genome.fa.s522.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold522
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216214

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1230--1260	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
1668--1721	27	2.0	27	85	3	74	50	1	0	48	1.11
1689--1754	17	3.8	18	71	16	50	51	0	3	45	1.16
1814--1891	21	3.6	22	80	17	85	44	0	0	55	0.99
1832--1900	21	3.3	21	79	16	74	44	0	0	55	0.99
1797--1904	39	2.5	41	76	19	96	44	0	0	54	1.06
2179--2252	26	2.8	26	80	10	87	64	1	4	29	1.20
2205--2263	21	2.9	21	78	9	61	67	0	3	28	1.06
2231--2367	8	16.6	8	71	21	72	56	0	2	40	1.14
2572--2620	17	2.7	18	90	6	73	63	2	0	34	1.06
2584--2620	12	2.9	12	92	8	56	64	0	0	35	0.94
2573--2639	18	3.6	17	77	18	55	59	1	0	38	1.06
2585--2644	12	4.0	15	76	17	54	58	0	0	41	0.98
2709--2744	11	3.3	11	88	0	54	38	0	0	61	0.96
2704--2741	17	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
2796--2835	17	2.4	17	87	8	55	65	5	0	30	1.14
3156--3199	20	2.3	19	81	11	54	70	2	2	25	1.10
3685--3709	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
3701--3763	30	2.1	30	82	11	76	47	6	3	42	1.44
4199--4264	16	4.3	15	74	16	55	42	0	0	57	0.98
4209--4265	15	3.9	14	73	13	51	42	0	0	57	0.98
6781--6815	18	1.9	18	88	0	52	45	5	34	14	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8807--8955	79	1.9	79	81	6	185	28	21	10	40	1.85
14955--15007	20	2.7	20	81	0	61	33	20	9	35	1.85
17097--17383	148	1.9	150	81	7	352	41	12	10	36	1.76
18443--18490	24	1.9	25	83	8	62	4	20	0	75	0.97
20588--20635	20	2.4	20	89	6	71	45	2	2	50	1.25
21229--21260	12	2.7	12	95	0	55	18	0	0	81	0.70
21507--21545	15	2.6	16	84	12	55	35	0	0	64	0.94
22092--22146	20	2.7	20	80	8	58	43	1	0	54	1.10
22245--22280	18	2.0	18	94	0	63	41	8	0	50	1.33
22484--22556	6	13.3	6	75	13	52	63	4	0	32	1.14
22488--22560	11	6.9	11	75	17	66	64	4	0	31	1.12
22487--22572	42	2.1	41	82	10	104	65	3	0	31	1.10
22484--22580	28	3.5	28	77	14	87	61	3	0	35	1.11
28151--28213	28	2.3	27	86	10	85	46	0	0	53	1.00
30614--30662	21	2.3	21	96	0	89	53	28	4	14	1.59
31068--31117	18	2.5	20	84	9	59	30	0	0	70	0.88
31150--31191	13	3.5	12	84	9	50	42	0	2	54	1.13
31150--31232	11	7.7	10	73	16	60	45	0	2	51	1.14
32179--32220	21	2.0	22	85	4	59	42	0	9	47	1.36
32300--32348	23	2.2	23	89	7	75	38	0	2	59	1.09
32969--33018	24	2.1	24	88	0	73	54	0	0	46	1.00
33783--33833	19	2.7	19	76	11	59	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36348--36392	14	3.3	14	78	6	56	44	2	0	53	1.13
39829--39867	20	2.0	20	89	0	60	56	0	7	35	1.28
40868--40907	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
40868--40910	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
41824--41856	17	1.9	17	88	11	50	9	9	0	81	0.87
41979--42093	57	2.0	59	82	3	144	49	9	9	31	1.67
42814--42844	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
43518--43556	21	1.9	21	89	5	62	46	0	0	53	1.00
43538--43616	32	2.4	33	79	10	81	40	2	2	54	1.27
49858--49900	16	2.7	16	78	10	52	65	0	0	34	0.93
51899--51929	16	1.9	16	93	0	53	83	3	12	0	0.75
57511--57575	29	2.2	29	78	13	71	53	6	16	23	1.65
58385--58457	6	11.8	6	85	5	83	52	13	0	34	1.41
58377--58459	14	5.9	14	84	0	85	51	13	0	34	1.41
58376--58445	8	8.5	8	79	6	77	51	12	0	35	1.40
