genome.fa.s463.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold463
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186999

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44--93	20	2.3	23	83	13	70	52	2	0	46	1.12
11772--11796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11852--11895	20	2.2	20	88	4	63	40	13	15	29	1.86
12485--12529	21	2.1	21	83	4	54	24	28	2	44	1.66
18423--18468	3	15.3	3	86	0	65	28	30	2	39	1.69
20112--20174	32	1.9	33	93	3	110	39	12	15	31	1.85
25811--25881	9	7.2	10	75	15	60	66	0	2	30	1.06
25839--25877	19	2.1	19	90	4	62	66	0	0	33	0.92
28314--28367	16	3.4	16	82	2	74	55	0	0	44	0.99
29086--29114	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
29892--29927	16	2.2	16	100	0	72	41	0	0	58	0.98
29901--29943	7	5.9	7	78	10	50	44	0	0	55	0.99
30459--30509	25	2.0	25	88	0	75	50	7	7	33	1.60
30626--30660	17	2.1	16	89	5	52	11	2	2	82	0.88
31450--31474	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
33308--33337	10	3.0	10	90	0	51	46	0	0	53	1.00
37400--37489	37	2.4	36	79	7	90	42	0	1	56	1.06
37419--37501	36	2.3	35	79	18	84	43	0	1	55	1.07
37500--37538	19	2.1	19	85	4	53	43	2	10	43	1.52
39924--39953	13	2.3	13	100	0	60	23	6	16	53	1.66
40560--40626	20	3.3	20	66	15	57	37	11	10	40	1.77
40551--40647	40	2.4	40	96	0	176	40	10	9	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40580--40646	20	3.3	20	69	8	64	43	10	10	35	1.73
48491--48750	79	3.3	79	79	5	285	34	12	23	29	1.91
48689--48815	51	2.5	50	84	7	157	33	10	23	32	1.88
51105--51133	13	2.2	13	100	0	58	41	13	13	31	1.84
51117--51171	20	2.8	18	89	10	74	43	16	14	25	1.86
55004--55078	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
55001--55078	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
55451--55575	49	2.7	46	81	7	144	31	20	28	19	1.97
55606--56435	32	25.9	32	91	2	1171	17	18	32	31	1.94
55606--56435	64	13.0	64	91	1	1297	17	18	32	31	1.94
55606--56435	96	8.6	96	91	2	1296	17	18	32	31	1.94
56439--57707	27	47.3	27	87	5	1795	28	14	32	23	1.94
56439--57707	55	23.6	54	88	5	1795	28	14	32	23	1.94
56439--57707	82	15.8	81	87	5	1795	28	14	32	23	1.94
57013--57055	21	2.0	21	95	0	77	23	18	30	27	1.98
57225--57294	21	3.0	21	78	17	77	25	17	31	25	1.97
58723--58756	12	2.8	12	95	0	59	0	0	14	85	0.60
62812--62836	9	2.8	9	100	0	50	44	36	20	0	1.52
66153--66227	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
66150--66227	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
68552--68593	15	2.8	15	79	10	50	52	0	0	47	1.00
70401--70459	31	1.9	31	82	6	75	52	1	3	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72117--72166	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
72854--72914	24	2.6	24	79	7	63	49	3	6	40	1.45
74112--74140	12	2.3	13	94	5	51	89	10	0	0	0.48
76988--77038	21	2.5	21	72	15	52	60	0	0	39	0.97
77001--77056	27	2.2	25	87	12	78	55	0	0	44	0.99
76956--77058	38	2.6	41	72	17	99	58	0	0	41	0.98
76960--77063	17	5.9	17	68	19	61	59	0	0	40	0.97
77916--77972	29	2.0	29	86	13	82	56	0	0	43	0.99
80184--80353	35	5.1	34	80	14	194	44	5	29	20	1.73
80219--80345	62	2.1	61	89	4	193	44	5	29	20	1.74
80151--80353	97	2.1	96	97	0	379	44	5	30	20	1.74
81563--82149	79	7.4	79	94	0	1012	26	26	14	32	1.95
82081--82201	52	2.3	52	87	4	165	26	23	14	34	1.94
88294--89490	61	20.3	61	84	9	1414	26	28	20	24	1.99
88322--89489	116	10.0	116	90	5	1702	26	28	20	24	1.99
