genome.fa.s639.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold639
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  281924

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14480--14600	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
14480--14620	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
14609--14633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14700--14724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14678--14744	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
15436--16001	49	11.9	49	83	8	729	30	18	25	25	1.98
15433--16006	92	6.1	92	90	5	871	31	17	25	25	1.97
16001--16070	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
16055--17240	34	35.4	34	78	15	1178	32	12	33	20	1.91
16055--17270	71	18.2	69	86	8	1250	32	12	33	20	1.91
16109--17270	345	3.5	338	90	6	1636	32	12	33	20	1.91
16055--17240	274	4.4	270	87	7	1523	32	12	33	20	1.91
22258--22300	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
25532--25652	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
25532--25672	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
25661--25685	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25753--25777	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25731--25797	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
27845--27901	1	57.0	1	82	0	69	91	7	0	1	0.49
27846--27899	9	5.9	9	93	2	90	90	7	0	1	0.51
29145--29636	28	17.0	28	82	6	527	27	30	18	23	1.98
31015--31089	20	3.8	19	82	7	96	32	14	13	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35739--35957	84	2.6	84	84	1	278	28	16	11	42	1.84
35887--35993	56	1.9	56	82	0	133	28	16	9	45	1.78
35880--36003	56	2.2	56	79	0	131	29	17	10	41	1.83
38294--38319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
38276--38339	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
40548--40597	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
44641--44705	13	5.0	13	94	0	112	32	16	15	35	1.91
47160--47214	21	2.6	22	83	11	71	34	12	21	30	1.91
47262--47287	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47244--47307	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
53300--53420	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
53300--53440	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
53429--53453	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53529--53553	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53507--53573	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
64066--64918	28	30.1	28	80	8	897	28	30	17	23	1.97
64085--64915	139	5.9	139	84	5	936	28	30	18	23	1.97
71078--71131	20	2.7	19	75	8	54	35	12	11	40	1.79
71113--71165	21	2.5	21	75	6	54	33	13	16	35	1.88
89273--89445	84	2.0	85	84	4	224	36	11	20	31	1.89
92757--92809	20	2.7	20	81	0	61	30	15	15	39	1.87
93607--93670	25	2.5	26	78	12	71	21	20	4	53	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95560--95614	20	2.8	20	83	5	67	34	14	12	38	1.84
98203--98608	79	5.2	77	83	5	503	32	15	24	27	1.95
98544--98712	51	3.3	51	83	3	189	33	11	26	28	1.92
101009--101080	20	3.6	19	83	7	81	40	12	16	30	1.86
101841--102035	42	4.5	42	78	9	180	39	14	25	20	1.91
102020--102209	61	3.2	60	85	8	241	28	20	25	25	1.99
102035--102430	217	1.8	218	87	5	602	26	20	29	24	1.99
102228--102522	61	4.9	61	85	6	374	25	20	29	25	1.99
102228--102464	121	2.0	121	89	5	363	24	20	30	24	1.99
102007--102798	333	2.4	332	88	4	1135	27	19	27	24	1.99
102561--102824	61	4.3	60	88	1	384	28	20	25	25	1.99
102561--102830	121	2.2	122	85	2	391	28	20	26	25	1.99
