genome.fa.s582.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold582
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  178803

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 143 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963--3035	29	2.7	25	75	20	67	4	16	6	72	1.22
2973--3035	29	2.2	29	88	5	92	4	14	6	74	1.18
3040--3079	19	2.0	20	85	4	55	2	12	7	77	1.07
3938--4000	19	3.7	17	76	24	62	33	11	19	36	1.87
3936--4008	32	2.3	32	92	0	119	34	10	19	35	1.87
4025--4065	21	2.0	21	100	0	82	43	9	19	26	1.82
6400--6533	52	2.6	52	82	5	173	31	26	10	31	1.90
6544--6799	79	3.2	78	83	1	296	30	27	12	29	1.93
6468--6670	107	1.9	107	83	5	266	28	30	13	28	1.94
6808--6962	76	2.0	79	88	7	237	24	28	16	30	1.97
12030--12802	385	2.0	385	99	0	1528	39	15	19	25	1.91
13421--13569	52	2.9	51	88	4	226	30	16	18	33	1.94
13558--13582	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13623--13689	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
13645--13669	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
23360--23416	10	5.5	10	80	12	53	84	10	5	0	0.77
23355--23416	28	2.4	25	86	8	79	85	9	4	0	0.73
23354--23413	32	1.9	31	86	3	84	85	10	5	0	0.75
23354--23416	15	4.4	14	76	9	65	85	9	4	0	0.72
24493--24626	61	2.3	58	85	10	177	26	27	21	23	1.99
24513--24640	61	2.1	61	82	5	161	22	32	18	26	1.97
24542--24723	94	1.9	94	84	8	240	23	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24395--24784	155	2.5	155	93	0	636	23	28	20	27	1.99
24642--24899	55	4.4	56	79	11	254	25	27	20	25	1.99
24668--24899	61	3.9	59	82	10	285	25	29	20	24	1.99
24882--25045	42	3.8	43	77	16	178	18	26	14	40	1.89
24882--25061	89	2.1	85	85	8	238	17	27	12	42	1.85
25079--25185	42	2.6	40	77	10	108	20	28	10	41	1.85
25800--25913	19	6.6	19	74	22	117	34	12	20	33	1.90
25819--25875	13	3.9	13	76	24	60	35	14	19	31	1.91
25798--25894	32	3.0	32	98	0	185	36	12	20	30	1.90
25938--25979	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
25966--25991	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27375--27400	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29608--29652	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
31456--31486	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
36016--36068	20	2.6	21	87	3	72	39	13	16	30	1.87
36107--36132	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
38258--38369	52	2.2	52	83	3	145	30	29	8	31	1.88
38380--38641	79	3.3	79	84	0	308	28	24	14	32	1.95
38303--38504	107	1.9	107	82	5	255	27	28	15	28	1.96
38645--38788	76	1.9	78	85	7	204	24	27	16	31	1.96
39822--39884	12	4.4	14	75	14	58	25	0	1	73	0.93
41816--41851	18	2.0	18	94	0	63	30	33	8	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45386--45465	33	2.4	33	82	0	97	35	17	11	36	1.86
51225--51273	9	5.2	9	82	7	53	87	2	4	6	0.72
51225--51274	13	3.9	13	80	12	50	86	2	6	6	0.79
52534--54097	62	25.3	62	85	3	1969	23	25	19	31	1.98
57921--58053	50	2.7	50	82	2	169	27	16	14	42	1.87
60352--60822	79	6.0	77	79	7	405	27	24	13	33	1.93
60352--60818	157	3.0	156	82	5	530	27	24	13	34	1.93
65220--65252	17	1.9	17	100	0	66	6	30	12	51	1.63
65351--65382	3	10.7	3	93	0	55	28	34	0	37	1.57
67063--67126	32	2.0	32	87	3	92	42	15	14	28	1.86
69760--69803	22	2.0	23	86	13	65	45	2	11	40	1.53
72810--72843	9	3.7	9	92	4	50	50	14	2	32	1.58
73073--73107	9	3.8	9	92	3	52	48	14	2	34	1.58
79396--79459	33	2.0	33	87	3	94	40	14	12	32	1.83
80358--80404	18	2.6	19	83	6	53	38	29	2	29	1.69
