1029	28	29	17	24	1.97
25813--26757	141	6.7	139	81	4	1025	28	29	17	24	1.97
25813--26731	254	3.6	255	85	3	1167	28	29	16	24	1.97
27444--27469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29189--29221	17	2.0	17	88	5	50	54	12	27	6	1.60
29688--29732	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
31536--31566	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33573--33652	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
33638--33676	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
36205--36230	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37459--37515	20	2.8	20	89	0	87	33	15	7	43	1.74
41415--41474	25	2.4	25	91	2	102	50	10	11	28	1.71
43885--43924	13	3.1	13	77	0	53	32	7	15	45	1.74
45754--45788	17	2.1	17	100	0	70	51	0	28	20	1.47
46494--46568	19	3.9	19	87	1	105	30	16	14	38	1.88
47413--47512	8	12.2	8	70	12	69	75	2	3	20	1.04
47416--47497	15	5.3	15	73	13	67	75	1	3	19	1.02
47503--47552	20	2.7	19	72	9	50	66	20	4	10	1.38
47417--47562	26	5.2	27	75	14	84	71	7	3	17	1.23
50469--50630	44	3.8	41	82	8	153	44	16	18	20	1.87
50512--51073	44	13.0	44	68	12	209	42	15	22	19	1.89
50513--51073	87	6.5	87	78	5	548	42	15	22	19	1.89
50612--51050	168	2.6	171	82	4	508	41	15	23	19	1.90
50773--51028	88	2.9	88	83	5	340	42	16	23	17	1.88
54302--54689	157	2.5	157	82	2	449	27	25	12	34	1.92
54302--54677	79	4.8	77	75	6	333	26	25	13	34	1.93
54302--54690	78	5.0	79	76	3	365	27	25	12	34	1.92
61374--61429	20	2.9	19	87	10	78	33	14	16	35	1.88
61475--61527	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61459--61527	33	2.1	33	86	5	95	31	11	18	37	1.87
72488--72513	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72470--72533	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
73311--73369	21	2.8	21	100	0	118	33	10	13	42	1.78
73390--73460	32	2.2	32	87	0	97	40	19	8	30	1.81
74841--74867	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
74822--74886	32	2.0	32	90	3	103	29	15	15	40	1.88
74851--74913	19	3.3	18	85	12	90	34	14	17	33	1.90
74852--74907	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
74939--75002	33	1.9	33	87	6	94	35	14	15	34	1.88
75474--75543	36	1.9	36	100	0	140	35	10	20	34	1.86
80565--80659	36	2.8	35	78	15	112	29	25	12	32	1.93
83675--83733	19	3.0	18	78	14	55	25	11	20	42	1.86
86232--86256	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
90798--90831	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
92435--92461	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
95749--95799	21	2.4	22	78	15	61	52	3	23	19	1.62
96473--96519	18	2.6	18	86	6	60	19	2	19	59	1.48
97485--97541	30	1.9	30	96	0	105	35	3	29	31	1.75
98271--98324	19	2.8	19	81	13	65	29	12	18	38	1.88
98473--98509	20	1.9	20	88	5	58	40	10	13	35	1.80
98869--98940	36	2.0	35	84	7	92	33	9	29	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101736--102037	161	1.9	162	86	4	441	42	11	10	35	1.76
103628--104062	164	2.7	162	84	5	554	51	8	9	30	1.63
106222--106551	79	4.1	77	76	11	283	36	9	24	29	1.87
112558--112656	20	5.7	20	68	30	91	27	16	15	41	1.88
112580--112636	13	3.8	13	72	27	51	29	19	14	36	1.91
112560--112665	33	3.2	33	97	0	194	28	16	15	40	1.88
112696--112726	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
112704--112810	52	2.1	52	87	0	151	34	19	11	34	1.87
114809--114893	21	4.0	21	75	15	61	54	1	24	20	1.52
118154--118252	52	1.9	52	89	0	153	31	19	12	37	1.88
121052--121433	79	4.9	79	80	8	374	34	12	24	28	1.92
121052--121433	157	2.4	157	82	7	458	34	12	24	28	1.92
123778--123850	30	2.4	30	88	2	110	39	16	17	26	1.91
123778--123846	31	2.3	31	89	2	104	39	17	17	26	1.91
124497--124745	83	3.0	84	85	6	326	39	12	26	22	1.89
124497--124745	41	5.9	42	85	7	303	39	12	26	22	1.89
124820--125237	61	7.1	61	82	12	455	28	18	26	26	1.98
124755--125237	178	2.8	170	83	9	555	29	18	26	26	1.98
124998--125156	49	3.0	49	83	14	176	28	18	25	27	1.98
124881--125217	110	3.0	107	85	8	385	29	18	25	26	1.98
126228--126280	1	53.0	1	76	0	52	0	1	9	88	0.58
126228--126280	8	6.5	8	93	4	88	0	1	9	88	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126215--126262	14	3.3	14	80	11	51	0	8	8	83	0.82
126228--126280	25	2.2	25	93	3	90	0	1	9	88	0.58
133148--133410	79	3.3	79	79	6	284	34	14	23	27	1.94
136444--136633	40	4.6	42	86	5	230	43	12	25	18	1.86
136429--136651	40	5.4	41	83	4	218	39	14	24	21	1.91
136441--136651	81	2.6	84	82	6	227	41	12	25	20	1.88
136684--137129	61	7.3	61	77	9	394	29	19	24	26	1.99
138091--138163	9	8.1	9	78	15	62	1	9	5	83	0.86
138132--138161	6	4.8	6	92	8	51	0	0	13	86	0.57
138131--138162	13	2.5	13	100	0	64	0	0	12	87	0.54
139368--139751	79	4.9	80	81	6	421	32	13	25	28	1.93
143716--143769	20	2.7	19	82	8	63	29	9	12	48	1.73
150077--150109	12	2.8	12	90	4	50	39	15	3	42	1.62
151112--151450	28	12.1	28	82	5	398	23	17	28	29	1.97
155453--156659	57	20.9	58	82	7	1304	23	17	29	28	1.97
155453--156659	28	41.9	29	81	7	1304	23	17	29	28	1.97
169633--169686	27	2.0	27	81	0	63	33	16	29	20	1.95
171866--171939	20	3.7	19	80	7	76	39	13	13	33	1.84
173323--173363	12	3.4	12	87	9	57	7	7	4	80	1.02
191004--191179	71	2.5	72	86	3	250	39	15	14	30	1.87
191054--191199	20	6.8	20	72	16	85	41	15	13	29	1.85
203569--203594	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203551--203615	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
205000--205054	20	2.7	21	83	11	69	30	12	9	47	1.73
210607--210680	20	3.7	20	85	0	103	40	14	10	33	1.81
210699--210751	21	2.5	21	96	0	97	32	18	16	32	1.94
211707--212300	29	21.0	28	85	2	654	24	15	30	29	1.96
211732--212255	284	1.8	284	87	3	777	23	16	29	29	1.96
212236--212695	27	17.0	27	84	2	503	33	13	28	24	1.93
220734--220795	32	2.0	30	90	6	97	20	17	32	29	1.96
220749--220828	28	2.7	30	80	7	74	23	22	23	30	1.99
220776--220871	28	3.4	28	79	0	93	27	20	22	29	1.99

Tables:   1   2