108968--109377	79	5.2	79	85	4	506	33	15	24	26	1.95
108968--109377	156	2.6	158	83	4	517	33	15	24	26	1.95
109313--109489	51	3.5	50	80	6	196	34	11	25	28	1.91
111769--111853	20	4.6	19	76	21	92	42	14	16	27	1.86
111788--111818	13	2.4	13	88	0	53	41	16	12	29	1.85
111773--111837	33	2.0	33	100	0	130	41	15	15	27	1.87
111871--111900	13	2.3	13	94	0	51	40	16	13	30	1.87
114154--114199	24	1.9	24	82	8	58	39	8	2	50	1.46
116674--116703	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
117381--117430	14	3.4	14	78	13	55	72	2	0	26	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117629--117663	17	2.1	17	94	0	61	22	31	5	40	1.78
123230--123271	12	3.7	12	84	6	52	83	0	16	0	0.65
125361--125673	89	3.5	88	78	6	308	28	26	15	30	1.96
125802--126310	47	11.0	47	79	6	457	21	23	17	37	1.94
125802--126219	228	1.8	228	84	3	572	21	23	17	37	1.94
126308--127483	44	26.7	44	70	12	307	22	22	14	40	1.89
126317--126654	88	3.8	88	81	2	385	22	23	15	38	1.92
126340--126684	176	2.0	176	85	6	468	22	23	15	39	1.91
126321--126734	176	2.4	176	80	7	457	22	23	14	39	1.91
126936--127314	176	2.2	176	84	3	478	23	21	13	40	1.90
127028--127483	132	3.5	130	79	3	396	21	22	14	41	1.89
127489--127529	20	2.0	21	85	4	57	26	29	7	36	1.83
127444--127692	101	2.5	101	85	0	336	22	22	12	42	1.86
127644--127864	44	5.0	44	68	9	137	22	20	13	43	1.87
127334--128070	378	1.9	378	87	2	1061	22	23	12	41	1.88
127820--128171	101	3.5	101	85	3	440	24	22	11	42	1.86
128122--128471	132	2.7	131	86	4	447	21	21	14	42	1.89
128131--128478	44	7.9	44	74	11	293	21	21	15	41	1.90
128717--129366	42	15.7	42	79	5	437	16	23	17	42	1.88
128689--129365	84	8.2	84	77	5	567	16	23	16	42	1.88
128689--129622	126	7.6	125	76	10	721	16	23	16	43	1.87
128841--128930	41	2.2	42	89	2	137	16	25	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129304--129435	69	1.9	69	88	0	201	18	21	15	45	1.85
129136--129602	237	2.0	237	85	0	628	16	22	17	43	1.88
129373--129647	42	6.5	42	81	3	268	16	21	16	45	1.85
129260--129467	111	1.9	111	87	0	308	16	22	16	44	1.87
129176--129560	195	2.0	195	81	2	459	16	22	17	43	1.87
129373--129642	84	3.2	84	82	3	319	16	21	16	45	1.85
129374--129739	42	8.6	42	76	8	134	17	23	15	43	1.87
130315--130356	7	6.0	7	78	10	50	78	0	0	21	0.75
130323--130372	25	2.0	25	88	4	73	72	0	0	28	0.86
130315--130369	28	1.9	29	92	3	94	72	0	0	27	0.85
130323--130379	25	2.2	25	84	3	69	71	0	3	24	1.01
130914--130943	15	2.0	15	93	0	51	83	10	0	6	0.81
134772--134841	21	3.4	19	75	16	61	40	15	7	37	1.75
135024--135062	16	2.4	16	82	0	51	79	2	15	2	0.95
139712--140015	156	1.9	156	84	3	407	38	19	16	25	1.92
139737--140067	156	2.1	155	82	5	382	39	19	16	25	1.92
139985--140274	153	1.9	154	79	5	327	36	22	18	23	1.95
141699--141728	7	4.4	7	95	4	53	10	13	0	76	1.01
142571--142635	32	2.0	32	84	3	85	41	15	13	29	1.86
143296--143341	18	2.5	19	79	10	51	26	36	0	36	1.57
145327--145361	18	1.9	18	94	0	61	42	11	11	34	1.77
151484--151527	20	2.2	20	84	4	54	43	18	13	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151473--151527	19	2.8	20	77	5	58	40	16	14	29	1.88
152290--152664	166	2.3	166	81	5	420	49	6	10	33	1.64
153879--154812	85	11.2	85	77	6	534	36	13	30	20	1.91
153855--154807	170	5.7	167	75	8	629	36	13	30	20	1.91
155045--155146	47	2.1	48	80	5	109	37	18	24	19	1.94
156041--156104	17	3.8	16	76	10	65	78	0	20	1	0.84
163888--164524	27	23.0	27	88	4	905	23	33	13	28	1.93
163888--164539	165	3.9	165	89	4	927	24	33	13	28	1.93
163888--164524	220	2.9	220	92	3	1032	23	33	13	28	1.93
164507--165012	32	15.8	32	93	1	802	31	34	17	16	1.92

Tables:   1   2