genome.fa.s729.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold729
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  181220

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4516--4624	36	2.9	37	80	11	134	33	20	19	26	1.96
4597--4690	31	3.0	31	82	1	98	31	23	17	27	1.96
7377--7416	15	2.7	15	84	0	53	55	5	2	37	1.35
7941--8000	22	2.7	22	75	12	61	60	5	0	35	1.19
7948--8000	22	2.4	21	79	14	63	62	5	0	32	1.19
7977--8077	52	1.9	54	80	11	122	51	1	2	43	1.28
9143--9215	20	3.7	19	87	7	85	38	19	15	27	1.91
11229--11273	20	2.2	20	84	8	54	17	28	35	17	1.93
13595--13669	20	3.8	20	76	0	78	32	12	13	42	1.80
13595--13672	40	2.0	39	84	2	102	32	11	14	42	1.81
17209--17249	16	2.6	17	85	11	52	12	19	14	53	1.72
18086--18153	16	4.5	15	83	7	84	80	17	1	0	0.78
18088--18153	29	2.2	30	86	2	98	80	18	1	0	0.79
19497--19720	31	7.2	31	79	13	262	26	32	13	26	1.94
19494--19735	124	2.0	124	94	0	430	26	31	14	27	1.95
19464--19735	31	8.6	31	78	12	261	26	31	14	27	1.95
19417--19778	31	11.5	32	74	11	162	24	30	13	31	1.94
19464--19769	64	4.8	64	89	3	449	26	30	14	28	1.95
19777--19923	34	4.4	34	82	5	165	21	30	11	36	1.89
19779--19935	67	2.3	67	81	6	176	21	32	12	33	1.91
19777--19941	34	4.9	33	81	5	161	20	32	12	35	1.89
19942--20034	33	2.8	33	100	0	186	31	33	19	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20037--20833	49	16.9	49	81	8	822	25	23	17	32	1.97
20037--20786	92	8.0	92	84	7	890	26	24	17	32	1.97
20275--20385	22	5.1	22	61	20	54	26	23	18	31	1.98
21531--21595	19	3.8	18	71	24	68	33	12	15	38	1.85
21533--21600	32	2.1	32	94	0	118	35	11	16	36	1.85
21648--21672	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21681--21806	52	2.4	52	97	0	243	35	19	19	26	1.95
28352--28376	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28332--28396	33	2.0	33	87	6	96	35	13	12	38	1.83
28426--28498	20	3.7	19	85	8	85	39	16	15	28	1.89
28962--28998	11	3.4	11	85	14	58	40	0	0	59	0.97
28961--29010	22	2.3	22	89	3	75	40	2	0	58	1.10
28842--29496	298	2.2	298	91	1	1055	36	9	8	45	1.65
30282--31040	90	8.7	90	80	9	702	33	15	8	42	1.77
30721--31040	86	3.6	86	82	5	356	35	15	6	42	1.73
30286--30941	266	2.5	252	80	9	646	33	15	8	42	1.77
31298--31358	15	4.1	15	76	16	63	57	4	0	37	1.20
31319--31360	14	3.2	13	80	12	50	54	0	0	45	0.99
31650--31838	64	3.3	57	68	20	142	42	3	1	52	1.26
31644--31850	30	6.6	32	70	17	134	41	3	0	54	1.23
31908--31985	21	3.5	22	73	13	61	39	1	3	55	1.26
31910--31976	21	2.9	23	78	8	66	38	1	4	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36644--36687	4	11.0	4	85	0	61	52	20	0	27	1.47
36644--36687	16	2.8	16	96	0	79	52	20	0	27	1.47
37270--37303	2	17.5	2	93	6	61	0	47	0	52	1.00
38750--38784	18	1.9	18	94	0	61	45	2	2	48	1.32
38803--38853	11	4.6	11	78	9	59	66	1	0	31	1.03
38793--38931	27	5.3	26	67	24	78	60	2	0	37	1.09
45459--45527	32	2.2	32	94	0	120	47	15	8	27	1.75
52977--53406	52	8.4	51	79	10	393	55	5	0	38	1.29
53108--53187	24	3.2	24	68	28	60	51	6	1	41	1.35
52977--53542	101	5.7	104	76	14	463	54	5	1	38	1.35
53002--53542	52	10.9	50	77	13	368	54	5	1	37	1.35
53347--53482	44	3.1	43	90	6	204	52	6	0	39	1.33
53379--53447	20	3.2	20	68	28	61	53	5	0	40	1.25
53250--53546	137	2.1	141	81	12	335	53	5	2	38	1.37
53152--53544	50	8.0	47	79	12	126	54	5	1	37	1.35
