genome.fa.s547.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold547
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184368

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332--361	14	2.1	14	100	0	60	0	80	0	20	0.72
5645--5700	29	1.9	29	92	0	94	37	1	5	55	1.33
8211--8271	2	32.0	2	77	9	65	47	1	1	49	1.21
13795--13858	31	2.1	31	96	0	119	25	15	23	35	1.94
15641--16042	79	5.1	77	85	7	502	34	13	24	27	1.93
15627--16043	158	2.6	158	90	1	622	33	14	24	27	1.94
18393--18527	50	2.7	50	87	2	191	40	12	17	28	1.86
22311--22336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22293--22356	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
26403--26433	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
30137--30206	30	2.3	31	92	2	115	25	28	17	28	1.97
30167--30873	34	20.8	33	80	11	645	20	32	12	34	1.90
30644--30703	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
30165--30874	274	2.6	270	82	10	801	20	32	12	34	1.89
30198--30868	311	2.2	301	82	11	797	20	33	12	34	1.89
30909--31726	49	17.0	49	87	5	1161	24	25	18	31	1.97
30914--31673	190	4.0	190	93	3	1273	24	25	18	31	1.98
31627--31780	52	2.9	53	80	6	186	24	23	15	36	1.94
32647--32713	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
32667--32691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
32754--32778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
32787--32906	52	2.3	52	92	0	195	35	20	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39795--39832	16	2.5	15	84	12	51	86	13	0	0	0.56
39801--39832	16	2.1	15	94	5	55	90	9	0	0	0.45
39803--39832	10	2.9	10	95	5	51	90	10	0	0	0.47
40995--41064	30	2.3	31	92	2	115	25	28	17	28	1.97
41025--41765	34	21.8	33	81	10	670	20	32	12	34	1.90
41025--41765	171	4.3	170	81	13	771	20	32	12	34	1.90
41502--41561	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
41801--42618	49	17.0	49	88	5	1170	24	25	18	31	1.97
41806--42565	190	4.0	190	93	3	1282	24	25	18	30	1.98
42519--42672	52	2.9	53	80	6	186	24	23	15	36	1.94
43539--43605	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
43559--43583	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43646--43670	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
43679--43798	52	2.3	52	94	0	204	35	20	17	27	1.95
48594--48619	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
53036--53134	52	1.9	52	89	0	153	34	13	22	30	1.92
53197--53532	32	10.9	33	74	10	148	23	18	29	28	1.97
53276--53434	28	5.5	28	84	4	167	24	16	29	29	1.96
53558--53783	27	8.1	27	83	6	263	31	13	30	23	1.93
54824--54853	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
56198--56438	97	2.5	97	91	1	385	26	29	14	29	1.95
60172--60201	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64446--64604	48	3.3	48	87	1	203	22	10	16	50	1.75
65472--65507	13	2.8	13	86	0	54	44	0	0	55	0.99
65474--65518	13	3.3	15	84	12	53	46	0	0	53	1.00
66527--66570	15	2.9	15	83	6	54	36	0	2	61	1.09
67743--67868	63	2.0	63	79	3	137	24	15	14	45	1.84
67892--67976	17	5.0	17	81	5	91	21	27	14	37	1.91
67892--67976	34	2.5	34	82	0	107	21	27	14	37	1.91
67855--67974	51	2.4	51	83	9	149	20	28	13	37	1.91
70052--70092	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
72309--72362	20	2.6	21	91	2	83	31	18	11	38	1.86
73543--73572	16	1.9	16	93	6	53	40	10	3	46	1.54
82254--82615	122	2.9	124	79	10	387	35	13	22	28	1.92
82479--82646	79	2.1	79	92	0	273	33	14	23	28	1.94
82524--82811	107	2.7	106	83	6	332	35	15	22	27	1.94
