genome.fa.s504.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold504
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246700

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 184 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373--1458	19	4.7	19	70	20	67	36	16	12	34	1.87
1368--1435	32	2.1	32	94	0	118	38	17	10	33	1.84
1494--1532	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
2906--2959	20	2.7	20	88	0	72	33	14	14	37	1.88
3100--3151	20	2.6	20	100	0	104	38	19	11	30	1.87
5596--5635	20	2.0	21	95	5	73	30	17	12	40	1.86
6985--7015	16	2.0	15	93	6	53	38	9	0	51	1.35
9509--9546	15	2.5	15	91	0	58	28	23	0	47	1.52
12081--12409	79	4.2	78	80	5	315	32	14	25	27	1.94
14913--15045	50	2.7	50	85	1	169	42	15	17	25	1.88
15728--16121	61	6.7	61	82	9	476	28	18	26	26	1.98
15734--16087	55	6.1	55	84	7	379	26	19	27	26	1.99
15728--16121	117	3.3	116	86	4	515	28	18	26	26	1.98
26698--26807	20	5.8	20	81	14	144	44	16	12	26	1.83
26693--26807	33	3.3	33	69	20	90	43	16	13	26	1.84
26693--26807	53	2.2	53	91	0	194	43	16	13	26	1.84
26693--26769	13	6.8	13	64	31	52	41	15	12	29	1.85
27421--27623	42	4.7	43	74	14	159	43	11	23	21	1.85
27431--27617	41	4.4	42	73	12	130	44	11	23	20	1.83
27650--28095	61	7.5	61	80	8	537	28	19	26	25	1.99
27656--28069	55	7.1	55	79	10	350	28	19	26	25	1.99
27650--28069	116	3.6	115	78	11	401	28	19	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656--28095	178	2.5	176	87	3	652	27	19	26	25	1.99
35843--35880	17	2.2	17	95	0	67	26	26	7	39	1.83
36409--36475	37	1.9	35	88	11	102	32	13	25	28	1.93
37091--37153	21	3.0	21	97	0	117	34	9	0	55	1.32
37149--37209	21	3.0	19	73	15	50	36	0	0	63	0.94
37149--37228	18	4.3	18	76	14	56	35	0	1	63	1.02
37228--37286	15	3.7	16	77	20	61	40	0	1	57	1.09
38795--38823	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
39424--39454	14	2.2	14	100	0	62	29	12	6	51	1.65
47020--47080	32	1.9	32	96	0	113	39	21	9	29	1.85
47462--47495	13	2.5	14	85	9	52	70	5	0	23	1.09
48361--48423	13	5.3	13	71	21	66	39	14	15	30	1.87
48365--48441	33	2.3	33	90	0	118	41	15	12	29	1.85
49083--49267	41	4.4	41	76	8	154	48	11	20	20	1.79
49078--49264	88	2.2	89	80	9	210	47	11	20	20	1.81
49297--49867	61	9.7	61	83	7	587	27	19	26	26	1.99
49425--49510	27	3.1	27	61	9	66	24	19	26	29	1.99
49303--49855	239	2.4	231	89	3	820	26	19	26	27	1.99
62966--63281	79	4.0	79	80	4	323	33	15	24	25	1.95
63250--63321	28	2.6	29	73	13	78	25	16	31	26	1.96
63310--63425	51	2.3	51	78	0	124	32	12	24	30	1.93
65860--65898	20	2.0	20	100	0	78	46	15	15	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66320--66344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
68246--68325	32	2.5	33	85	2	108	33	17	12	36	1.87
68332--68374	21	2.0	22	95	4	79	27	18	20	32	1.96
68386--68445	32	1.9	31	93	3	102	31	15	16	36	1.90
74096--74135	21	1.9	21	85	10	55	22	7	2	67	1.28
74276--74315	21	1.9	21	85	10	55	22	7	2	67	1.28
73934--74482	184	3.0	180	93	2	900	28	17	7	46	1.76
76478--76534	24	2.4	25	76	8	64	68	1	3	26	1.15
77349--77424	39	1.9	39	86	0	107	40	5	27	26	1.77
80711--80744	11	3.1	11	86	0	50	47	0	2	50	1.16
82191--82240	23	2.1	23	85	10	66	28	0	4	68	1.08
82861--82920	30	2.1	29	81	12	70	50	5	13	31	1.63
84309--84347	20	1.9	21	94	5	71	23	0	15	61	1.33
84705--84745	16	2.5	16	88	4	55	58	2	0	39	1.11
86073--86145	36	2.0	36	97	0	137	16	17	15	50	1.78