89128--89213	27	3.1	27	65	21	70	26	25	19	27	1.99
89363--89688	150	2.1	150	84	11	400	25	29	20	24	1.99
89630--89722	39	2.4	39	96	0	168	17	31	20	31	1.95
89708--89843	60	2.3	60	85	2	175	27	26	19	26	1.99
90909--91078	35	5.1	34	80	14	194	44	5	29	20	1.73
90944--91070	62	2.1	61	89	4	193	44	5	29	20	1.74
90876--91078	97	2.1	96	97	0	379	44	5	30	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92345--92931	79	7.4	79	92	0	960	27	25	14	32	1.95
92863--92983	52	2.3	52	88	4	174	27	23	14	34	1.93
95025--95244	51	4.3	51	86	2	264	28	25	11	34	1.91
95180--95471	79	3.7	78	84	3	381	26	25	16	31	1.96
95513--95589	28	2.7	30	88	7	108	23	32	19	24	1.97
95300--95801	237	2.1	236	81	4	573	26	25	14	33	1.94
95465--95668	107	1.9	107	81	2	248	27	26	15	30	1.96
95541--95717	79	2.2	79	81	5	198	27	26	14	31	1.95
97874--97908	4	8.2	4	96	3	52	22	0	5	71	1.07
102048--102126	39	2.0	39	100	0	158	44	10	7	37	1.67
106265--106602	113	3.0	114	93	0	552	37	20	21	21	1.95
106795--106843	22	2.2	22	82	7	55	46	0	2	51	1.12
107222--107278	2	28.5	2	96	0	105	47	0	1	50	1.11
107512--107554	11	3.8	11	85	11	52	55	0	0	44	0.99
112872--112900	14	2.0	15	93	6	51	44	0	6	48	1.29
113150--113180	16	1.9	16	93	0	53	35	3	12	48	1.58
113155--113189	16	2.2	16	89	0	52	40	2	11	45	1.55
113013--113344	169	2.0	169	94	0	583	37	9	8	44	1.68
113335--113371	16	2.3	16	95	0	65	48	0	0	51	1.00
113358--113411	23	2.4	21	74	14	54	31	1	11	55	1.45
113485--113533	3	16.3	3	91	0	80	32	2	2	63	1.17
114153--114190	14	2.9	13	88	7	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114382--114422	18	2.3	18	95	0	73	29	12	4	53	1.58
114346--114457	52	2.2	51	82	9	138	33	8	7	50	1.61
114610--114647	13	2.9	13	88	7	51	34	0	0	65	0.93
115278--115325	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
115445--115515	32	2.2	32	82	5	81	49	4	2	43	1.36
115454--115520	16	4.3	16	79	3	66	52	1	1	44	1.19
115697--115725	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
116432--116478	16	2.9	16	76	17	53	48	10	4	36	1.57
117720--117893	79	2.2	79	81	6	192	32	15	26	25	1.96
117848--117919	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
117913--118023	51	2.2	51	81	0	132	35	13	20	30	1.91
117634--118137	237	2.1	237	82	3	604	34	14	24	26	1.94
117966--118257	79	3.7	79	85	4	351	32	15	24	27	1.96
118193--118471	51	5.5	49	80	9	294	34	11	25	28	1.91
118193--118463	102	2.7	102	92	1	436	33	11	25	28	1.91
120832--120857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
121823--122132	61	5.3	60	83	7	360	25	20	28	25	1.99
121823--122107	122	2.4	118	88	5	398	25	20	28	25	1.99
123212--123269	1	58.0	1	78	0	62	0	1	8	89	0.55
123220--123266	8	5.6	8	90	9	76	0	0	10	89	0.49
123215--123268	18	2.9	18	91	8	83	0	1	9	88	0.58
123212--123269	26	2.3	25	91	5	98	0	1	8	89	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131737--131974	126	1.9	126	86	0	341	35	8	11	44	1.72
142393--142425	15	2.2	15	89	10	50	36	24	24	15	1.93
145124--145534	42	9.8	42	76	4	303	17	31	18	33	1.94
146489--147319	167	5.0	165	78	9	767	27	11	8	52	1.66
147034--147068	8	4.2	8	88	3	52	14	0	8	77	0.99
147037--147069	16	2.0	17	94	5	59	15	0	6	78	0.93
152959--153020	15	3.8	15	74	17	61	53	0	0	46	1.00
156963--157018	2	28.5	2	96	3	105	51	0	0	48	1.00
162469--162553	7	10.6	8	70	21	54	48	1	1	49	1.16
162449--162543	24	4.0	23	75	14	77	53	2	1	43	1.19

Tables:   1   2