genome.fa.s469.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold469
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  257357

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 193 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1557--1603	13	3.4	13	80	19	51	0	21	0	78	0.75
1558--1596	19	2.1	19	90	0	60	0	20	0	79	0.73
1557--1596	6	6.2	6	86	13	53	0	20	0	80	0.72
3030--3440	153	2.7	150	80	8	429	35	10	6	47	1.64
4267--4621	148	2.4	148	79	6	384	27	20	18	33	1.96
8017--8062	17	2.7	17	83	10	58	86	4	4	4	0.77
8017--8061	16	2.7	16	86	6	54	86	4	4	4	0.78
8031--8061	8	3.9	8	95	0	53	90	3	0	6	0.55
8086--8125	16	2.4	16	91	8	62	77	0	15	7	0.98
9537--9590	20	2.7	20	94	2	90	38	11	16	33	1.84
9649--9722	20	3.7	20	82	13	89	31	22	12	33	1.91
9668--9869	93	2.2	93	90	0	323	30	18	14	36	1.90
11438--11494	13	3.9	13	74	24	51	36	12	17	33	1.87
11451--11513	19	3.7	18	72	24	64	34	11	17	36	1.85
11437--11521	32	2.7	32	94	0	152	34	11	17	36	1.86
15778--15924	53	2.8	50	77	10	141	29	23	5	41	1.76
17579--17652	37	2.0	37	89	2	114	25	28	5	40	1.77
17615--17837	82	2.7	80	79	5	223	21	21	13	43	1.86
19594--19640	10	4.8	10	81	5	51	78	0	14	6	0.93
20463--20502	15	2.7	15	88	7	55	77	0	0	22	0.77
25918--26898	156	6.3	155	81	5	989	39	20	16	23	1.92
28364--28413	12	4.2	12	77	10	57	4	18	0	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026--29509	166	2.9	165	85	3	605	54	8	9	28	1.61
30954--31305	139	2.5	140	83	5	388	42	13	11	32	1.79
33329--33449	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
33329--33469	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
33458--33482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33548--33572	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33526--33592	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
34657--34696	21	2.0	20	85	5	53	65	12	0	22	1.26
37905--37958	20	2.7	20	94	0	99	40	11	12	35	1.79
37994--38022	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
39607--39742	45	3.0	44	73	4	119	42	11	21	24	1.86
39745--40153	93	4.4	93	75	6	263	41	17	21	20	1.91
39751--40320	47	12.2	47	76	6	367	41	17	20	20	1.91
39752--40132	140	2.7	140	80	2	399	41	17	20	19	1.90
39843--40318	186	2.6	186	80	3	510	41	16	20	21	1.90
39751--40320	94	6.1	93	74	6	445	41	17	20	20	1.91
41307--41351	12	3.7	13	79	8	51	0	11	2	86	0.65
41299--41351	19	2.8	18	86	13	63	0	11	3	84	0.73
41607--41655	18	2.8	17	76	14	55	10	10	6	73	1.25
41676--41712	12	3.2	12	81	11	51	0	16	0	83	0.64
42017--42051	16	2.2	16	90	10	54	0	17	0	82	0.66
48129--48173	23	2.0	23	95	0	81	2	20	0	77	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48126--48171	10	4.4	10	82	17	58	2	17	0	80	0.81
48132--48175	11	3.9	11	77	16	54	2	20	0	77	0.88
48715--49142	167	2.6	166	84	4	567	47	8	14	30	1.73
50276--50636	177	2.0	177	85	5	485	32	16	25	25	1.96
51425--51456	16	1.9	17	93	6	57	34	21	0	43	1.53
51757--51808	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
53690--53868	50	3.5	51	82	5	204	29	24	11	35	1.90
53858--53926	28	2.5	27	90	9	104	23	30	17	28	1.97
61950--62013	32	2.0	33	87	3	94	29	12	15	42	1.84
64570--64606	13	2.8	13	100	0	74	40	16	13	29	1.86
70795--70820	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70775--70838	32	2.0	33	90	3	103	28	12	17	42	1.85
76421--76487	1	67.0	1	74	0	53	86	10	2	0	0.67
76423--76487	20	3.3	19	87	8	78	86	10	3	0	0.69
76426--76488	16	3.9	16	78	19	69	84	11	4	0	0.77
76421--76487	31	2.2	31	89	5	100	86	10	2	0	0.67