85119--85193	20	3.8	20	80	7	89	41	13	17	28	1.87
85219--85275	20	2.8	20	94	0	96	45	15	14	24	1.83
85208--85237	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
87576--88101	156	3.4	156	77	7	442	38	21	17	23	1.93
90483--90664	79	2.3	79	77	2	213	35	14	23	26	1.94
90628--90713	31	2.9	31	87	5	124	33	22	25	18	1.96
90700--90815	51	2.3	51	83	0	151	29	12	27	30	1.93
90737--90894	79	2.0	81	88	2	239	34	13	25	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90827--90942	48	2.3	49	85	4	144	32	13	25	28	1.94
90659--91016	127	2.8	128	84	2	486	32	13	26	26	1.93
90955--91074	51	2.3	49	80	6	123	30	10	28	30	1.89
91692--91719	11	2.5	11	100	0	56	75	7	0	17	1.03
93372--93445	20	3.8	18	83	15	85	40	14	16	28	1.88
93660--93698	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
94399--94523	43	2.8	44	77	12	130	40	13	27	18	1.88
94419--94525	45	2.5	42	83	9	126	35	15	28	20	1.94
94514--94737	122	1.8	121	89	2	351	26	20	27	25	1.99
94508--94743	61	3.9	61	82	6	291	26	20	27	25	1.99
94771--94939	61	2.9	57	79	7	173	28	18	26	25	1.98
94784--95196	55	7.4	57	68	14	209	27	19	27	26	1.99
94567--95293	220	3.4	205	79	10	667	27	19	27	25	1.99
95058--95198	55	2.6	54	88	5	212	23	20	29	26	1.99
96255--96351	1	97.0	1	71	0	68	1	6	7	85	0.78
96269--96350	29	2.8	28	83	9	101	1	3	8	86	0.74
96255--96352	38	2.6	37	80	6	97	1	6	8	84	0.81
96269--96348	18	4.5	17	83	13	83	1	3	8	86	0.75
108948--109063	51	2.3	51	80	5	146	29	10	27	32	1.90
108743--109010	79	3.4	79	80	3	324	32	13	26	27	1.94
108869--109142	130	2.1	130	84	0	377	31	13	26	29	1.93
108999--109277	79	3.6	79	83	5	343	32	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109228--109349	51	2.4	51	75	5	129	30	12	28	28	1.93
111650--111718	33	2.1	34	86	2	95	40	14	18	26	1.89
111776--111836	13	5.2	13	74	22	62	40	9	13	36	1.77
111776--111854	33	2.4	32	100	0	140	41	10	12	35	1.77
111788--111854	20	3.7	20	68	25	67	43	8	11	35	1.73
112697--112800	42	2.5	43	82	7	124	48	13	24	14	1.79
112732--112826	45	2.2	42	81	5	100	40	15	25	18	1.91
112819--113046	61	3.8	61	83	6	293	26	19	27	26	1.99
113087--113242	56	2.7	56	82	6	143	25	21	27	25	1.99
113307--113449	62	2.3	62	98	0	277	30	20	23	25	1.98
113424--113564	55	2.6	55	88	3	196	21	22	29	26	1.99
113431--113722	155	1.9	149	85	5	397	22	21	29	25	1.99
113578--113836	55	4.5	55	83	8	286	23	21	28	26	1.99
112769--113775	491	2.0	488	83	5	1273	27	19	27	24	1.99
113369--113775	210	1.9	212	88	2	622	24	21	28	25	1.99
113716--113804	29	3.2	29	66	15	78	22	19	31	26	1.97
113578--113836	116	2.2	112	84	10	308	23	21	28	26	1.99
114807--114872	1	66.0	1	75	0	60	0	1	10	87	0.60
114809--114869	13	4.5	13	86	12	79	0	1	11	86	0.63
114808--114870	9	6.9	9	80	12	67	0	1	11	87	0.62
118123--118537	165	2.5	165	86	6	545	51	9	12	27	1.70
125847--125989	51	2.8	51	89	0	214	41	13	16	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128429--128503	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
128429--128506	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
132119--132143	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
132697--132767	26	2.7	27	82	8	83	36	30	0	32	1.58
132722--132771	26	2.0	26	92	4	84	30	30	0	40	1.57
132732--132810	38	2.1	38	97	0	149	39	24	0	36	1.55
134567--134601	13	2.7	13	90	0	52	37	20	11	31	1.88
140747--140800	21	2.7	20	86	13	76	31	14	16	37	1.89
152188--152217	12	2.5	12	100	0	60	86	13	0	0	0.57
152186--152235	25	2.0	25	84	7	66	82	12	0	6	0.85

Tables:   1   2