genome.fa.s798.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold798
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93289

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15--184	51	3.3	51	85	4	202	34	12	24	28	1.92
118--689	78	7.4	79	87	5	825	32	14	25	27	1.94
118--689	233	2.5	234	88	4	860	32	14	25	27	1.94
1880--2167	35	8.3	35	93	3	478	18	31	5	44	1.73
3248--3333	27	3.1	27	64	15	68	26	20	26	25	1.99
3019--4363	116	11.7	116	91	3	2145	25	20	27	26	1.99
3936--4019	27	3.1	27	61	16	66	25	21	27	26	1.99
3938--4021	26	3.2	26	61	15	64	23	21	28	26	1.99
3019--4696	572	3.0	574	86	7	2232	25	19	27	26	1.99
4380--4573	54	3.4	53	76	14	192	25	19	26	28	1.99
4191--4698	210	2.4	209	94	0	890	25	19	29	25	1.99
4492--4667	94	1.9	95	90	3	284	24	19	30	25	1.98
4589--4711	54	2.3	54	90	4	185	20	22	28	28	1.99
7409--7449	2	20.5	2	84	0	55	58	0	0	41	0.98
8008--8050	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
9544--9579	17	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
9659--9696	19	2.1	18	90	5	58	55	0	0	44	0.99
9629--9757	58	2.1	60	79	13	140	52	0	1	45	1.10
9928--10571	297	2.2	293	91	2	1024	37	8	7	45	1.64
10333--10369	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
11508--11830	91	3.5	91	88	2	479	34	14	8	42	1.75
12298--12427	67	1.9	68	83	10	169	53	0	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12344--12420	40	2.0	39	82	10	95	53	1	0	45	1.08
12936--12989	22	2.4	22	87	3	72	29	1	5	62	1.28
12936--13012	23	3.3	23	80	8	75	32	2	3	61	1.28
13133--13158	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
13190--13257	21	3.1	22	76	13	61	39	0	1	58	1.07
13148--13361	112	1.9	115	89	5	339	43	1	1	53	1.20
13143--13378	111	2.1	109	85	9	325	45	1	1	51	1.19
13143--13395	112	2.3	109	83	9	307	45	1	1	51	1.20
13980--14034	20	2.7	20	76	21	60	54	1	0	43	1.10
14149--14189	22	1.9	22	85	5	57	43	2	9	43	1.50
19459--19497	21	1.9	21	89	5	62	66	0	0	33	0.92
19770--19888	20	6.3	19	71	21	81	48	3	1	46	1.28
19781--19877	43	2.2	43	81	5	106	47	4	2	46	1.33
19973--20026	14	3.9	14	79	11	58	44	1	1	51	1.22
19957--20108	21	7.1	22	65	21	65	45	4	0	49	1.27
20065--20103	18	2.1	19	90	4	62	46	5	0	48	1.24
20839--20863	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
23191--23242	24	2.2	24	83	13	63	57	3	15	23	1.54
23851--23899	24	2.0	24	84	7	64	53	0	2	44	1.12
23844--23933	9	10.1	9	76	15	62	55	0	2	42	1.12
23851--23930	36	2.2	36	82	10	94	56	0	1	42	1.07
24051--24079	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24079--24115	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
30718--30754	2	19.5	2	83	10	51	45	0	2	51	1.15
31194--31231	20	2.0	20	89	5	60	50	0	0	50	1.00
33968--34006	6	6.5	6	100	0	78	33	0	17	48	1.48
36132--36170	15	2.5	15	83	4	51	23	0	10	66	1.22
44376--44416	19	2.0	20	86	9	57	19	0	9	70	1.14
45481--45521	15	2.7	15	84	0	64	51	14	2	31	1.56
45801--45825	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
46086--46136	25	2.0	24	82	14	59	39	1	3	54	1.30
46390--46420	16	1.9	16	100	0	62	6	16	6	70	1.29
47992--48023	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
49826--49887	22	2.8	22	85	9	90	51	16	4	27	1.64
50182--50215	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
50878--50916	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
