genome.fa.s690.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold690
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151548

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878--950	1	73.0	1	90	0	101	4	2	93	0	0.43
871--950	38	2.2	36	88	4	115	6	2	91	0	0.50
871--950	39	2.1	37	88	9	117	6	2	91	0	0.50
1512--1558	20	2.3	21	75	10	53	55	0	0	44	0.99
1562--1639	27	3.1	24	75	21	70	48	0	0	51	1.00
3762--3936	20	9.7	17	72	22	119	54	1	5	37	1.34
3764--3810	25	2.0	25	88	12	73	57	0	4	38	1.18
3936--3991	23	2.4	23	85	5	69	66	1	0	32	1.03
4309--4355	15	3.1	16	81	12	62	59	0	0	40	0.97
5654--5716	21	3.0	20	86	6	81	57	0	3	39	1.15
5647--5726	21	4.0	20	81	10	74	58	0	2	38	1.11
10884--10922	2	19.5	2	89	0	60	46	0	5	48	1.24
10885--10922	14	2.7	14	100	0	76	44	0	5	50	1.24
11035--11068	17	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
11038--11209	27	6.1	28	67	21	94	35	0	1	62	1.10
11119--11176	12	4.4	14	73	22	54	39	0	0	60	0.97
11151--11237	5	18.2	5	69	23	55	35	1	1	62	1.11
11151--11238	19	4.4	19	71	18	70	35	1	1	62	1.10
11164--11212	16	2.8	18	84	9	66	30	0	2	67	1.02
12213--12250	17	2.3	16	90	4	58	76	0	0	23	0.79
12591--12681	18	4.8	18	75	19	71	37	3	2	57	1.28
14673--14713	16	2.5	18	81	18	54	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16196--16341	21	6.6	21	74	16	75	44	0	2	52	1.17
16131--16298	43	3.8	41	74	17	126	41	0	3	54	1.22
16558--16620	18	3.2	21	70	27	57	60	0	0	39	0.97
17089--17165	28	2.7	27	82	11	93	32	1	0	66	1.00
17103--17207	30	3.6	28	76	10	81	38	1	0	59	1.15
17623--17686	27	2.3	27	83	2	74	35	3	1	59	1.23
17635--17773	27	4.9	28	72	19	99	43	0	1	55	1.08
17640--17773	29	4.6	30	70	21	90	44	0	0	55	1.05
17676--17773	34	2.9	34	69	24	80	46	0	1	52	1.07
17679--17734	19	2.9	19	85	15	64	50	0	1	48	1.11
17646--17754	48	2.3	48	77	13	118	43	0	0	55	1.05
18390--18414	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18654--18738	10	6.9	12	75	18	52	45	0	1	52	1.08
18653--18705	27	1.9	28	84	3	72	47	0	1	50	1.12
18674--18719	22	2.1	23	84	12	69	52	0	0	47	1.00
18668--18723	10	5.8	10	76	23	66	48	0	0	51	1.00
18718--18751	12	2.6	13	86	13	52	35	0	0	64	0.94
18686--18756	23	3.1	23	79	16	62	42	0	0	57	0.98
18932--18972	16	2.6	16	88	7	57	60	2	2	34	1.23
18930--18972	5	8.2	5	80	10	50	60	2	2	34	1.22
19992--20033	13	2.8	16	75	24	54	59	0	0	40	0.97
20309--20386	32	2.5	33	85	8	108	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20320--20394	40	1.9	37	81	7	87	46	0	0	53	1.00
20325--20402	32	2.4	32	85	8	88	48	0	0	51	1.00
20362--20422	26	2.2	28	83	11	74	42	3	1	52	1.27
20978--21016	20	1.9	19	85	10	51	58	2	2	35	1.25
21255--21406	10	14.9	10	71	16	82	40	0	0	59	0.98
21253--21353	38	2.6	37	80	16	91	43	0	0	56	0.99
21317--21402	30	2.8	32	82	6	99	41	0	0	58	0.98
21297--21390	30	3.1	32	80	11	99	42	0	0	57	0.98
21259--21418	13	13.0	13	65	25	55	40	0	0	59	1.02
21919--21967	18	2.8	17	80	17	55	34	2	0	63	1.06
21925--21965	18	2.2	19	91	8	66	31	2	0	65	1.05
21920--21970	17	2.9	17	78	13	59	35	1	0	62	1.06
21913--21973	16	3.5	17	75	20	54	36	1	0	62	1.05
22001--22054	18	2.9	18	78	10	56	59	3	1	35	1.26
21992--22051	31	1.9	32	86	3	86	58	3	1	36	1.25
22631--22674	23	1.9	23	81	9	54	68	2	0	29	1.02
