genome.fa.s497.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold497
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  340775

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45--84	1	40.0	1	84	0	53	2	92	0	5	0.45
2392--2858	154	3.0	154	78	5	491	37	20	17	24	1.93
2416--2894	155	3.1	156	80	3	560	38	20	16	24	1.92
4746--5158	159	2.5	164	82	9	540	51	8	8	30	1.63
6332--6357	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8733--8779	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
8900--8938	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
8924--9002	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
10999--11029	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
12833--12877	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
16425--16902	154	3.1	155	81	4	567	24	16	20	38	1.92
20385--20438	20	2.7	19	80	8	54	79	3	12	3	1.00
20395--20500	36	2.9	37	72	15	94	72	0	16	9	1.15
21022--21231	112	1.9	113	82	8	268	30	14	16	37	1.89
21520--21972	175	2.6	176	79	7	447	22	18	15	43	1.87
21486--21973	88	5.6	89	73	5	343	21	18	15	44	1.87
21826--21972	44	3.3	43	75	12	138	19	17	17	45	1.86
22314--22547	90	2.6	90	85	2	294	26	30	14	28	1.95
25598--25644	20	2.4	20	82	3	60	31	17	12	38	1.87
25589--25643	19	2.8	19	83	2	65	30	16	10	41	1.83
29844--29869	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
30328--30394	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33588--33612	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
35304--35377	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
35322--35397	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
35304--35397	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
35436--35461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35920--35986	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
41674--41799	42	3.0	43	88	5	179	33	3	26	35	1.75
41676--41799	40	3.0	40	88	5	169	33	4	25	36	1.75
48323--48377	20	2.8	20	94	0	92	40	10	20	29	1.86
48417--48456	20	2.0	20	95	0	71	50	10	17	22	1.76
53164--53217	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
53245--53302	19	3.1	18	88	11	89	32	17	15	34	1.91
53286--53312	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
53267--53330	32	2.0	32	90	3	101	39	15	15	29	1.89
55839--55863	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61710--61737	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
61718--61756	20	2.0	20	89	0	60	43	20	10	25	1.83
61688--61756	33	2.1	33	86	10	97	39	21	11	27	1.88
63061--63521	156	2.9	156	81	6	529	39	12	11	36	1.79
63996--64020	11	2.3	11	100	0	50	48	16	20	16	1.82
67727--67767	21	2.0	21	85	0	55	26	14	21	36	1.93
69174--69216	20	2.2	20	86	0	59	20	4	13	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69245--69476	57	4.1	57	75	5	198	25	11	18	45	1.82
70348--70373	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
70330--70393	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
72593--72642	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
76532--76570	13	3.0	13	88	0	60	28	15	15	41	1.87
79062--79087	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
79044--79107	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
80563--80588	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80543--80606	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
82666--82708	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
83149--83174	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85250--85280	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
87085--87129	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
88782--88807	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88762--88825	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
96880--97095	102	2.1	102	82	5	249	30	25	10	34	1.89
102192--102337	51	3.0	50	69	7	127	21	21	23	33	1.97
102315--102413	52	1.9	52	87	0	144	25	17	22	35	1.95
104099--104932	79	10.6	79	79	3	698	36	12	23	27	1.91
104099--104932	157	5.3	158	79	4	783	36	12	23	27	1.91
104099--104853	236	3.2	234	78	5	738	36	12	23	27	1.91
108147--108194	20	2.4	20	89	6	71	29	12	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109330--109395	30	2.2	30	94	2	114	19	21	25	33	1.97
109814--109850	9	4.0	10	89	10	53	43	0	27	29	1.55
113661--113725	33	2.0	33	87	6	96	35	13	18	32	1.90
119187--119228	13	3.2	13	93	0	75	28	16	16	38	1.91
121150--121174	13	1.9	13	100	0	50	48	0	44	8	1.32
122053--122107	20	2.8	20	83	2	67	32	12	16	38	1.86
128312--128336	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
130190--130259	34	2.1	34	91	0	113	32	2	25	38	1.71
132544--132586	16	2.8	16	93	6	72	25	4	9	60	1.47
133190--133543	167	2.1	166	87	2	505	32	10	14	41	1.81
140790--140818	13	2.3	13	94	5	51	41	3	24	31	1.71
140993--141076	33	2.5	33	88	0	123	42	14	16	26	1.86
141014--141038	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
147155--147209	20	2.8	20	88	0	74	32	21	10	34	1.89
147195--147224	13	2.3	13	94	0	51	36	16	16	30	1.91
148366--148391	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
148346--148409	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
150371--150413	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
154804--154848	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
159387--159461	16	4.5	15	80	9	69	82	5	12	0	0.82
160422--161216	55	14.4	55	89	5	1137	28	29	19	21	1.98
160997--161144	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161812--161887	21	3.7	21	89	7	111	36	13	14	35	1.85
161925--161987	32	2.0	32	93	0	108	33	12	17	36	1.88
161944--161968	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161924--161990	19	3.8	19	75	22	74	34	11	16	37	1.85
166039--166064	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166019--166082	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
168077--168148	24	3.0	24	82	8	92	26	22	9	41	1.84
168614--168698	36	2.5	34	82	14	104	32	15	23	28	1.95
178077--178143	6	11.2	6	75	16	59	26	2	0	70	1.02
178066--178148	17	4.7	17	77	14	71	26	2	1	69	1.08
178099--178147	11	4.3	11	80	10	62	18	2	0	79	0.83
179313--179625	165	1.9	166	82	7	395	33	11	12	42	1.79
179311--179668	165	2.2	165	79	8	390	34	11	12	41	1.79
186054--186082	14	2.1	14	100	0	58	24	20	13	41	1.89
191650--191909	79	3.3	79	81	9	300	28	24	11	35	1.90
191788--192061	130	2.1	131	83	6	353	28	24	13	33	1.94
191868--191984	51	2.3	51	84	0	153	28	25	11	34	1.91
191709--192093	209	1.8	209	85	6	539	27	24	13	33	1.93
191919--192071	79	1.9	79	85	2	209	27	24	13	34	1.93
192050--192118	28	2.4	29	83	9	81	26	26	17	30	1.97
191969--192304	107	3.2	105	81	9	369	27	23	15	34	1.94
192157--192224	27	2.5	28	82	2	84	25	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192213--192410	79	2.5	80	81	3	222	29	26	11	32	1.91
192497--192647	79	1.9	79	81	1	185	28	25	13	31	1.94
195553--195651	49	2.0	49	88	0	144	50	12	10	27	1.71
196045--196088	21	2.2	19	88	8	61	20	4	6	68	1.31
200285--200358	36	2.0	37	94	2	132	45	4	17	32	1.67
201025--201059	18	1.9	18	88	0	52	28	28	17	25	1.97
206726--207322	156	3.8	154	80	7	652	26	16	19	37	1.93
211206--211239	16	2.1	16	88	5	50	76	0	11	11	1.02
211486--211518	9	3.7	9	95	0	57	84	0	12	3	0.72
211791--212008	111	2.0	112	85	0	294	31	16	13	38	1.88

Tables:   1   2