genome.fa.s477.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold477
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  400253

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106925--107001	41	1.9	38	85	12	102	33	0	0	66	0.92
106939--107005	19	3.4	19	78	14	73	32	0	0	67	0.91
108918--108961	2	22.5	2	90	4	72	47	2	0	50	1.13
111146--111187	19	2.2	20	86	4	59	35	0	2	61	1.09
115205--115238	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
116752--116786	2	17.5	2	87	0	52	54	2	0	42	1.15
118120--118169	15	3.6	15	74	15	54	66	0	0	34	0.92
118160--118223	32	2.0	32	81	6	76	56	9	3	31	1.47
118572--118671	16	6.1	16	69	2	56	52	3	1	44	1.23
118564--118670	32	3.4	31	85	2	144	52	2	0	43	1.22
120186--120227	21	2.0	21	81	9	50	50	0	0	50	1.00
124740--124784	15	3.0	15	87	6	56	46	0	2	51	1.13
125279--125357	17	4.7	17	70	14	56	58	0	2	39	1.12
126565--126627	21	3.3	18	77	18	65	57	0	0	42	0.99
126967--127024	19	3.1	18	78	16	64	55	0	5	39	1.22
127436--127536	28	3.2	31	80	15	102	61	1	0	36	1.07
127443--127509	9	7.3	9	75	20	59	62	2	0	34	1.10
134461--134496	2	18.0	2	88	0	54	50	0	50	0	1.00
137341--137387	11	4.1	12	81	8	53	44	0	0	55	0.99
137359--137446	30	2.9	30	84	3	115	54	0	0	45	0.99
137376--137421	23	1.9	24	86	8	67	54	0	0	45	0.99
137325--137448	30	4.3	30	77	7	114	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138194--138235	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
138299--138347	16	2.9	17	85	8	57	79	0	12	8	0.93
138297--138337	18	2.2	18	86	8	55	80	0	14	4	0.87
138307--138347	17	2.4	17	84	15	50	82	0	9	7	0.83
138425--138490	32	2.1	32	82	5	80	28	4	1	65	1.21
139963--140016	18	3.0	18	81	5	65	57	0	0	42	0.98
143252--143320	11	6.0	11	73	14	59	39	0	0	60	0.97
143243--143327	23	3.5	24	89	9	129	43	0	0	56	0.99
143306--143337	16	2.1	15	94	5	55	43	0	0	56	0.99
147306--147340	16	2.2	16	90	10	54	80	0	0	20	0.72
147294--147351	28	2.1	28	83	0	71	72	0	1	25	0.94
147654--147682	14	2.0	15	93	6	51	24	6	13	55	1.63
147807--147851	22	2.0	23	91	4	74	42	0	0	57	0.98
147807--147851	23	2.0	22	87	8	65	42	0	0	57	0.98
147838--147865	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
148752--148779	3	9.3	3	100	0	56	35	32	32	0	1.58
150354--150378	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
156719--156744	11	2.4	11	100	0	52	61	0	7	30	1.24
157124--157248	24	5.2	24	64	21	82	52	0	12	35	1.38
157118--157262	48	3.0	48	100	0	290	52	0	12	35	1.39
157137--157261	24	5.2	24	64	21	82	49	0	12	37	1.41
162269--162337	32	2.2	32	91	0	111	36	11	15	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162265--162327	19	3.6	19	70	24	66	33	11	15	39	1.83
166182--166208	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
167722--167746	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
168604--168628	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
170496--171039	282	1.9	282	87	0	782	28	22	18	30	1.97
172290--172329	21	1.9	21	84	0	53	25	10	32	32	1.89
172563--172591	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
172941--172990	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
176558--176701	2	72.0	2	85	0	198	48	5	1	44	1.34
177851--177879	4	7.2	4	100	0	58	0	24	48	27	1.51
180510--180535	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
181459--181504	16	2.8	16	86	3	56	41	2	0	56	1.11
181474--181524	22	2.3	22	82	3	66	47	0	0	52	1.00
185845--185902	28	2.0	28	83	10	71	36	5	5	53	1.46
186753--186808	16	3.4	16	74	25	55	41	1	1	55	1.21