23504--23534	10	2.9	11	90	9	55	45	0	0	54	0.99
25636--25704	24	2.9	24	78	4	77	33	17	21	27	1.96
27674--27698	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
28185--28223	11	3.6	11	86	3	53	69	5	0	25	1.09
28784--28816	11	2.8	12	86	9	50	21	6	0	72	1.05
29016--29055	19	2.2	19	90	4	64	47	7	5	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29152--29194	18	2.4	18	81	11	61	51	4	4	39	1.44
29623--29653	16	1.9	16	93	0	53	22	0	3	74	0.96
29894--29958	29	2.3	29	84	7	80	27	16	18	36	1.93
29992--30073	43	1.9	43	85	5	112	34	13	14	37	1.85
33357--33394	18	2.1	18	90	0	58	18	15	23	42	1.89
34183--34228	22	2.1	22	100	0	92	41	17	13	28	1.86
34351--34378	13	2.2	13	100	0	56	21	0	14	64	1.29
34864--34906	22	2.0	22	86	9	61	41	0	0	58	0.98
34925--34971	24	2.0	22	84	8	58	36	0	4	59	1.17
40053--40088	18	1.9	19	88	5	56	22	8	11	58	1.59
40498--40529	16	1.9	17	93	6	57	21	25	21	31	1.98
41405--41469	6	10.7	6	75	15	53	58	0	0	41	0.98
41411--41455	17	2.5	19	82	17	60	55	0	0	44	0.99
41615--41647	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
42561--42832	140	1.9	140	82	2	332	33	12	19	34	1.89
46710--46781	29	2.4	31	77	15	80	50	0	0	50	1.00
46877--46983	21	5.1	21	72	20	73	47	0	0	52	1.00
46875--46946	21	3.4	21	77	11	74	47	0	0	52	1.00
48234--48282	24	2.2	23	86	13	68	61	0	6	32	1.21
48949--48993	18	2.4	19	81	11	56	37	0	0	62	0.96
51959--52010	16	3.2	16	86	0	50	32	13	9	44	1.76
51971--52017	16	2.9	16	93	0	76	36	14	6	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52053--52096	10	4.3	10	82	5	52	54	0	0	45	0.99
52056--52096	11	3.9	11	81	9	50	51	0	0	48	1.00
52056--52096	20	2.0	22	90	9	68	51	0	0	48	1.00
52530--52557	10	2.8	10	100	0	56	64	0	0	35	0.94
53167--53217	17	2.8	18	73	21	52	62	0	0	37	0.95
53144--53216	37	1.9	37	86	10	103	57	0	1	41	1.07
53158--53211	15	3.7	15	80	4	67	59	0	0	40	0.98
53162--53211	22	2.3	22	80	16	59	60	0	0	40	0.97
57283--57340	22	2.6	23	81	10	68	48	0	0	51	1.00
57290--57339	23	2.2	23	82	7	57	50	0	0	50	1.00
58964--59010	19	2.4	19	79	10	51	63	0	0	36	0.94
58964--58997	11	3.2	11	87	8	52	64	0	0	35	0.94
59333--59379	22	2.1	22	88	7	69	59	0	0	40	0.97
60606--60640	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
60639--60670	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
61105--61157	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
61230--61289	22	2.7	21	80	10	66	40	0	5	55	1.22
61350--61376	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
61323--61381	24	2.4	25	88	2	84	52	0	0	47	1.00
62408--62466	15	4.1	15	72	27	56	37	0	0	62	0.95
62397--62460	16	3.9	17	78	12	62	34	0	0	65	0.93
62408--62473	14	4.7	14	72	18	57	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62825--62901	15	4.9	15	73	9	64	36	3	7	51	1.49
62820--62902	16	5.2	16	72	5	62	34	4	7	53	1.50
64548--64701	8	19.5	8	64	26	62	37	0	1	60	1.13
64548--64616	14	4.3	16	74	15	54	37	0	0	62	0.96
64547--64622	29	2.7	27	78	15	82	38	1	0	60	1.05
65109--65165	16	3.2	16	79	16	51	54	0	1	43	1.10
65532--65573	20	2.2	20	95	4	77	40	2	0	57	1.12
66397--66431	14	2.4	14	90	4	52	37	0	0	62	0.95
66402--66439	14	2.6	15	87	4	51	36	0	0	63	0.95
66458--66500	13	2.9	15	80	16	54	46	2	0	51	1.13

Tables:   1   2