genome.fa.s700.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold700
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  259550

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034--1065	16	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
1305--1339	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1541--1584	22	2.0	22	86	0	61	61	0	0	38	0.96
3673--3699	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
3685--3741	20	2.8	20	91	0	96	29	22	14	33	1.93
3768--3823	19	2.9	19	83	2	76	39	14	16	30	1.88
12566--12620	19	2.9	19	88	0	83	36	14	18	30	1.91
13840--13886	4	11.8	4	95	0	85	74	0	2	23	0.93
16601--16904	79	3.9	78	83	4	328	32	13	25	27	1.94
16761--17034	130	2.1	130	97	0	530	31	14	27	26	1.95
16843--16960	51	2.3	51	79	2	130	30	15	26	27	1.96
17021--17093	28	2.6	27	85	8	94	27	19	30	23	1.98
16891--17069	79	2.3	79	82	3	209	30	16	26	26	1.97
16815--17273	237	1.9	237	80	3	539	33	14	24	28	1.94
16945--17143	107	1.9	107	81	4	249	32	14	25	27	1.95
17085--17195	51	2.2	51	83	3	134	33	10	21	34	1.88
19610--19634	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
19624--19673	20	2.5	20	96	0	91	46	18	14	22	1.84
23099--23275	80	2.2	80	80	3	205	25	25	12	35	1.92
23022--23287	77	3.4	79	77	7	202	27	24	13	34	1.93
23121--23328	79	2.6	80	78	6	217	27	24	12	36	1.91
27884--27962	20	3.9	19	80	9	77	40	11	13	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29595--29660	20	3.3	20	93	0	105	30	15	12	42	1.83
32275--32300	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
34519--34563	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
36367--36397	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
38413--38492	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
38478--38516	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
38637--38683	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
38639--38681	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
41049--41074	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46081--46124	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
54389--54450	32	1.9	32	86	3	88	32	17	12	37	1.88
54422--54472	20	2.6	20	90	3	86	31	19	13	35	1.91
54501--54554	20	2.7	20	97	0	99	29	12	22	35	1.91
60129--60184	22	2.7	21	80	5	60	37	10	17	33	1.85
60130--60207	20	3.8	20	78	6	84	35	8	15	39	1.79
60929--61125	61	3.2	61	89	2	252	39	11	24	24	1.88
61071--61369	49	5.9	49	79	10	253	33	16	25	24	1.96
61070--61424	152	2.3	151	79	8	360	33	15	26	24	1.95
61061--61424	103	3.6	100	77	9	317	34	15	26	24	1.94
61441--61549	32	3.4	32	79	9	109	21	12	31	34	1.91
61453--61550	32	3.1	31	81	7	110	23	13	29	33	1.93
61553--61716	27	5.9	27	79	11	179	29	12	35	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61537--61737	61	3.4	59	80	11	243	30	11	34	23	1.90
63187--63244	18	3.3	17	80	9	64	13	1	1	82	0.82
70327--70362	16	2.2	16	90	0	54	52	8	5	33	1.55
77466--77509	22	2.0	23	86	4	63	34	9	4	52	1.54
80413--80476	30	2.2	31	88	8	98	20	4	10	64	1.43
80606--80639	15	2.3	15	90	5	52	26	2	26	44	1.69
81257--81286	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
85314--85512	84	2.4	83	81	3	220	42	7	17	32	1.77
85304--85568	84	3.2	84	77	4	212	42	8	17	32	1.79
91772--91796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91859--91883	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91837--91903	33	2.0	33	85	0	89	41	13	10	34	1.79
94664--94989	164	2.0	164	89	2	503	38	12	17	30	1.87
97525--97563	21	2.0	20	85	10	53	35	7	10	46	1.67
98241--98543	52	5.8	52	74	10	217	34	17	24	23	1.95
98245--98543	103	2.9	101	83	8	354	35	17	24	23	1.95