51212--51254	17	2.6	17	88	3	61	23	2	0	74	0.93
51229--51269	11	3.6	11	84	15	57	24	0	0	75	0.80
51216--51267	16	3.2	16	83	2	59	25	1	0	73	0.94
51210--51265	27	2.1	27	83	6	69	23	1	0	75	0.90
51578--51629	20	2.6	20	81	9	61	59	1	1	36	1.19
52516--52554	20	2.0	19	85	5	51	43	0	0	56	0.99
52704--52787	33	2.5	33	79	11	93	35	5	4	53	1.46
54202--54289	17	4.9	18	72	12	65	56	1	1	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54661--54716	20	2.7	19	77	17	58	42	0	0	57	0.99
54661--54716	22	2.6	22	80	8	62	42	0	0	57	0.99
56219--56264	3	15.3	3	95	0	83	30	0	0	69	0.89
57409--57488	19	4.5	18	70	14	58	62	0	0	37	0.95
57815--57938	16	7.6	16	66	22	55	57	0	1	41	1.08
57815--57942	36	3.4	36	73	15	102	57	0	1	40	1.08
57815--57946	10	13.8	10	65	20	50	58	0	1	40	1.07
58002--58066	16	4.2	16	75	7	64	35	0	3	61	1.12
58808--58861	27	2.1	24	83	10	63	57	0	0	42	0.98
58863--58900	13	3.0	13	84	7	51	34	0	0	65	0.93
58993--59050	17	3.2	17	77	13	62	36	1	1	60	1.17
59235--59399	15	10.6	16	68	21	68	43	0	0	56	0.99
59223--59401	20	9.1	19	66	23	70	43	0	0	56	0.99
59280--59375	32	2.9	33	78	7	106	39	0	0	60	0.97
59257--59375	60	1.9	66	81	13	153	41	0	0	58	0.98
59245--59395	48	3.2	48	73	14	118	43	0	0	56	0.99
59351--59401	2	28.5	2	76	21	51	45	0	0	54	0.99
59225--59378	84	1.9	83	81	10	190	42	0	0	57	0.98
59225--59391	82	2.0	83	80	9	189	42	0	0	57	0.98
66038--66080	19	2.3	18	84	8	50	37	2	0	60	1.10
66007--66089	16	4.7	18	73	20	68	40	1	0	57	1.06
66022--66127	41	2.7	38	79	7	95	39	1	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66068--66113	25	1.9	25	82	8	60	34	2	0	63	1.07
66584--66634	12	4.2	12	73	7	50	31	0	1	66	1.03
66583--66647	25	2.7	25	76	11	73	35	0	1	63	1.04
66566--66651	35	2.3	35	82	7	91	36	2	1	60	1.17
66583--66647	24	2.9	22	79	20	64	35	0	1	63	1.04
67236--67272	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
67749--67785	14	2.4	16	82	13	51	45	0	0	54	1.00
68153--68193	17	2.4	17	83	0	55	24	2	0	73	0.96
68116--68215	42	2.3	41	81	13	105	26	2	1	71	1.04
68401--68452	23	2.2	24	89	3	79	34	3	0	61	1.14
73778--73822	12	3.8	13	77	16	53	35	0	2	62	1.08
73863--73938	6	12.5	6	73	15	59	50	0	0	50	1.00
73854--73938	31	2.8	30	79	12	93	49	0	0	50	1.00
73861--73936	5	14.8	5	76	15	50	51	0	0	48	1.00
74007--74109	35	2.7	38	72	18	99	60	0	0	39	0.97
73991--74144	72	2.1	74	83	11	194	61	0	0	37	1.01
73994--74102	29	3.8	29	76	17	102	61	0	0	38	0.96
73994--74104	12	8.8	13	80	10	92	61	0	0	38	0.96
75086--75110	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
75598--75664	32	2.0	34	88	5	102	26	5	14	52	1.65
75912--75975	18	3.3	19	76	20	60	32	6	0	60	1.21
75937--75977	12	3.6	12	80	12	59	29	7	0	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75932--75978	22	2.2	22	92	3	78	27	6	0	65	1.16
75898--75962	27	2.3	26	80	17	69	32	4	0	63	1.15
76606--76640	13	2.8	12	83	8	52	28	0	0	71	0.86
76606--76652	24	1.9	25	83	12	62	36	0	0	63	0.94
77375--77399	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
78606--78648	21	2.0	23	86	9	63	34	2	0	62	1.08
78764--78804	17	2.4	17	88	8	57	75	2	4	17	1.08
79885--79953	22	3.1	22	76	14	70	52	0	0	47	1.00
79889--79958	23	3.0	24	72	17	67	54	0	0	45	0.99
80068--80097	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2