genome.fa.s515.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold515
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  459219

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200202--200607	212	1.9	212	89	3	638	28	27	13	30	1.94
200554--200738	79	2.3	79	82	1	210	23	29	15	31	1.96
202233--202273	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
203473--203503	16	1.9	16	100	0	62	67	0	6	25	1.14
203651--203716	21	3.2	20	78	18	66	40	18	3	37	1.66
208462--208487	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
208444--208507	32	2.0	33	87	3	94	42	15	12	29	1.84
212560--212590	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
214793--214838	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
217222--217247	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217204--217267	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
221806--221854	25	1.9	26	84	12	66	40	0	2	57	1.10
223383--223411	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
223556--223589	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
223869--223940	20	3.8	19	75	21	62	51	0	0	48	1.00
223891--223927	15	2.5	15	100	0	74	51	0	0	48	1.00
223868--223944	35	2.2	37	84	11	99	51	0	0	48	1.00
223868--223944	15	4.3	20	71	22	64	51	0	0	48	1.00
224362--224439	35	2.2	36	82	10	92	56	0	3	39	1.18
224386--224425	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
224463--224513	25	2.0	25	92	0	84	45	1	9	43	1.48
225137--225227	13	6.7	14	73	22	70	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225134--225221	23	4.1	22	76	13	69	56	2	0	40	1.11
225127--225225	16	6.1	16	73	23	73	56	2	1	40	1.17
225150--225231	10	8.0	10	74	23	57	57	2	0	40	1.12
225137--225249	53	2.2	50	83	12	140	55	4	0	39	1.20
225212--225261	22	2.2	24	82	13	61	54	12	2	32	1.49
225685--225714	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
225866--225916	17	3.1	17	85	2	59	54	0	0	45	0.99
226320--226357	10	3.8	10	83	13	51	63	0	0	36	0.95
226395--226461	27	2.4	27	73	7	64	46	1	0	52	1.09
226405--226449	22	2.0	22	87	8	65	42	0	0	57	0.98
231285--231351	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
231305--231329	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231396--231420	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
231429--231557	52	2.5	52	92	2	215	36	16	17	30	1.91
234647--235281	73	8.9	71	77	10	501	54	10	2	32	1.49
234649--235199	145	3.8	145	79	7	566	54	10	2	32	1.47
234863--234915	25	2.1	25	82	6	63	56	7	1	33	1.38
234647--235199	218	2.5	217	83	5	672	54	10	2	32	1.47
235184--235225	20	2.2	20	83	8	52	54	7	2	35	1.41
236679--236725	5	9.6	5	88	6	62	65	0	0	34	0.93
236681--236726	23	2.0	23	95	0	83	67	0	0	32	0.91
236989--237074	45	1.9	45	83	9	113	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237018--237054	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
237032--237091	27	2.2	27	80	14	79	51	0	0	48	1.00
237310--237358	25	2.0	25	100	0	98	28	0	0	71	0.86
237569--237644	13	5.8	13	73	16	50	64	0	1	34	1.02
237610--237645	14	2.5	14	95	4	63	72	0	0	27	0.85
237807--237864	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
239758--239975	34	6.5	33	82	5	240	26	7	25	40	1.81
239758--239970	101	2.1	101	88	1	311	26	7	24	41	1.81
239758--239975	67	3.2	66	81	5	249	26	7	25	40	1.81
244384--244599	34	6.4	34	86	1	274	25	7	25	40	1.82
244384--244599	102	2.1	101	90	0	333	25	7	25	40	1.82
247413--247450	6	6.2	6	82	17	51	65	2	0	31	1.06
247413--247450	11	3.1	12	82	17	51	65	2	0	31	1.06