60092--60136	15	3.1	14	81	9	54	42	0	2	55	1.12
60670--60734	7	9.1	7	86	9	96	27	1	0	70	0.96
61090--61208	18	6.7	18	69	16	70	59	0	0	39	1.03
61161--61193	13	2.4	14	90	5	50	63	0	0	36	0.95
61162--61201	14	2.9	15	85	10	50	60	0	0	40	0.97
61967--62067	28	3.6	28	70	22	79	36	0	0	63	0.95
62008--62093	19	4.5	19	77	11	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62022--62068	17	2.7	18	80	16	62	29	0	0	70	0.88
61968--62098	47	2.8	46	79	15	137	37	0	0	62	0.95
61968--62098	24	5.7	23	69	17	85	37	0	0	62	0.95
62150--62216	34	2.0	35	85	5	93	46	5	0	47	1.27
62526--62560	19	1.9	18	88	11	54	25	2	2	68	1.17
63417--63461	22	2.0	22	86	0	63	60	0	0	40	0.97
63509--63580	23	3.1	22	67	25	58	59	6	1	31	1.32
63926--63963	17	2.2	17	86	9	51	60	0	0	39	0.97
64362--64398	19	2.0	18	94	5	65	59	0	5	35	1.20
65138--65178	18	2.2	19	86	4	57	26	0	0	73	0.84
74580--74699	50	2.4	50	87	2	170	30	18	16	35	1.93
74633--74816	50	3.7	50	72	7	158	26	17	19	36	1.94
78451--78627	79	2.2	79	89	2	266	34	15	22	27	1.95
78534--78751	120	1.8	120	87	2	330	31	14	26	27	1.95
78705--78779	28	2.7	28	83	4	80	29	16	28	26	1.96
78763--78878	51	2.3	51	89	0	169	36	14	19	29	1.92
81810--81888	41	1.9	41	86	0	113	11	35	7	45	1.69
84679--84732	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
85645--85719	20	3.8	20	76	0	69	38	12	13	36	1.82
85642--85719	40	2.0	39	84	2	102	38	12	12	35	1.82
86293--86843	32	17.2	32	93	2	901	17	18	33	30	1.94
86826--88001	27	43.0	27	90	2	1805	27	14	34	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86826--88001	82	14.3	81	91	2	1805	27	14	34	23	1.93
86826--88001	109	10.8	108	90	2	1805	27	14	34	23	1.93
89316--89367	23	2.2	24	82	3	61	5	11	11	71	1.31
94079--94129	27	1.9	27	88	4	77	29	19	31	19	1.97
95479--95527	23	2.1	23	100	0	98	67	8	8	16	1.40
95479--95533	23	2.5	22	94	5	94	61	9	10	18	1.54
101637--101696	25	2.4	25	80	5	68	50	0	0	50	1.00
101633--101716	18	4.3	18	76	18	80	51	1	0	47	1.08
101635--101719	39	2.2	40	81	12	104	52	1	0	45	1.08
111142--111186	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
120338--120376	16	2.5	15	84	12	51	48	12	15	23	1.79
123068--123106	17	2.2	17	86	4	51	56	0	0	43	0.99
125188--125253	21	3.4	18	76	17	53	39	0	0	60	0.97
125537--125614	35	2.3	34	91	6	122	26	17	12	42	1.86
126080--126154	21	3.5	21	74	15	82	66	10	4	18	1.37
126073--126161	42	2.1	43	95	2	162	66	10	3	20	1.36
126097--126164	21	3.2	21	72	15	77	63	11	1	23	1.36
126298--126343	21	2.1	21	84	4	56	54	0	0	45	0.99
126733--126782	23	2.1	25	85	7	68	60	0	2	38	1.09
126760--126844	40	2.1	42	80	12	97	54	0	1	44	1.07
126728--126835	32	3.2	33	77	7	101	55	0	0	43	1.06
132335--132372	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133175--133233	21	2.8	23	75	17	56	42	0	3	54	1.17
133341--133373	13	2.6	13	90	4	50	69	6	0	24	1.10
133313--133596	144	1.9	148	91	6	468	50	4	7	38	1.51
133818--133881	23	2.7	25	79	11	73	42	1	1	54	1.19
133924--133999	28	2.7	28	82	11	102	59	1	0	39	1.06
133907--133977	22	3.0	24	72	17	76	53	1	0	45	1.09
134895--134940	19	2.4	19	81	0	56	43	0	0	56	0.99
137113--137143	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
137402--137430	14	2.1	14	100	0	58	13	0	6	79	0.93
139775--139807	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2