98550--98759	31	6.7	31	82	7	237	19	17	31	32	1.94
107739--108081	154	2.2	154	82	3	422	42	18	14	24	1.88
108943--109252	152	2.0	153	83	7	389	38	16	15	30	1.90
109727--109771	18	2.5	17	82	13	54	15	4	0	80	0.87
112171--112349	93	1.9	92	83	5	227	34	7	23	34	1.84
112179--112384	93	2.2	93	81	5	220	34	9	22	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112376--112678	87	3.5	87	75	11	293	31	11	22	33	1.90
112655--112702	23	2.1	23	96	0	87	39	0	14	45	1.45
114716--114768	19	2.7	19	88	2	70	30	15	13	41	1.85
120817--121003	79	2.4	79	82	1	214	32	16	27	23	1.96
121048--121184	52	2.6	52	78	6	143	32	14	25	27	1.95
121171--121239	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
123709--123734	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
123688--123754	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
123774--123841	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
123796--123820	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
123777--123839	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
127840--127904	20	3.3	20	76	4	78	30	20	12	36	1.89
129209--129550	149	2.3	148	83	5	429	23	17	19	40	1.91
129257--129587	149	2.2	149	83	4	436	22	18	18	40	1.91
132970--133081	51	2.2	50	83	1	134	32	11	28	27	1.92
133018--133402	79	4.9	79	91	0	545	32	12	26	28	1.93
133177--133611	209	2.1	209	86	1	622	33	12	25	29	1.92
133338--133434	51	1.9	51	84	0	131	36	8	24	30	1.85
133258--133529	130	2.1	130	84	1	348	34	10	24	30	1.89
133353--133450	51	1.9	51	82	0	124	37	6	23	32	1.80
133385--133618	79	2.9	78	82	6	283	33	11	24	30	1.91
133098--133621	288	1.8	288	87	3	786	33	12	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136256--136337	33	2.5	33	89	0	128	39	15	9	35	1.81
136259--136324	20	3.7	20	66	26	56	36	15	10	37	1.82
136315--136339	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
140627--140676	25	2.1	24	82	10	59	24	16	0	60	1.36
142212--142253	21	2.0	21	95	0	75	35	11	28	23	1.91
142216--142261	21	2.2	21	84	0	56	43	10	21	23	1.84
142369--142416	20	2.3	20	79	10	53	41	2	20	35	1.64
149673--149711	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
151882--151912	15	2.1	15	93	0	53	48	19	19	12	1.81
155259--155387	52	2.5	52	93	0	222	27	18	18	35	1.94
155396--155420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155461--155525	32	2.0	32	90	0	103	40	13	10	35	1.80
159053--159092	21	1.9	22	85	10	57	22	17	12	47	1.81
163722--163753	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
165641--165922	113	2.5	112	84	5	363	32	14	12	40	1.83
166217--166479	81	3.3	81	77	5	268	22	17	13	46	1.83
166979--167301	170	1.9	170	83	5	420	29	26	13	30	1.94
167724--168005	44	6.4	44	79	3	280	20	23	13	41	1.88
167980--168026	24	1.9	25	82	4	60	25	23	6	44	1.77
168175--169181	85	11.9	84	77	5	769	21	21	11	46	1.82
168390--168521	43	3.1	41	75	10	122	23	22	8	45	1.79
168174--168737	42	13.3	42	66	11	175	20	21	10	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168175--169179	424	2.4	423	79	4	1078	21	21	11	46	1.82
168190--169181	339	2.9	337	76	5	944	21	21	10	46	1.82
170719--170772	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
173385--173425	21	2.0	21	95	4	75	34	14	12	39	1.84
173463--173487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
176397--177042	343	1.9	343	93	0	1105	27	26	19	25	1.99
178474--178526	21	2.7	18	82	11	61	28	15	15	41	1.87
179238--179263	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
183975--183999	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
184111--184156	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71

Tables:   1   2