90636--90682	19	2.5	19	77	12	53	70	4	0	25	1.05
96610--96674	2	32.5	2	84	0	85	46	4	3	46	1.39
96606--96670	20	3.2	20	91	8	112	44	4	4	46	1.44
96606--96672	22	3.1	22	95	4	120	44	4	4	46	1.43
97138--97170	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
99365--99446	33	2.6	31	83	7	96	47	3	2	46	1.33
99365--99459	33	3.1	30	81	6	84	49	3	2	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101023--101080	18	3.4	18	68	18	61	44	1	0	53	1.10
101005--101096	32	2.8	32	82	12	107	43	3	1	52	1.24
101949--102118	86	2.0	85	84	3	225	45	5	7	41	1.55
106167--106205	19	2.0	20	85	5	53	64	2	0	33	1.08
109398--109422	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
109493--109572	31	2.6	31	83	0	97	37	12	20	30	1.89
111224--111262	20	2.0	20	89	0	60	56	0	7	35	1.28
111281--111322	19	2.2	20	86	4	59	30	0	2	66	1.04
111767--111841	19	4.1	18	72	18	57	48	1	1	49	1.18
111803--111851	25	1.9	26	87	4	73	48	2	0	48	1.12
111771--111840	36	1.9	36	86	11	99	47	1	1	50	1.19
111784--111842	17	3.4	17	71	28	52	47	0	1	50	1.11
111939--112001	12	4.7	13	75	19	58	63	1	1	33	1.13
111907--111960	28	1.9	28	85	7	74	57	0	3	38	1.17
111957--112017	7	8.3	7	77	15	61	63	3	1	31	1.20
112003--112087	41	2.1	41	80	12	95	44	1	0	54	1.07
112036--112079	12	3.9	12	77	17	58	45	0	0	54	0.99
112019--112087	21	3.4	21	80	4	79	40	0	0	59	0.97
112430--112528	17	5.4	18	70	26	66	55	0	0	44	0.99
112459--112504	24	2.0	24	91	4	76	60	0	0	39	0.97
112792--112816	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
122762--122791	10	3.0	10	90	0	51	36	0	13	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124910--124999	35	2.6	34	74	6	83	37	10	22	30	1.87
124910--124988	35	2.3	35	82	6	90	37	10	22	29	1.87
127842--127873	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
128458--128503	20	2.3	20	85	7	58	54	0	0	45	0.99
133797--133843	18	2.7	17	79	20	53	59	0	0	40	0.97
133797--133847	20	2.8	18	83	16	54	58	0	0	41	0.98
133871--133912	14	3.0	14	82	0	57	59	0	0	40	0.97
134688--134835	77	2.0	76	90	4	237	53	5	2	39	1.35
134718--134833	42	3.1	35	68	21	90	55	5	0	38	1.28
134819--134871	23	2.3	23	80	6	63	56	1	1	39	1.21
136931--136965	16	2.2	16	89	0	52	48	5	2	42	1.41
141961--142073	58	1.9	60	85	3	158	32	10	11	45	1.75
142099--142132	17	1.9	18	88	5	52	23	2	11	61	1.43
142098--142375	54	4.9	58	76	10	198	27	9	12	50	1.71
144975--145056	34	2.5	34	86	7	116	41	24	7	26	1.81
149122--149184	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
149487--149569	34	2.5	34	86	7	125	40	25	7	26	1.81
155016--155106	46	2.0	46	97	0	173	47	3	16	32	1.63
155333--155371	21	1.9	20	85	15	53	35	2	0	61	1.10
157261--157293	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
158708--158750	23	1.9	22	85	4	59	58	4	0	37	1.19
159414--159700	121	2.5	111	83	8	335	53	2	2	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159586--159668	36	2.3	35	82	15	107	49	1	2	46	1.22
159639--159724	22	3.8	22	78	14	93	61	1	1	36	1.11
159587--159662	35	2.1	35	86	11	84	48	1	2	47	1.24
159640--159735	47	2.1	47	84	5	124	60	1	1	37	1.11
162478--162640	82	2.0	82	97	0	308	26	22	17	33	1.96
163588--163847	79	3.3	77	83	4	304	31	16	27	25	1.96
163799--163875	28	2.8	28	90	7	113	27	19	29	23	1.98
163723--163919	107	1.8	107	84	0	268	34	13	24	27	1.93
163856--163970	51	2.2	52	79	10	146	37	7	20	33	1.82
167688--168122	87	4.9	87	79	9	382	34	15	8	41	1.77

Tables:   1   2