genome.fa.s497.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold497
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  340775

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 232 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213102--213484	90	4.3	89	78	7	348	30	26	14	28	1.95
213157--213570	89	4.6	91	77	9	328	28	26	14	30	1.94
213947--214177	45	5.1	45	76	7	207	21	22	16	38	1.92
214064--214193	45	2.9	45	84	2	154	22	20	17	40	1.92
214299--214386	30	2.8	30	84	8	95	25	29	7	37	1.84
214264--214386	65	1.9	65	85	9	171	26	26	8	39	1.84
214191--214415	35	6.6	36	75	12	150	25	24	9	40	1.85
214470--214730	40	6.4	41	72	9	205	17	22	16	43	1.88
214467--214908	81	5.5	81	81	6	405	18	23	15	43	1.87
218504--219219	156	4.6	155	80	5	750	25	16	20	37	1.93
225559--225787	47	5.0	46	70	8	160	40	9	18	31	1.83
225559--225721	46	3.5	46	72	8	152	43	10	15	30	1.81
225514--225824	93	3.4	92	84	4	387	41	9	18	31	1.82
228035--228097	20	3.2	20	61	17	51	22	12	11	53	1.69
227997--228125	38	3.4	38	97	0	240	24	13	12	50	1.75
228254--228443	58	3.3	58	81	11	194	24	10	17	47	1.79
228345--228442	29	3.3	30	70	12	76	21	10	18	50	1.76
230552--230592	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
230601--230625	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
230695--230765	33	2.2	33	86	0	97	33	8	18	39	1.81
231008--231080	34	2.1	35	85	7	96	17	17	8	56	1.65
236923--236963	13	3.2	13	89	0	64	31	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243179--243900	157	4.6	158	84	3	830	26	9	17	45	1.79
243179--243900	158	4.6	158	84	3	821	26	9	17	45	1.79
243179--243821	315	2.0	315	85	3	857	27	9	17	44	1.80
243179--243949	315	2.4	314	81	4	822	27	9	17	45	1.79
245067--245138	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
245128--245296	52	3.2	52	77	8	139	31	13	25	29	1.93
245279--245354	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
245062--245461	212	1.9	212	89	3	617	31	13	26	28	1.94
245342--245460	51	2.3	53	85	7	154	33	11	21	32	1.90
247820--247845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
247799--247865	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
247883--247953	19	4.2	17	72	25	69	38	12	11	38	1.79
247907--247931	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
247887--247950	32	2.0	32	93	0	110	35	14	12	37	1.83
249798--249977	48	3.8	48	92	0	279	36	17	26	18	1.94
250126--250625	28	17.3	28	81	6	536	19	16	33	30	1.94
250126--250585	206	2.3	198	85	7	602	20	16	33	29	1.94
251762--251838	20	4.1	18	79	12	75	3	3	10	81	0.94
251752--251808	13	4.4	12	80	12	53	1	3	12	82	0.87
251750--251802	28	2.0	28	88	7	83	1	7	11	79	1.01
251752--251802	7	7.4	7	78	10	52	1	3	11	82	0.89
251752--251838	31	2.9	29	80	11	86	3	3	11	81	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259184--259225	13	3.2	13	89	0	66	38	16	14	30	1.89
259346--259370	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
261830--261884	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
262718--263026	48	6.5	48	79	9	269	31	18	26	24	1.97
262674--262955	96	2.9	97	82	4	293	31	18	25	24	1.98
262908--263129	43	5.2	43	70	16	165	30	17	25	26	1.97
262763--263034	140	1.9	144	82	6	347	31	18	25	25	1.97
263159--264224	33	33.3	33	82	8	937	36	12	30	20	1.90
263159--264193	288	3.6	288	87	4	1312	36	12	30	20	1.90
263159--264285	321	3.5	312	80	8	1086	36	13	30	20	1.91
264008--264321	31	9.9	31	84	6	375	34	15	28	21	1.94
264040--264321	92	3.0	92	84	10	358	35	15	28	21	1.94
264919--264992	20	3.7	19	82	7	85	28	16	13	41	1.86
267336--267408	28	2.6	28	85	8	96	23	35	20	20	1.96
267286--267564	109	2.6	107	80	4	310	29	26	13	31	1.94
267502--267662	51	3.1	50	76	8	155	29	22	12	35	1.91
267537--267671	52	2.6	51	81	2	162	28	24	13	33	1.93
267641--267822	79	2.3	78	78	9	190	26	21	15	36	1.93
269814--269882	11	6.5	10	82	12	84	0	0	14	85	0.60
269814--269882	21	3.2	21	89	4	111	0	0	14	85	0.60
269816--269884	19	3.4	19	80	18	84	0	0	15	84	0.63
269816--269884	16	4.1	17	78	14	72	0	0	15	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269826--269882	1	57.0	1	75	0	51	0	0	12	87	0.54
269814--269898	43	2.0	43	83	4	109	2	2	14	81	0.90
271900--271957	21	2.8	21	84	7	82	39	13	12	34	1.82
271991--272059	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
271994--272056	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
272013--272037	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
272099--272124	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
272079--272145	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
274502--274605	53	2.0	52	83	9	133	31	25	8	33	1.86
274590--274665	28	2.7	30	88	9	108	21	35	21	22	1.96
274620--274823	79	2.6	79	79	4	196	24	30	17	28	1.97
287224--287285	1	62.0	1	77	0	61	88	8	3	0	0.61
287233--287285	8	6.6	8	91	8	81	88	9	1	0	0.58
287224--287285	25	2.5	26	84	7	92	88	8	3	0	0.61
288278--288597	55	6.0	55	84	10	439	27	30	21	20	1.98
289418--289471	19	2.8	19	94	0	90	37	11	14	37	1.82
289511--289536	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
291894--292016	51	2.4	52	86	8	162	31	24	11	32	1.91
291895--292016	53	2.4	51	86	8	158	31	24	11	31	1.91
292003--292076	28	2.6	29	81	12	91	22	35	20	21	1.96
296319--296412	20	4.7	20	78	15	104	28	15	12	42	1.84
296318--296413	40	2.4	39	81	11	115	29	16	12	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298579--298764	79	2.4	79	83	3	232	27	22	14	35	1.93
298704--298816	51	2.2	51	87	3	165	32	23	8	34	1.86
308746--308796	25	2.1	24	82	7	59	52	3	1	41	1.31
310620--311145	32	16.8	32	88	2	673	19	17	32	30	1.95
311113--311920	27	29.5	27	89	4	1104	29	14	32	23	1.94
319120--319169	23	2.2	23	85	3	66	54	4	2	40	1.31
319308--319342	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
319719--319767	17	2.9	17	84	3	55	2	20	0	77	0.87
325009--325098	1	90.0	1	68	0	54	84	12	1	2	0.77
325012--325082	7	10.6	7	79	11	78	84	12	0	2	0.73
325009--325087	13	6.2	13	79	16	85	84	12	0	2	0.71
325011--325096	24	3.3	25	80	19	104	83	12	1	2	0.80
325010--325098	45	2.0	45	85	12	121	84	12	1	2	0.78
325946--325971	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
328185--328229	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
330033--330063	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
331755--331780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
334154--334200	21	2.3	20	76	23	53	42	4	19	34	1.70
334321--334359	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
334345--334383	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
336430--336460	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
338263--338307	21	2.1	21	84	8	56	22	22	4	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340523--340548	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
340502--340567	33	2.0	34	87	3	98	27	15	16	40	1.88

Tables:   1   2

The End!