187128--187152	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
187388--187414	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
189424--189456	10	3.3	10	91	0	57	42	0	0	57	0.98
190134--190173	21	1.9	21	84	0	53	47	2	10	40	1.50
190984--191046	16	3.8	16	74	12	54	39	3	0	57	1.15
190998--191052	18	3.1	18	72	15	51	38	3	0	58	1.16
191506--191546	16	2.6	16	96	0	73	31	0	9	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191506--191557	16	3.2	16	88	0	50	28	3	9	57	1.48
191506--191620	32	3.6	31	75	9	97	26	6	14	52	1.65
191545--191594	16	3.1	16	82	0	64	22	10	18	50	1.76
191534--191594	16	3.8	16	78	4	61	24	8	16	50	1.72
192678--192761	31	2.7	32	81	3	107	19	19	22	39	1.93
192684--192768	16	5.4	16	72	8	66	17	18	23	40	1.92
192684--192798	47	2.4	48	78	15	130	18	17	24	40	1.91
192974--193017	3	14.3	3	81	13	54	36	2	0	61	1.09
193708--193738	14	2.3	14	94	5	55	32	6	0	61	1.21
193867--193921	25	2.1	28	86	10	80	60	0	0	40	0.97
193912--193936	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
193927--193960	15	2.4	14	85	9	50	52	0	0	47	1.00
194015--194054	17	2.3	18	91	8	66	50	0	0	50	1.00
194499--194531	18	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
194522--194603	15	5.0	15	73	21	67	37	0	1	60	1.04
194539--194576	20	1.9	20	84	10	51	36	0	0	63	0.95
197000--197048	22	2.2	23	85	3	64	22	8	16	53	1.69
207449--207502	28	1.9	28	85	7	74	53	1	11	33	1.47
212403--212430	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
212397--212438	16	2.9	14	80	16	50	57	0	0	42	0.99
212459--212537	26	2.8	27	81	11	79	45	2	1	50	1.23
212797--212860	29	2.3	27	79	12	69	43	0	3	53	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212797--212872	26	2.8	28	76	11	70	43	0	3	52	1.19
212978--213082	11	9.5	11	73	13	56	47	0	2	49	1.16
212978--213048	11	6.3	11	77	4	61	49	0	1	49	1.09
213020--213105	21	4.2	19	72	20	66	47	0	3	48	1.18
216193--216235	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
217256--217297	17	2.5	17	81	18	52	38	2	0	59	1.10
231113--231138	12	2.2	12	100	0	52	34	23	0	42	1.54
240682--240721	17	2.4	17	87	8	55	60	0	0	40	0.97
240846--240870	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
241565--241597	17	1.9	17	93	0	57	63	0	9	27	1.24
242605--242629	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
243690--243732	21	2.1	20	82	4	50	41	0	2	55	1.12
243919--243970	15	3.3	15	78	21	61	42	0	0	57	0.98
244298--244346	20	2.5	20	77	12	57	36	2	6	55	1.37
244693--244733	23	1.9	22	85	14	59	48	2	0	48	1.14
244929--244971	12	3.5	12	80	3	50	4	9	2	83	0.87
244929--244973	11	3.9	11	83	11	54	4	11	2	82	0.91
245260--245297	15	2.5	15	87	8	51	78	0	13	7	0.94
245262--245297	16	2.3	15	90	4	54	80	0	13	5	0.88
246573--246754	91	2.0	91	96	0	337	36	22	8	31	1.85
246816--246851	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
247260--247305	22	2.1	22	84	8	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248792--248829	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
250598--250644	20	2.3	20	82	7	60	46	0	2	51	1.13
250590--250650	16	3.6	16	74	10	50	49	0	1	49	1.10
250598--250645	21	2.3	21	85	7	62	45	0	2	52	1.12
251175--251216	21	2.0	22	90	4	68	33	0	0	66	0.92
251248--251286	18	2.1	19	85	4	53	46	2	0	51	1.14
251281--251310	11	2.6	12	94	5	53	23	0	0	76	0.78
251290--251339	22	2.5	20	75	15	50	32	2	2	64	1.16
255450--255510	22	2.8	22	84	0	86	31	3	27	37	1.73
260911--261053	22	6.8	21	72	12	114	57	0	7	34	1.32

Tables:   1   2   3