genome.fa.s639.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold639
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  281924

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166245--166306	17	3.8	15	76	16	61	77	0	20	1	0.85
166244--166297	24	2.4	23	82	11	69	75	0	22	1	0.89
166251--166313	16	4.1	15	76	12	56	74	0	20	4	0.99
168886--169025	47	3.0	47	78	4	165	39	14	22	23	1.91
169013--169298	35	8.1	35	82	2	241	44	12	20	21	1.85
169042--169299	141	1.8	141	86	0	372	44	12	21	22	1.84
169037--169298	71	3.7	70	77	5	249	45	12	20	21	1.84
169035--169305	106	2.6	106	78	5	280	44	12	20	22	1.84
169482--169813	90	3.7	90	87	2	445	30	12	27	28	1.93
173331--173459	52	2.5	52	94	0	222	30	18	16	34	1.93
173468--173492	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173535--173599	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
173530--173697	32	5.1	32	75	16	173	35	16	13	34	1.88
173554--173578	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173534--173746	100	2.1	100	100	0	426	34	15	14	35	1.88
173635--173699	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
173654--173678	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
175265--175289	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
175245--175311	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
175385--175513	52	2.5	52	94	0	222	35	17	17	30	1.92
178300--178684	194	2.0	193	97	0	725	25	26	21	27	1.99
182187--182870	156	4.4	155	79	6	644	37	22	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184653--185191	166	3.3	165	82	3	568	50	8	9	31	1.64
186950--187322	168	2.2	167	78	5	385	34	9	7	49	1.63
189164--189589	154	2.8	153	79	6	459	26	18	17	37	1.93
190105--190130	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
193814--193852	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
195925--195950	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
196071--196116	21	2.2	20	81	11	58	36	19	0	43	1.51
198494--198519	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199831--200256	154	2.8	154	82	5	479	25	18	18	37	1.94
200773--200798	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
202011--202086	37	2.1	37	100	0	152	40	2	10	46	1.52
202909--202934	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
202891--202954	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
203392--203458	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
208136--208161	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
208118--208181	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
208620--208686	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
211419--211484	33	2.0	33	85	5	89	30	13	13	42	1.83
215117--215155	17	2.3	17	91	8	62	79	0	12	7	0.93
215114--215158	10	4.8	10	77	22	53	82	0	11	6	0.84
216413--216485	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
216431--216506	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216413--216506	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
216545--216570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
220633--220663	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
222743--222780	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
225224--225296	20	3.6	20	77	3	92	35	12	19	32	1.89
225242--225317	21	3.7	21	76	3	91	42	10	17	30	1.82
225224--225317	41	2.3	41	94	0	170	39	11	18	30	1.86
225356--225381	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226321--226392	20	3.5	20	74	10	63	26	15	13	44	1.84
226469--226532	33	1.9	34	84	12	89	20	18	15	45	1.86
226932--227592	89	7.4	89	80	4	647	28	27	14	29	1.95
226932--227605	267	2.5	267	82	5	758	28	27	14	29	1.95
227808--228317	36	14.4	36	79	7	470	22	24	11	41	1.86
227808--228307	71	7.0	72	79	8	449	22	24	11	41	1.86
227808--228307	142	3.5	141	79	6	537	22	24	11	41	1.86
227836--228175	177	1.9	177	90	1	538	21	26	11	40	1.87
227808--228317	35	14.4	35	76	8	257	22	24	11	41	1.86
228387--228577	40	4.7	42	67	11	121	18	24	16	40	1.91
228387--228992	81	7.4	81	76	6	426	18	23	16	41	1.89
228387--228909	41	12.8	39	68	10	201	17	24	16	41	1.89
228387--228972	246	2.4	244	82	5	675	18	23	16	42	1.89
228387--228928	163	3.3	164	76	6	415	18	24	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229205--229338	43	3.2	41	72	4	115	17	21	16	44	1.87
229230--229350	43	2.9	42	75	3	136	16	23	16	42	1.88
229217--229499	84	3.4	84	79	5	313	19	25	13	42	1.87
230077--230116	20	2.0	21	85	14	57	40	2	10	47	1.50
230606--230993	166	2.3	164	78	9	392	27	11	12	48	1.75
232845--233269	155	2.7	155	83	3	516	24	16	19	39	1.91
235440--235490	20	2.5	21	78	15	63	37	11	21	29	1.89
235611--235712	49	2.1	49	96	1	188	36	17	9	36	1.83
237459--237525	33	2.0	33	91	0	107	34	11	14	38	1.84
237479--237503	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237566--237590	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
237599--237722	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
242515--242569	22	2.5	23	82	8	69	12	16	0	70	1.16
244874--244929	20	2.8	20	88	0	85	33	12	14	39	1.83
250473--250959	155	3.2	154	77	4	509	38	20	16	24	1.92
257177--257204	11	2.5	11	100	0	56	21	25	0	53	1.46
265302--265388	41	2.1	43	93	4	151	26	13	10	49	1.74
266332--266361	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
268074--268108	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
268452--268720	134	2.0	134	91	1	432	34	14	16	34	1.89
268757--268880	24	5.2	24	90	0	104	25	20	8	44	1.81
268792--268865	14	5.9	14	70	23	74	22	22	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268757--268880	48	2.6	48	86	0	158	25	20	8	44	1.81
269335--269407	36	2.1	36	89	2	112	34	12	28	24	1.92
269698--269732	18	1.9	18	88	0	52	48	0	5	45	1.26
274465--274541	20	3.8	20	81	6	93	41	14	14	29	1.85
274417--274591	90	1.9	90	91	1	287	43	13	15	28	1.84
274524--274605	20	3.3	24	70	26	73	46	10	15	26	1.79
277989--278052	20	3.2	20	70	24	62	48	15	4	31	1.66
279510--279628	35	3.4	34	80	8	123	61	7	22	8	1.50
279740--279791	22	2.4	21	87	3	68	59	25	7	7	1.51

Tables:   1   2

The End!