genome.fa.s742.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold742
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  136388

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7146--7174	9	3.0	10	90	10	51	82	17	0	0	0.66
8448--8508	31	2.0	31	90	0	95	24	32	14	27	1.95
8493--8880	34	11.5	34	79	6	333	18	33	12	35	1.88
8895--9669	49	16.5	49	74	12	488	25	25	18	30	1.98
9029--9376	87	4.0	87	88	1	491	27	24	18	29	1.98
9306--9669	101	3.7	99	81	5	380	25	26	17	30	1.97
9293--9669	199	1.9	197	83	6	494	24	26	17	30	1.97
14405--14430	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14387--14450	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
16645--16689	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
18491--18521	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
20600--20638	13	3.0	13	92	0	60	33	12	12	41	1.82
20759--20804	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
25745--25783	20	2.0	20	94	0	69	28	7	25	38	1.83
26461--26495	18	1.9	18	88	0	52	37	0	0	62	0.95
27103--27155	21	2.5	22	78	9	65	54	1	3	39	1.29
30258--30331	16	4.6	16	76	3	53	44	27	12	16	1.82
31154--31220	16	4.1	16	84	1	71	43	32	13	10	1.78
31234--31272	15	2.6	15	80	15	53	53	28	5	12	1.60
34456--34511	20	2.8	20	74	12	62	28	8	14	48	1.74
42285--42324	20	2.0	20	95	0	71	32	17	5	45	1.70
43231--43288	30	1.9	30	89	0	89	29	18	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48359--48649	114	2.5	116	80	3	284	32	14	14	39	1.86
48574--48745	95	1.8	95	83	7	233	28	14	16	40	1.88
53097--53223	12	10.6	11	71	16	58	29	15	22	32	1.95
53092--53222	24	5.5	24	76	3	120	29	16	21	32	1.95
55503--55536	13	2.5	14	85	4	52	73	5	0	20	1.04
56431--56466	15	2.3	16	90	4	56	41	2	0	55	1.14
56512--56652	14	9.7	14	75	5	75	25	12	22	39	1.89
56515--56642	29	4.4	29	69	7	91	25	13	21	39	1.89
59373--59412	21	1.9	21	89	0	62	20	2	0	77	0.88
60254--60311	17	3.4	16	79	11	62	5	15	0	79	0.90
60255--60315	21	2.9	21	79	18	65	4	14	0	80	0.87
60254--60300	16	3.0	16	75	6	51	6	12	0	80	0.88
62902--62942	20	2.2	20	86	8	59	39	0	9	51	1.35
67324--67579	58	4.4	58	86	2	336	15	17	32	34	1.91
67293--67579	116	2.5	115	84	3	371	16	17	32	33	1.92
72165--73681	756	2.0	756	98	0	2899	20	23	27	28	1.99
75608--75658	16	3.1	16	83	13	68	56	3	1	37	1.29
75572--75651	16	4.6	18	76	14	71	62	3	0	33	1.13
76202--76227	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79949--79987	21	1.9	20	89	5	60	46	2	0	51	1.14
80419--80464	18	2.6	18	82	0	56	39	0	6	54	1.26
81888--82039	69	2.2	69	87	0	223	38	11	19	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83944--84040	17	5.6	17	74	4	86	22	1	4	72	1.08
84812--85259	52	8.9	50	74	9	299	34	15	24	25	1.95
84821--85220	104	3.9	102	77	6	346	33	15	25	25	1.95
85179--85294	43	2.7	43	86	0	160	32	16	24	26	1.96
85312--85463	32	4.7	32	79	7	155	21	16	30	30	1.95
85315--85466	65	2.4	65	85	3	200	22	15	31	30	1.94
85625--86576	33	28.8	33	71	13	496	34	12	30	22	1.90
85625--86576	32	28.8	34	70	13	434	34	12	30	22	1.90
85611--86480	263	3.3	264	77	9	702	35	12	30	22	1.90
86019--86154	70	1.9	70	88	5	204	36	11	29	22	1.89
86305--86637	100	3.3	99	82	3	344	34	10	31	23	1.89
86634--86769	64	2.1	63	83	4	175	41	16	22	19	1.90
86631--86873	30	7.8	30	75	11	148	37	16	22	23	1.93
86665--86880	30	6.8	33	77	9	180	37	15	22	24	1.92
86604--86873	127	2.1	125	79	6	274	37	14	22	24	1.92
86631--86880	63	4.0	63	79	5	245	38	15	22	23	1.92
91433--91586	70	2.2	70	89	2	229	35	11	25	27	1.91
93828--93902	20	3.8	20	94	3	125	41	16	10	32	1.82
96782--96934	69	2.2	69	84	2	209	36	13	20	29	1.91
98864--98908	17	2.6	17	79	6	56	26	0	4	68	1.08
99803--99885	18	4.2	19	76	20	73	63	1	2	32	1.15
99792--99891	15	7.1	15	70	17	63	63	1	3	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101161--101186	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
101923--101991	20	3.3	20	71	6	57	50	1	2	44	1.25
103428--103465	13	2.6	16	84	16	55	57	0	2	39	1.12
103972--104065	2	47.0	2	84	8	102	46	5	1	46	1.32
104159--104252	22	4.2	22	74	14	75	60	2	0	37	1.09
104142--104223	27	3.0	28	82	12	82	57	1	0	41	1.06
104172--104251	22	3.5	22	76	19	76	62	2	0	35	1.09
104248--104319	38	1.9	37	91	2	117	58	4	0	37	1.18
104489--104561	29	2.5	29	86	6	94	46	2	0	50	1.15
104494--104547	14	3.9	14	76	9	56	48	0	0	51	1.00
104489--104573	28	3.0	27	81	14	91	47	2	0	50	1.14
105619--105668	21	2.4	22	80	12	61	60	4	0	36	1.16
105946--106013	26	2.6	26	77	11	75	41	0	0	58	0.98
106003--106062	25	2.4	25	80	5	68	41	1	0	56	1.09
106035--106101	17	3.8	17	73	9	55	52	4	0	43	1.21
106163--106237	30	2.6	28	75	10	78	44	0	0	56	0.99
107252--107289	19	2.0	19	100	0	76	21	5	36	36	1.76
107485--107589	34	3.1	34	98	1	201	29	15	20	35	1.93
111481--111595	58	2.0	58	84	1	151	36	16	15	31	1.90
112262--112293	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112844--112881	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
113290--113420	41	3.2	41	82	2	147	42	13	16	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116038--116096	26	2.3	26	93	0	100	40	13	8	37	1.75
116972--117023	20	2.6	20	84	0	68	36	13	9	40	1.77
117541--117622	41	2.0	40	86	6	112	37	15	12	34	1.85
117545--117622	21	3.8	21	84	8	106	38	15	12	33	1.85
117658--117712	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
117732--117798	33	2.0	33	85	0	89	23	14	17	43	1.87
120201--120593	107	3.7	106	72	11	316	27	26	14	31	1.95
120143--120478	104	3.2	103	70	13	279	30	25	12	32	1.92
120143--120479	52	6.4	51	68	14	193	29	25	12	32	1.92
120463--120539	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
120141--120535	212	1.9	212	89	3	616	28	26	13	31	1.94
120493--120693	77	2.6	79	82	4	230	24	30	16	28	1.96
135071--135097	14	1.9	14	100	0	54	37	22	22	18	1.95
135360--135412	12	4.2	12	75	13	52	83	9	5	1	0.89

Tables:   1

The End!