genome.fa.s491.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold491
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232955

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655--699	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2502--2532	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
4611--4649	13	3.0	13	92	0	69	30	15	12	41	1.85
7959--8286	44	7.5	44	77	10	276	39	14	25	21	1.90
7975--8689	88	8.2	87	79	6	609	39	15	23	21	1.91
8368--8688	44	7.3	44	70	12	221	39	14	23	21	1.91
8704--9000	48	6.2	48	84	0	326	39	19	21	19	1.92
8704--9000	96	3.1	96	82	0	362	39	19	21	19	1.92
11417--11446	13	2.3	13	94	0	51	0	16	0	83	0.65
16658--16682	11	2.3	11	100	0	50	40	0	8	52	1.31
16850--17279	156	2.7	154	80	7	434	37	19	17	25	1.93
20940--20967	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
21021--21123	19	5.6	19	75	16	92	37	17	11	33	1.86
21006--21082	32	2.4	32	88	0	109	40	16	11	31	1.85
26217--26284	33	2.1	33	91	0	109	45	14	13	26	1.82
28609--28743	34	4.0	34	93	0	216	40	36	0	22	1.55
28653--28743	9	8.4	10	69	26	53	41	37	0	20	1.53
33467--33557	34	2.7	34	82	0	119	41	34	0	24	1.55
37661--37698	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
37988--38021	15	2.3	15	100	0	68	58	0	5	35	1.22
38623--38656	16	2.1	17	88	5	52	73	0	2	23	0.97
39459--39497	5	7.8	5	88	0	60	79	2	0	17	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40180--40221	16	2.7	16	85	3	59	54	16	7	21	1.65
40216--40275	17	3.6	16	80	10	66	56	8	1	33	1.39
43788--43913	52	2.4	52	94	0	225	26	18	18	36	1.94
43922--43946	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43991--44074	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
43999--44094	19	5.7	18	73	26	95	36	17	12	33	1.88
43991--44093	32	3.2	32	98	0	197	35	18	12	33	1.89
44893--44917	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44875--44938	33	2.0	32	87	3	92	39	15	14	31	1.87
45616--45659	23	2.0	23	82	13	56	31	27	0	40	1.56
47496--47533	13	2.9	13	92	0	67	34	15	13	36	1.87
52559--52626	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
52580--52604	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
52561--52623	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
52666--52691	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52646--52712	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
55064--55180	51	2.4	51	83	12	138	30	23	11	34	1.91
55162--55237	27	2.8	27	90	6	109	23	32	19	23	1.97
55191--55397	80	2.6	80	82	3	247	27	27	15	30	1.96
55271--55481	108	2.0	107	86	4	300	26	28	16	28	1.97
55354--55426	28	2.6	28	86	0	92	21	35	20	21	1.96
55119--55588	187	2.5	186	84	4	585	26	27	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55274--55501	107	2.1	108	84	4	291	26	29	17	27	1.97
55381--55582	79	2.6	79	80	5	230	24	30	16	28	1.96
61684--62386	55	12.3	58	84	9	760	27	28	20	24	1.99
61709--62386	114	6.0	114	86	7	873	27	28	20	24	1.99
62003--62143	28	5.2	28	62	24	86	28	28	19	23	1.98
62364--62458	42	2.2	42	81	5	102	18	24	12	44	1.85
63090--63147	21	2.8	21	91	0	98	34	10	18	36	1.85
63083--63162	21	3.8	20	75	8	70	35	13	16	35	1.88
63202--63269	19	3.9	18	73	23	74	36	11	14	36	1.83
63204--63266	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
63309--63334	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
65705--65821	51	2.4	48	85	9	148	30	21	11	35	1.90
65803--65879	27	2.8	27	88	2	100	23	31	19	25	1.98
65837--66040	80	2.6	79	81	3	221	28	28	13	29	1.94
65760--66229	187	2.5	186	84	3	599	26	26	14	31	1.95
66022--66256	79	3.0	79	76	8	253	25	26	14	32	1.95
68263--68306	16	2.7	16	83	13	54	11	9	2	77	1.08
71632--71686	24	2.2	26	81	12	71	36	9	10	43	1.72
74488--74512	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74561--74615	19	2.8	20	86	5	85	38	16	14	30	1.89
74601--74627	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
74582--74646	33	2.0	32	87	3	94	40	16	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81469--81519	21	2.4	21	93	0	84	15	19	5	58	1.57
83284--83380	43	2.3	43	96	0	185	31	16	16	35	1.91
83388--83412	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
83364--83434	33	2.2	33	86	0	97	30	16	12	39	1.86
83461--83514	19	2.8	20	91	2	92	37	14	18	29	1.91
83462--83533	20	3.7	19	86	3	72	40	13	16	29	1.87
88199--88231	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
88300--88568	134	2.0	135	89	0	414	43	8	7	40	1.62
93058--93085	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
95471--95500	15	1.9	16	93	6	53	23	10	0	66	1.21
95674--95709	19	1.9	18	88	5	54	13	0	5	80	0.88
95670--95713	23	2.0	22	86	4	61	13	0	4	81	0.83
96199--96244	18	2.8	16	80	9	56	54	4	4	36	1.40
97840--97974	51	2.7	49	76	7	146	29	23	12	34	1.92
97920--98114	79	2.5	76	85	4	266	29	24	12	33	1.92
98166--98246	28	2.8	29	80	16	96	29	27	14	28	1.95
98233--98350	51	2.3	51	85	5	166	29	27	11	31	1.92
101278--101309	13	2.5	13	94	0	55	37	12	15	34	1.85
101355--101381	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
103614--103659	2	23.5	2	88	4	67	54	2	0	43	1.12
105702--105747	22	2.2	22	84	7	60	50	2	6	41	1.40
105817--105841	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108827--108859	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
108830--108860	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
113462--113497	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
116139--116191	21	2.5	22	90	3	81	50	16	18	13	1.77
117071--117146	20	3.7	20	73	16	66	40	11	14	32	1.82
121297--121352	27	2.1	27	83	6	69	25	12	37	25	1.91
123845--123898	20	2.7	20	82	2	63	35	12	11	40	1.79
123938--123976	21	1.9	21	89	5	62	28	15	28	28	1.96
130051--130691	166	3.9	164	80	9	662	30	9	8	51	1.65
130085--130692	328	1.9	329	83	5	802	30	10	7	51	1.64
131668--131814	20	6.8	20	70	15	87	30	11	14	43	1.81
131709--131893	51	3.7	51	74	5	178	29	14	12	43	1.83
135956--136012	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
135936--136033	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
135934--136031	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
136072--136096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137524--137549	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137506--137569	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
139768--139812	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
141616--141646	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
143726--143751	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
143872--143917	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146303--146328	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
146285--146348	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
157230--157550	30	10.7	29	78	8	229	28	29	16	25	1.97
157230--157550	86	3.6	88	74	12	278	28	29	16	25	1.97
157380--157454	35	2.2	35	87	2	116	21	33	10	34	1.88
157380--157471	35	2.7	35	82	1	105	19	31	13	35	1.90
157445--157596	28	5.3	28	84	5	173	36	28	15	19	1.92
157616--157955	48	7.0	49	83	4	400	23	25	18	31	1.97
158581--158637	13	3.9	13	72	24	51	33	14	17	35	1.90
158561--158661	32	3.1	32	94	1	175	33	11	17	36	1.87

Tables:   1   2