genome.fa.s567.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold567
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  183112

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5724--5772	17	2.9	17	76	11	55	48	8	2	40	1.44
8178--8231	19	2.8	19	82	2	63	38	14	14	31	1.87
15261--15295	15	2.3	15	90	0	52	25	28	2	42	1.69
16895--16921	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
17713--17739	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
19208--19270	29	2.1	30	85	2	83	61	1	6	30	1.30
19207--19278	30	2.4	31	79	9	85	61	2	5	30	1.33
19319--19393	30	2.6	29	81	8	80	58	1	4	36	1.25
19332--19394	24	2.6	24	77	20	60	57	0	3	39	1.15
20845--21107	131	2.0	131	96	0	481	36	14	14	34	1.87
21369--21413	22	2.1	21	84	12	56	57	0	0	42	0.98
21402--21456	18	2.8	20	72	13	60	50	0	1	47	1.11
26077--26151	32	2.3	32	100	0	150	33	9	18	38	1.83
26077--26134	12	5.1	12	75	25	63	32	10	17	39	1.83
26084--26122	20	1.9	19	90	10	60	35	10	17	35	1.84
26249--26303	19	2.8	20	88	2	76	30	12	18	38	1.88
26332--26398	20	3.7	20	68	25	67	29	11	17	40	1.86
26348--26411	13	5.4	13	75	21	68	31	12	15	40	1.85
26120--26431	148	2.1	149	89	1	466	31	14	18	35	1.91
26358--26431	20	4.1	20	69	25	65	32	13	17	36	1.89
26332--26412	33	2.5	33	100	0	162	29	12	18	39	1.87
32643--32741	22	4.5	22	93	2	173	35	13	25	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32773--32909	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
32879--32949	20	3.5	20	75	11	65	29	12	16	40	1.86
32989--33029	21	2.0	21	90	9	66	41	9	9	39	1.71
45349--45393	19	2.3	20	88	3	65	26	13	22	37	1.91
47799--47845	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
50953--50978	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50933--50996	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
54597--54735	52	2.7	52	81	1	145	45	10	12	31	1.76
54773--54824	20	2.5	20	78	3	50	28	15	13	42	1.85
58506--58547	22	1.9	22	85	9	59	52	30	7	9	1.61
60602--60649	23	2.3	21	86	13	64	10	18	0	70	1.15
70280--70838	160	3.4	165	80	9	576	29	11	7	51	1.66
71316--71352	20	1.9	20	88	5	58	78	2	8	10	1.06
75490--75620	36	3.8	36	89	6	200	28	26	12	32	1.93
76060--76114	20	2.8	20	91	0	92	36	18	9	36	1.82
76192--76217	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
76316--76355	22	1.9	21	90	10	64	37	5	7	50	1.53
81064--81159	36	3.0	31	76	16	88	27	25	15	32	1.96
81064--81123	31	2.0	29	87	9	84	30	23	16	30	1.96
81090--81161	36	2.0	36	86	2	101	22	30	13	33	1.93
81601--81638	20	1.9	20	100	0	76	36	21	10	31	1.87
81714--81777	33	2.0	33	90	3	103	39	12	14	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81853--81893	20	2.0	21	90	9	66	39	7	7	46	1.60
83669--83733	26	2.5	25	78	9	60	80	3	9	7	1.01
84760--84813	24	2.5	22	78	21	60	24	16	12	46	1.82
85486--85656	89	1.9	90	86	1	245	27	28	16	27	1.97
85879--86225	48	7.3	47	79	5	306	19	21	17	40	1.91
86239--86749	44	11.6	44	72	10	328	20	23	15	40	1.91
86231--86566	88	3.8	88	85	3	442	19	23	15	40	1.90
86244--86566	178	1.8	176	87	2	486	20	23	15	40	1.90
86244--86751	88	5.8	88	80	4	379	20	23	15	40	1.90
86243--86617	178	2.1	176	83	4	470	20	23	15	40	1.90
86418--86751	132	2.5	133	86	1	456	20	22	15	41	1.90
86823--87172	42	8.3	42	76	3	272	18	23	17	41	1.90
86863--87172	127	2.4	128	77	5	315	17	23	17	41	1.89
86832--87175	85	4.1	85	80	4	338	18	23	17	41	1.90
87153--87258	42	2.5	43	81	9	144	16	26	20	36	1.93
88544--88590	25	1.9	25	83	12	62	42	19	0	38	1.51