76421--76476	11	5.3	11	79	16	73	87	10	1	0	0.62
77564--78147	55	10.2	55	84	7	652	27	26	19	26	1.99
77564--78423	226	3.8	220	77	15	731	26	26	19	26	1.99
78195--78428	61	3.9	61	84	5	280	26	27	19	26	1.99
78200--78423	122	1.8	121	86	4	326	26	28	19	25	1.99
79119--79216	20	5.6	20	69	30	98	27	22	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79105--79215	33	3.4	33	98	0	213	28	20	11	38	1.88
79136--79195	13	5.1	13	71	22	60	28	18	13	40	1.88
81615--81782	51	3.3	51	85	5	189	32	22	10	34	1.89
81772--81844	28	2.6	27	87	8	94	24	31	17	26	1.97
86557--86585	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
87491--87535	22	2.0	22	82	0	54	48	22	24	4	1.68
87633--87667	16	2.1	16	89	5	52	68	0	31	0	0.90
89236--89732	156	3.2	156	79	5	535	22	16	21	39	1.92
90756--90781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
90734--90801	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
90831--90903	20	3.6	20	85	5	94	27	13	17	41	1.88
90891--90915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94618--94643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
94598--94661	32	2.0	33	87	9	96	29	15	15	39	1.89
97186--97224	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
97210--97288	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
99302--99332	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
101136--101180	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
103397--103422	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
103377--103440	32	2.0	33	87	9	96	29	15	15	39	1.89
103375--103582	85	2.4	85	95	2	373	30	16	16	36	1.91
103482--103507	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103462--103525	32	2.0	33	87	9	96	29	15	15	39	1.89
103566--103618	20	2.7	20	100	0	106	33	20	15	30	1.93
108476--108823	155	2.2	155	84	4	434	38	18	16	26	1.92
108476--108880	155	2.6	155	81	4	390	37	19	16	26	1.93
111808--111868	29	2.1	29	84	3	77	31	3	19	45	1.66
111883--112213	81	4.1	79	77	11	321	37	8	20	32	1.84
111911--112229	162	2.0	162	84	2	419	36	8	22	32	1.85
111909--112273	81	4.5	77	77	7	257	35	8	23	32	1.85
111911--112273	160	2.2	161	82	5	412	36	8	23	31	1.86
118536--118568	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
130271--130347	20	3.8	20	83	6	111	38	11	18	31	1.86
130836--131563	165	4.4	164	83	4	831	51	7	10	30	1.63
131159--131200	18	2.3	19	83	4	50	45	2	9	42	1.49
130837--131563	328	2.2	331	84	4	952	51	7	10	30	1.63
135430--135631	28	6.8	28	73	15	118	25	31	12	31	1.92
135477--135644	65	2.7	64	85	5	193	24	28	11	35	1.91
135504--135644	33	4.5	33	69	22	108	24	27	12	35	1.92
135689--135969	31	9.0	30	81	6	224	32	28	16	22	1.95
135689--135952	63	4.2	61	77	9	212	33	28	16	21	1.95
135686--135954	94	2.9	94	83	5	321	32	28	16	22	1.95
135771--135978	94	2.2	94	82	4	251	32	30	15	20	1.94
136087--136648	104	5.4	102	75	5	448	26	22	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136087--136649	52	10.9	52	74	4	368	26	23	15	35	1.94
136038--136636	258	2.3	258	82	3	695	26	22	15	35	1.93
137846--137905	20	3.3	20	70	29	71	36	15	10	38	1.80
137845--137922	33	2.4	33	97	0	147	41	14	8	35	1.77
138522--138575	20	2.7	20	88	8	74	40	11	16	31	1.84
138580--138673	39	2.4	39	83	1	136	35	13	24	26	1.93
138996--139269	141	1.9	141	92	0	458	32	25	14	28	1.95
143632--143668	18	2.1	18	100	0	74	51	16	21	10	1.74
145497--145553	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
145541--145677	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93

Tables:   1   2