genome.fa.s522.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold522
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216214

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142974--143053	39	2.1	39	82	0	97	22	25	10	42	1.84
144619--144655	2	19.0	2	88	5	58	48	0	0	51	1.00
145310--145352	19	2.2	19	83	8	50	60	0	2	37	1.10
147454--147483	15	2.0	15	93	0	51	40	10	6	43	1.64
147641--147683	20	2.2	20	91	4	70	39	0	0	60	0.97
147673--147727	29	1.9	28	82	10	67	38	3	3	54	1.36
148316--148348	16	1.9	18	88	11	52	45	0	0	54	0.99
148517--148561	24	1.9	23	86	4	63	44	2	2	51	1.26
149130--149192	27	2.4	27	78	7	67	23	11	1	63	1.36
150249--150280	10	3.4	10	83	16	50	50	0	0	50	1.00
150676--150713	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
151120--151190	23	2.9	23	78	13	79	66	2	0	30	1.06
151120--151161	11	3.7	11	87	6	66	71	0	0	28	0.86
151176--151233	18	3.4	17	80	17	66	48	0	0	51	1.00
151768--151852	19	4.5	19	72	16	61	44	1	0	54	1.07
151753--151840	26	3.2	26	71	21	72	43	1	1	54	1.15
153386--153433	21	2.3	20	86	10	62	54	0	0	45	0.99
154851--154909	32	1.9	30	82	6	73	47	3	1	47	1.29
155114--155162	2	25.0	2	87	4	73	48	4	0	46	1.20
156225--156265	21	1.9	21	85	14	57	53	4	0	41	1.22
157814--157854	16	2.7	15	82	10	57	36	0	0	63	0.95
157814--157857	14	3.0	14	78	12	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159033--159076	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
159195--159283	44	2.0	44	89	2	135	30	11	21	37	1.88
159676--159764	43	2.1	43	84	0	115	39	7	15	37	1.77
160086--160113	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
160236--160349	32	3.6	31	83	6	140	50	1	0	46	1.17
160289--160342	16	3.4	16	77	10	65	50	0	0	50	1.00
160467--160534	14	4.6	15	73	10	59	57	0	1	41	1.08
160482--160535	15	3.7	14	76	9	54	57	0	1	40	1.09
160487--160543	30	1.9	30	82	7	71	57	0	5	36	1.21
161705--161753	21	2.4	20	80	12	55	46	2	2	48	1.25
162043--162128	9	9.2	9	77	14	61	29	2	2	66	1.16
162043--162086	8	5.1	8	84	13	52	31	0	2	65	1.05
162068--162100	11	2.9	11	95	4	57	27	3	0	69	1.03
162057--162133	37	2.1	37	86	13	106	29	3	1	64	1.19
164122--164161	21	1.9	21	85	10	55	40	5	22	32	1.76
164980--165086	54	2.0	54	98	0	205	51	2	9	36	1.49
166212--166255	23	2.0	23	86	4	63	68	4	2	25	1.20
166374--166471	42	2.3	44	77	10	107	55	2	0	42	1.11
166438--166513	5	13.8	5	71	17	53	57	2	0	39	1.12
166430--166513	11	7.5	11	72	18	66	58	2	0	39	1.11
166772--166847	27	2.7	29	76	17	88	55	0	0	44	0.99
166772--166854	28	3.0	29	76	18	86	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167123--167167	18	2.4	19	85	10	58	51	0	0	48	1.00
168029--168067	17	2.3	17	86	8	53	58	0	0	41	0.98
168283--168322	4	10.2	4	89	5	64	72	2	0	25	0.97
169155--169190	15	2.4	16	82	17	51	58	0	0	41	0.98
170098--170217	41	3.0	39	74	20	106	51	0	0	46	1.12
171256--171314	20	2.7	22	79	15	77	50	3	0	45	1.18
171270--171302	9	3.3	10	84	16	50	45	6	0	48	1.27
172395--172429	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
173608--173711	32	3.3	32	80	7	115	38	6	6	48	1.56
174075--174099	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
175292--175342	22	2.2	24	83	13	72	45	0	0	54	0.99
175281--175341	22	3.0	21	76	19	60	44	0	0	55	0.99
177437--177531	20	4.8	20	81	5	102	33	13	11	41	1.81
178445--178498	22	2.5	22	93	3	92	18	9	9	62	1.51
182113--182320	78	2.7	78	81	3	222	29	15	28	25	1.96
182270--182341	28	2.6	27	82	8	74	26	18	30	25	1.98
182329--182550	51	4.3	50	78	5	201	32	13	24	29	1.93
182329--182510	53	3.5	49	78	10	175	32	12	25	29	1.92
182429--182683	133	1.9	132	81	7	311	32	12	25	29	1.93
185051--185076	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185116--185183	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
185138--185162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185119--185181	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
185219--185319	21	5.1	20	86	7	143	32	11	17	37	1.87
185881--186668	55	14.3	55	91	4	1168	20	20	30	28	1.98
185955--186650	28	25.2	28	59	18	113	20	19	30	28	1.97
186536--186621	26	3.2	26	65	20	68	18	18	33	29	1.95
187637--187704	35	1.9	35	85	11	95	0	13	5	80	0.87
200063--200265	78	2.6	79	82	3	223	30	16	27	25	1.96
200309--200449	52	2.7	53	82	8	173	33	13	25	27	1.93
200366--200475	52	2.1	52	84	1	150	38	12	21	27	1.90
200510--200640	51	2.5	51	80	9	156	32	10	24	32	1.90
200375--200620	133	1.9	131	82	5	316	31	11	26	30	1.91
203063--203130	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
203085--203109	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203066--203128	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
208185--208517	27	12.1	27	90	2	495	23	33	13	28	1.93
208185--208517	55	6.1	54	89	2	495	23	33	13	28	1.93
208185--208517	82	4.0	82	91	2	508	23	33	13	28	1.93
208185--208784	28	21.5	27	85	5	439	25	33	16	25	1.96
208478--208794	55	5.5	56	83	7	361	26	32	19	21	1.97
208478--208835	83	4.1	84	83	7	400	26	31	18	22	1.97
210403--210456	22	2.5	22	93	3	92	20	11	9	59	1.59
213980--214027	6	8.2	6	90	2	53	58	2	0	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215609--215657	25	1.9	26	83	4	64	63	34	0	2	1.06
215689--215738	8	6.5	8	77	15	52	76	22	2	0	0.89
215686--215727	13	3.2	13	83	9	50	78	19	2	0	0.86
215675--215738	18	3.5	18	78	6	58	73	25	1	0	0.92
215767--215799	13	2.4	14	90	10	59	15	84	0	0	0.61
215900--215963	23	2.8	24	78	9	78	48	51	0	0	1.00
216135--216190	14	3.9	15	81	6	64	80	17	1	0	0.80
216137--216187	19	2.7	19	82	11	68	80	17	1	0	0.81
216130--216190	28	2.2	27	85	11	79	78	19	1	0	0.83
216127--216190	5	13.0	5	74	9	60	78	20	1	0	0.84

Tables:   1   2

The End!