88515--89158	167	3.9	164	81	7	611	29	11	7	51	1.65
88679--89225	168	3.3	164	81	8	583	30	10	8	50	1.66
89429--89491	14	4.6	14	74	21	53	31	3	1	63	1.19
95093--95141	19	2.8	18	90	9	75	28	14	16	40	1.87
95169--95222	20	2.7	20	85	5	74	31	11	18	38	1.86
98313--98338	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98293--98357	33	2.0	33	87	6	96	26	13	18	41	1.88
100435--100475	20	2.0	20	85	4	55	9	26	41	21	1.84
100909--100947	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
103869--103921	20	2.6	21	87	3	72	39	11	18	30	1.86
103960--103985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
108005--108035	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
110113--110151	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
110272--110317	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
112410--112435	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116723--116748	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116703--116767	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
117525--117595	20	3.6	19	79	7	70	40	15	12	30	1.85
117578--117663	34	2.5	34	90	0	136	33	16	19	30	1.94
117715--117810	45	2.1	47	86	5	133	29	22	9	38	1.86
117805--117829	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
123539--123765	89	2.5	90	89	5	341	31	16	13	38	1.87
123643--123715	20	3.8	19	80	7	76	34	15	15	35	1.88
123552--123628	20	3.9	19	80	8	91	32	14	11	41	1.82
131592--131666	20	3.8	20	85	7	107	38	12	14	34	1.83
131612--131748	71	1.9	71	86	5	197	40	13	16	29	1.87
131545--131737	91	2.1	91	89	0	287	43	12	15	29	1.83
131682--131737	20	2.8	20	86	7	78	39	14	14	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132434--132558	48	2.6	48	87	0	169	33	19	27	20	1.96
132689--133470	30	26.4	29	79	11	677	21	17	30	30	1.96
132721--133476	89	8.5	89	83	8	780	22	17	30	30	1.96
134722--134821	1	100.0	1	71	0	56	3	1	12	84	0.80
134729--134823	11	8.5	11	78	18	81	3	1	12	83	0.82
134725--134823	19	5.3	18	78	17	87	3	1	13	82	0.83
148539--148616	20	3.9	20	81	3	77	43	11	12	32	1.79
149240--149371	48	2.8	48	90	2	203	35	20	25	18	1.95
149480--150308	89	9.4	85	79	9	605	23	17	29	30	1.97
149514--150306	208	3.8	201	81	7	828	23	17	29	30	1.97
149482--150308	329	2.5	322	82	6	970	23	17	29	30	1.97
149514--150308	28	27.0	28	77	10	610	23	17	29	30	1.97
151134--151176	21	2.1	20	83	12	52	46	9	2	41	1.48
151549--151653	27	4.0	24	81	16	95	0	1	15	82	0.75
151552--151656	8	12.1	8	80	13	102	0	1	16	81	0.77
151585--151654	1	70.0	1	76	0	50	0	1	12	85	0.66
151575--151655	9	9.0	9	84	10	94	0	1	16	82	0.73
151549--151655	35	3.0	35	77	18	112	0	1	15	82	0.76
151554--151654	28	3.6	27	81	10	123	0	1	15	82	0.77
156842--156900	20	2.9	20	84	2	73	38	11	13	35	1.82
163006--163071	33	2.0	33	84	0	87	40	13	12	33	1.82
163028--163052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163322--163388	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
163342--163366	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
163431--163455	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163464--163584	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
170818--170848	12	2.6	12	94	0	53	90	6	3	0	0.55
171815--171929	31	3.7	31	88	6	171	26	31	19	23	1.98
171901--172658	34	22.0	35	82	10	786	20	33	11	34	1.89
171937--172592	71	9.5	71	86	8	826	19	34	11	33	1.89
172361--172451	27	3.1	27	78	19	110	21	35	14	28	1.93
172699--173920	49	24.8	49	77	11	1146	24	25	17	32	1.97

Tables:   1   2