53908--53957	22	2.3	22	82	0	64	32	2	12	54	1.49
54296--54365	22	3.2	21	80	15	79	45	8	8	37	1.65
54334--54375	22	1.9	22	90	0	66	45	11	2	40	1.54
54521--55110	105	5.7	101	76	13	383	36	1	7	54	1.39
54511--55419	53	17.7	52	71	17	524	36	1	7	54	1.39
54511--55249	159	4.8	151	77	12	599	37	1	7	53	1.38
54869--54943	18	4.3	17	72	5	60	38	0	5	56	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54869--54916	17	2.7	18	83	3	62	37	0	2	60	1.09
55132--55237	52	2.0	53	81	1	124	40	1	5	51	1.36
55044--55282	95	2.5	94	77	9	263	37	2	6	53	1.39
55325--55451	54	2.4	54	79	10	127	37	2	6	54	1.39
56767--56994	27	8.4	27	71	5	120	50	5	8	35	1.56
59395--59430	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
63141--63167	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
63150--63205	28	2.0	28	82	6	69	50	0	1	48	1.11
63311--63365	18	2.5	22	75	24	55	54	0	0	45	0.99
65018--65057	12	3.3	13	83	13	50	62	0	5	32	1.17
65627--65690	16	3.8	16	71	18	58	32	4	0	62	1.16
65604--65684	35	2.3	34	83	8	92	29	2	2	65	1.18
68936--69297	155	2.3	153	81	4	395	37	20	16	26	1.93
71225--71713	165	2.9	162	80	6	559	51	9	9	29	1.66
75898--76149	57	4.4	57	78	6	240	51	8	10	29	1.66
75953--76052	27	3.5	28	73	10	87	53	6	9	32	1.57
75926--76149	115	1.9	115	84	3	299	51	8	10	29	1.66
75944--76149	29	7.1	29	68	22	112	50	8	11	30	1.67
76101--76240	58	2.4	57	78	5	174	47	10	14	27	1.77
76270--76429	58	2.8	57	76	5	171	48	9	14	28	1.74
78898--78937	20	2.1	19	86	13	55	32	0	10	57	1.32
82741--82775	17	2.1	17	100	0	70	31	17	5	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88870--88910	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
89773--89814	2	21.5	2	90	4	68	47	2	0	50	1.14
91864--91918	8	6.8	8	77	10	58	81	1	0	16	0.77
91871--91931	11	5.5	10	73	21	50	80	1	0	18	0.80
91847--91919	25	2.9	25	73	15	60	78	1	1	19	0.91
91864--91932	22	3.3	21	81	15	74	79	1	0	18	0.80
91871--91932	24	2.8	22	82	17	76	79	1	0	19	0.82
91870--91945	36	2.2	33	88	9	100	76	2	0	21	0.91
91888--91945	14	4.6	13	83	16	70	74	3	0	22	0.97
91878--91945	10	5.7	12	80	19	72	75	2	0	22	0.94
92302--92332	16	1.9	16	100	0	62	74	0	0	25	0.82
92536--92624	10	9.0	10	74	14	51	24	40	16	17	1.90
92605--92665	31	2.0	31	86	0	86	26	42	16	14	1.87
92604--92868	124	2.1	123	82	3	325	26	41	16	15	1.88
92736--92802	31	2.2	30	84	5	89	25	38	19	16	1.92
92829--92877	10	4.8	10	80	14	55	22	42	20	14	1.88
92826--92876	22	2.3	21	80	6	57	23	45	19	11	1.83
99170--99617	222	2.0	222	99	0	878	35	20	19	24	1.95
106760--107431	42	16.0	42	77	6	432	16	29	17	35	1.92
106763--107431	84	7.9	84	75	8	500	16	29	17	35	1.92
107944--108019	36	2.1	38	82	5	93	68	5	1	25	1.18
107963--108019	12	4.5	13	80	14	57	70	5	0	24	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108051--108133	43	2.0	41	85	4	112	25	24	21	28	1.99
108398--108436	20	1.9	21	94	5	71	74	0	0	25	0.82
108708--108830	10	12.1	10	70	16	65	25	40	15	18	1.90
108707--108780	18	3.8	19	74	13	78	22	41	16	18	1.89
108707--108809	9	10.4	9	69	20	55	23	41	16	18	1.89
108710--108775	22	3.2	21	66	16	57	24	40	18	16	1.90
108848--108891	22	2.0	22	86	0	61	29	45	6	18	1.75
108893--108945	22	2.4	22	90	0	79	20	41	20	16	1.90
115898--115959	20	3.1	20	84	9	74	33	1	0	64	1.03
116245--116274	12	2.5	12	94	0	51	30	3	6	60	1.39

Tables:   1   2