247432--247505	27	2.6	29	70	16	73	64	0	0	35	0.94
247436--247484	18	2.7	20	76	20	54	61	0	0	38	0.96
247948--248011	5	12.6	5	78	18	62	65	0	0	34	0.93
247948--248011	28	2.3	28	91	5	103	65	0	0	34	0.93
247950--248017	23	3.0	22	80	14	77	66	1	0	32	1.01
247948--248009	17	3.6	17	77	18	67	66	0	0	33	0.92
248709--248735	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
249227--249270	20	2.3	19	82	17	56	56	0	0	43	0.99
249230--249304	21	3.7	20	72	13	64	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249549--249583	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
255164--255215	20	2.7	19	82	8	70	32	0	1	65	1.04
257493--257522	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
258449--258488	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
260370--260412	20	2.0	22	83	16	56	23	0	2	74	0.93
260392--260455	29	2.2	29	83	10	78	37	1	1	59	1.16
260465--260524	31	2.0	29	90	9	95	50	0	3	46	1.18
260501--260553	10	5.0	11	81	9	74	50	0	0	49	1.00
260501--260553	21	2.5	21	100	0	106	50	0	0	49	1.00
261933--261962	7	4.3	7	95	0	51	16	26	53	3	1.59
262177--262242	27	2.5	25	75	20	62	56	1	0	42	1.08
262182--262258	28	2.8	27	73	23	70	54	0	0	45	0.99
262766--262812	24	2.0	23	83	4	58	29	4	0	65	1.11
263085--263186	53	1.9	53	86	6	143	51	3	1	42	1.31
263333--263371	13	2.8	13	84	7	51	38	0	7	53	1.30
263577--263656	19	4.0	21	68	22	55	46	1	0	52	1.08
263996--264064	29	2.4	29	79	13	81	46	0	0	53	1.00
263996--264064	14	4.8	14	71	21	54	46	0	0	53	1.00
264607--264677	17	4.1	18	73	25	71	36	2	0	60	1.11
264621--264676	15	3.7	15	72	13	53	32	3	0	64	1.11
264618--264684	16	3.9	17	69	27	52	32	4	0	62	1.15
265059--265088	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265026--265104	41	1.9	42	84	7	108	46	2	2	48	1.29
266342--266388	23	2.1	23	84	4	60	63	2	2	31	1.18
266580--266666	29	3.1	28	79	9	79	72	6	3	17	1.21
266603--266666	29	2.3	26	89	7	92	75	3	3	18	1.08
266634--266681	21	2.3	20	86	10	62	72	2	0	25	0.95
268644--268709	32	2.1	32	85	5	89	45	0	1	53	1.09
268628--268698	20	3.7	20	71	22	62	45	0	0	54	0.99
268753--268784	6	5.5	6	96	3	57	15	0	0	84	0.63
269216--269251	15	2.4	15	95	0	63	58	5	0	36	1.22
269597--269630	18	1.9	17	88	5	50	44	5	0	50	1.26
269815--269855	20	2.0	20	90	0	64	41	2	0	56	1.13
270372--270413	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
278586--278628	22	2.0	22	85	0	59	67	0	0	32	0.91
281671--281727	27	2.1	27	83	0	69	57	1	1	38	1.19
281732--281777	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
282183--282225	16	2.6	17	78	10	54	48	0	0	51	1.00
282205--282280	22	3.4	22	71	12	66	40	0	0	59	0.98
283112--283175	27	2.3	28	81	7	69	46	0	3	50	1.17
285012--285069	29	2.0	29	96	0	107	32	0	10	56	1.33
285014--285076	29	2.2	29	91	2	101	33	1	9	55	1.42
285964--286044	21	3.8	21	71	12	58	40	0	0	59	0.98
285988--286032	20	2.3	19	82	14	56	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288527--288569	21	2.0	22	86	13	63	62	0	2	34	1.08
289257--289305	18	2.7	18	96	0	89	36	10	16	36	1.82
290334--290373	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
294390--294433	23	2.0	22	86	4	61	40	6	0	52	1.28
294432--294480	18	2.7	19	81	12	59	51	0	0	48	1.00
296646--296699	21	2.6	21	80	8	65	46	1	5	46	1.37
297889--297921	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
299458--299494	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
307948--307992	21	2.1	21	88	8	65	35	0	0	64	0.94
308129--308183	28	2.0	28	82	7	67	45	10	9	34	1.71

Tables:   1   2   3   4