81952--82014	32	2.0	32	84	6	83	36	12	11	39	1.79
85560--85664	45	2.3	45	95	1	183	23	23	14	38	1.92
90167--90206	21	2.0	21	90	5	64	20	22	10	47	1.79
91466--91668	97	2.1	96	84	4	257	28	23	11	36	1.89
95831--95951	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
95831--95971	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
95960--95984	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96023--96092	33	2.1	33	89	0	104	40	12	11	35	1.80
96048--96072	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99085--99138	20	2.7	20	88	0	72	35	20	14	29	1.93
99167--99222	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
99188--99250	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
101683--101729	13	3.6	13	80	11	60	31	14	14	38	1.87
101678--101744	26	2.6	26	80	0	80	37	16	10	35	1.83
106238--106268	9	3.4	9	95	0	53	29	25	0	45	1.54
107859--107917	15	3.3	20	65	30	60	35	16	10	37	1.83
107860--107923	33	1.9	34	96	3	121	37	17	9	35	1.82
110149--110179	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
111914--112126	29	7.5	28	78	9	166	29	27	12	30	1.92
111944--112190	57	4.4	56	75	7	187	30	26	11	31	1.92
112023--112230	84	2.4	84	78	7	193	26	28	12	32	1.92
111930--112190	28	9.2	28	76	5	204	29	27	11	31	1.92
112227--112526	52	5.8	53	73	7	141	25	21	14	38	1.91
112282--112561	52	5.4	52	74	8	203	26	22	15	36	1.93
113917--113945	15	2.0	15	93	6	51	48	37	6	6	1.57
115574--115813	95	2.5	96	78	8	254	28	23	11	36	1.89
119709--119743	15	2.2	16	90	5	54	42	0	8	48	1.33
119732--119774	21	2.0	21	81	9	50	37	4	2	55	1.33
119759--119960	112	1.8	113	83	6	277	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121331--121366	18	2.0	18	100	0	72	16	22	16	44	1.86
121866--121983	55	2.3	50	86	7	155	43	11	22	23	1.85
121880--122028	55	2.6	56	87	3	201	42	14	21	21	1.89
121897--122028	29	4.7	29	83	5	180	40	15	21	21	1.90
122076--122115	5	8.0	5	83	10	55	22	0	0	77	0.77
122078--122167	19	4.9	19	74	17	77	24	1	0	74	0.89
122127--122166	4	10.8	4	79	15	50	22	0	0	77	0.77
122691--123401	42	17.1	41	71	9	397	34	18	28	18	1.95
123022--123401	168	2.3	168	85	1	503	34	17	28	18	1.94
122896--123401	84	6.0	84	81	2	450	34	17	29	18	1.94
124811--124869	18	3.2	18	84	11	75	6	8	0	84	0.77
124819--124867	20	2.5	20	79	0	62	8	8	0	83	0.81
136338--136389	21	2.5	21	96	0	95	36	7	0	55	1.29
138451--138594	72	2.0	72	98	0	279	37	13	20	28	1.91
138740--138827	30	3.0	29	74	22	85	25	1	0	73	0.90
138767--138810	19	2.3	19	88	7	63	25	2	0	72	0.96
139308--139367	30	2.0	30	96	0	111	35	20	15	30	1.93
142182--142243	24	2.6	23	77	10	61	56	6	8	29	1.53
142184--142245	23	2.6	24	79	5	63	56	6	8	29	1.53
142905--142943	17	2.3	17	95	0	69	61	7	0	30	1.24
145552--145594	21	2.0	21	82	8	52	41	9	6	41	1.64
149695--149727	17	1.9	17	93	0	57	54	24	6	15	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152404--152439	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
157110--157236	52	2.4	52	92	0	209	29	17	18	35	1.93
157110--157256	52	2.8	52	87	2	170	31	16	17	34	1.92
157331--157355	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
157310--157375	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
157570--157609	19	2.1	19	95	0	71	32	35	10	22	1.87
158338--158849	43	11.2	43	77	12	484	30	17	26	25	1.97
158338--158897	92	6.1	92	93	0	913	30	17	26	25	1.97
158338--158897	278	2.0	276	91	1	913	30	17	26	25	1.97
158931--159751	34	25.8	33	74	16	486	31	14	33	19	1.92

Tables:   1   2