genome.fa.s473.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold473
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  209205

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681--1752	20	3.6	20	82	0	90	30	16	13	38	1.88
1596--1734	71	2.0	71	88	0	206	30	12	12	44	1.79
5885--5909	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
7802--7861	28	2.1	28	96	0	111	48	11	25	15	1.78
11530--11593	19	3.7	18	72	23	66	45	14	14	26	1.82
11530--11605	32	2.4	32	90	0	125	44	14	13	27	1.82
20130--20228	52	1.9	52	91	0	162	34	11	15	39	1.82
20293--20317	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20275--20336	32	1.9	32	86	3	88	41	14	14	29	1.85
20444--20488	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
26874--26899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26887--26949	19	3.6	19	68	24	66	26	14	19	39	1.90
26874--26949	32	2.4	32	93	0	134	27	14	18	39	1.90
26982--27036	20	2.7	21	85	2	76	29	16	14	40	1.88
29516--29553	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
30269--30335	19	3.9	17	75	25	70	34	11	17	35	1.87
30288--30312	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30267--30339	32	2.3	32	95	0	128	35	12	17	34	1.88
30363--30388	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32716--32837	51	2.3	52	88	5	176	33	21	11	33	1.89
32716--32837	53	2.4	51	88	5	174	33	21	11	33	1.89
32824--32895	27	2.6	29	82	10	96	26	33	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32848--33022	79	2.2	79	85	4	228	27	26	14	31	1.95
32959--33091	51	2.6	51	81	7	137	27	24	11	36	1.90
33005--33124	51	2.4	51	79	10	129	28	24	13	34	1.93
33182--33234	27	2.0	27	96	0	97	24	32	18	24	1.97
33187--33259	27	2.7	27	86	2	92	23	35	21	19	1.96
33242--33462	51	4.3	51	82	4	246	30	23	11	34	1.90
44541--44672	42	3.1	42	89	2	176	11	41	0	46	1.45
45399--45432	14	2.3	15	95	5	61	5	11	5	76	1.14
47909--48068	87	1.8	87	90	2	259	26	24	22	26	2.00
49325--49349	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
50897--50937	20	2.0	20	90	0	64	39	9	14	36	1.79
54055--54081	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
54471--54510	10	3.9	10	86	3	53	0	25	0	75	0.81
55814--56704	28	31.5	28	80	4	826	24	17	28	30	1.97
55739--56781	84	12.3	84	77	6	795	24	16	28	29	1.97
56582--57280	27	25.6	28	79	9	574	29	14	30	26	1.94
56626--57247	55	11.5	53	79	7	567	29	14	31	25	1.94
56980--57022	21	2.0	21	86	0	59	27	13	39	18	1.89
58210--58248	20	2.0	20	85	10	53	20	25	10	43	1.83
65040--65086	17	2.8	17	78	12	51	2	25	0	72	0.96
71358--71396	8	5.0	8	84	6	53	10	5	0	84	0.76
71583--71655	18	3.7	20	71	20	62	50	1	1	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74466--74514	18	2.8	17	75	9	53	48	0	10	40	1.37
76500--76525	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
76694--76742	15	3.4	14	80	8	53	46	0	8	44	1.33
78378--78440	30	2.1	30	84	0	81	34	12	11	41	1.79
80310--80383	20	3.8	19	84	7	94	33	12	14	39	1.84
81331--81368	20	1.9	20	88	0	58	23	15	13	47	1.81
95517--95634	28	4.1	28	81	4	130	32	27	16	24	1.96
95576--95721	31	4.7	31	76	9	129	30	27	19	22	1.98
97571--97622	20	2.6	20	100	0	104	21	19	9	50	1.76
101168--101192	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101283--101308	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107766--107877	50	2.2	50	95	0	197	38	0	26	33	1.63
108407--108467	20	3.0	20	80	0	68	37	19	14	27	1.91
108457--108506	20	2.4	21	86	3	66	40	14	18	28	1.89
108559--108584	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
108541--108604	33	2.0	32	87	3	92	40	20	10	28	1.86
111576--111638	32	2.0	32	93	0	108	34	14	17	33	1.90
111595--111619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
111575--111642	19	3.9	18	75	23	74	35	13	16	35	1.87
113896--113949	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
118260--118286	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
118241--118305	33	2.0	32	87	3	94	30	15	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121934--122006	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
121951--122027	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
121934--122027	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
122066--122091	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
125699--125723	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
127637--127709	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
127654--127730	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
127637--127730	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
127769--127794	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
133999--134025	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
133980--134044	32	2.0	32	90	3	103	29	15	15	40	1.88
134010--134066	19	2.9	19	90	10	89	35	15	15	33	1.90
134034--134190	63	2.5	63	92	2	262	31	19	16	33	1.94
134173--134203	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
134157--134225	33	2.1	33	86	5	95	31	11	17	39	1.85
137904--138046	50	2.8	51	90	2	234	26	18	10	44	1.82
143898--143928	1	31.0	1	93	0	53	3	0	96	0	0.21
151992--152091	40	2.6	40	79	7	118	53	1	0	46	1.07
152933--152977	22	2.1	21	87	4	63	17	6	15	60	1.56
153220--153245	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
155188--155219	13	2.4	14	94	5	57	59	6	0	34	1.23
156362--156412	4	12.8	4	95	0	93	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156436--156512	32	2.3	30	79	16	73	33	1	1	63	1.11
157952--158006	20	2.9	19	77	17	60	69	0	0	30	0.89
157953--158004	22	2.5	20	81	12	59	69	0	0	30	0.89
161068--161119	21	2.5	21	90	0	77	38	17	13	30	1.88
161395--161454	30	2.0	30	84	9	79	63	0	1	35	1.05
161434--161468	15	2.2	16	90	5	54	60	2	0	37	1.12
162610--162855	58	4.3	58	77	9	225	47	14	10	27	1.77
166383--166407	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
167589--167645	20	2.8	20	86	5	71	33	15	12	38	1.85
172886--172951	20	3.7	20	73	26	83	30	12	21	36	1.90
172906--172964	13	4.0	13	73	26	55	33	13	18	33	1.90
172885--172984	33	3.1	33	95	1	175	32	12	20	36	1.89
173047--173119	20	3.6	21	81	7	80	28	15	20	35	1.93
175068--175112	20	2.1	22	88	8	67	4	26	48	20	1.68
175553--175591	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
180055--180088	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
181802--181826	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183937--184172	79	2.9	78	77	7	258	33	14	25	26	1.94
184179--184342	54	3.1	53	76	11	165	37	9	22	29	1.86
184155--184381	105	2.2	104	81	5	253	33	11	25	29	1.91
184364--184439	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
184155--184545	51	7.4	51	68	14	186	32	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185635--187286	61	28.3	60	84	9	1762	26	19	27	26	1.99
185878--185980	36	3.2	36	61	28	93	30	19	24	26	1.98
185951--186038	28	3.2	28	61	20	67	27	21	26	25	1.99
185635--187253	116	13.9	115	87	7	1815	26	20	27	26	1.99
185635--187285	177	9.5	175	88	6	1983	26	19	27	26	1.99
186055--186157	36	3.2	36	61	28	93	29	19	25	26	1.99
186232--186334	36	3.2	36	61	28	93	29	19	25	26	1.99
193362--193586	79	2.8	79	78	9	258	32	15	25	26	1.95
193569--193794	52	4.3	50	78	7	191	33	11	26	28	1.92
193569--193748	52	3.4	52	79	10	197	32	11	26	29	1.92

Tables:   1   2