genome.fa.s826.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold826
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341534

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192--234	22	2.0	22	86	4	61	27	4	4	62	1.35
2785--2814	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
3113--3148	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
3378--3404	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
3780--3874	30	3.1	29	71	13	84	42	13	2	42	1.56
3958--3989	15	2.1	15	94	0	55	50	9	0	40	1.35
11032--11060	13	2.3	13	94	5	51	55	10	17	17	1.69
12472--12510	16	2.4	17	87	12	64	30	5	15	48	1.66
19113--19192	32	2.4	33	85	6	108	36	1	2	60	1.18
20353--20398	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
26465--26489	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
29255--29295	21	2.0	21	85	4	57	19	19	7	53	1.68
30684--31241	154	3.6	154	83	4	680	33	8	7	50	1.60
31317--31351	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
32171--32241	35	2.0	36	94	2	126	35	4	16	43	1.68
37513--37562	25	2.0	25	84	7	66	26	2	8	64	1.32
37664--37917	140	1.8	140	82	5	334	25	16	12	46	1.81
50442--50771	80	4.1	80	85	3	405	30	11	28	29	1.92
53215--53290	32	2.4	32	95	0	134	42	10	14	32	1.80
53741--53823	21	4.0	21	81	9	89	33	16	4	44	1.69
54548--54595	23	2.1	23	96	0	87	37	16	0	45	1.48
58272--58354	41	2.0	41	95	0	148	38	12	21	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58508--58555	16	3.0	16	76	11	53	50	10	2	37	1.49
61790--61990	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
62148--62189	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
62827--62869	22	2.0	22	90	0	68	30	16	25	27	1.97
63400--63431	11	2.9	11	95	0	55	21	15	0	62	1.32
63958--63989	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
67884--67911	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
67538--68045	277	1.8	277	94	0	901	40	6	10	42	1.64
68176--68217	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
72385--72439	29	1.9	30	82	10	71	41	0	1	56	1.10
78453--78478	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
79185--79228	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
81029--81067	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
83147--83177	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
84957--85001	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
87219--87244	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88200--88225	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88182--88246	34	2.0	32	87	6	94	44	15	13	26	1.84
96816--96866	20	2.5	20	87	6	68	35	17	15	31	1.92
96938--96963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
96920--96984	34	2.0	32	87	6	94	44	15	13	26	1.84
98644--98682	19	2.1	19	100	0	78	30	15	20	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100737--100791	24	2.3	24	90	0	92	40	25	10	23	1.87
102588--102645	27	2.1	27	81	6	64	39	10	5	44	1.61
102811--102882	27	2.6	28	89	6	103	37	6	6	48	1.57
102811--102892	27	3.0	26	83	13	94	36	7	7	48	1.59
102817--102882	28	2.4	28	87	7	91	36	7	4	51	1.51
103488--103554	12	5.5	12	76	15	57	80	0	14	4	0.86
103496--103554	19	3.2	19	81	13	70	81	0	16	1	0.78
104109--104163	27	2.0	28	82	10	69	25	10	3	60	1.47
105494--105529	18	2.0	18	94	0	63	22	2	25	50	1.63
107619--107645	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
107600--107663	33	2.0	32	87	3	92	31	15	14	39	1.87
107629--107686	19	3.1	18	78	11	71	36	15	17	31	1.91
111685--112084	201	2.0	201	97	0	764	39	12	19	29	1.87
116037--116102	24	2.8	24	66	0	69	45	3	24	27	1.68
116714--116785	20	3.7	20	81	10	78	29	13	16	40	1.87
116831--116883	13	4.5	13	69	26	55	33	13	15	37	1.86
116818--116882	33	2.0	33	90	6	105	33	13	15	36	1.87
116851--117025	72	2.4	72	98	0	332	35	13	14	36	1.86
122394--122439	19	2.5	19	79	10	51	82	4	8	4	0.93
122668--122713	22	2.1	22	100	0	92	36	8	17	36	1.81
128625--128649	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128602--128669	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128723--128772	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
131018--131058	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
131192--131228	13	2.8	13	95	0	65	37	16	16	29	1.90
137019--137043	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
136996--137063	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
146619--146743	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
146619--146763	52	2.8	52	89	4	204	30	17	17	34	1.93
146749--146776	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
146817--146883	33	2.0	33	85	0	89	40	13	11	34	1.81
158611--158677	20	3.2	20	68	15	55	46	10	7	35	1.66
158619--158680	20	3.0	20	77	13	72	41	9	8	40	1.67
160884--160914	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
163020--163505	103	4.7	103	83	4	509	37	16	22	23	1.94
163170--163454	52	5.5	52	72	5	229	34	17	24	23	1.96
163018--163520	207	2.4	204	81	5	571	37	16	22	23	1.94
163659--163863	60	3.3	61	75	12	193	36	12	28	21	1.91
163680--164844	34	36.0	34	70	16	357	38	11	29	21	1.88
163727--163905	94	1.9	94	88	0	268	39	11	27	21	1.87
163638--163926	128	2.3	129	79	8	299	37	12	29	21	1.89
163860--164104	129	1.9	129	84	3	332	39	12	27	20	1.88
163680--164123	162	2.7	162	82	5	490	39	12	27	20	1.88
164193--164467	130	2.1	128	81	9	310	36	9	30	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164354--164526	61	2.8	62	84	4	226	37	9	29	23	1.86
164435--164494	27	2.2	27	85	5	77	36	11	30	21	1.89
164575--164647	27	2.7	27	82	0	83	35	10	28	24	1.90
164626--164741	61	1.9	61	85	1	162	37	12	27	22	1.89
164295--164871	215	2.6	219	80	9	611	37	10	29	22	1.88
164686--164844	67	2.3	68	84	4	214	38	11	29	20	1.88
164812--164873	27	2.3	27	94	0	106	35	12	30	20	1.91
164812--164887	27	2.8	27	89	0	98	32	13	31	22	1.92
164901--164982	29	2.7	30	81	3	85	31	14	31	21	1.94
166235--166285	12	4.4	12	77	22	56	1	1	11	84	0.79
166235--166319	40	2.2	36	78	19	84	3	2	12	81	0.92
166235--166317	11	7.5	11	73	9	62	3	2	12	81	0.91
166246--166325	42	1.9	42	85	10	110	3	3	12	80	0.99
168861--168887	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
169828--169898	37	1.9	37	97	0	133	33	7	11	47	1.66
175896--176169	147	1.9	147	97	0	521	31	15	22	30	1.95
187704--187761	29	2.0	30	89	3	91	32	1	18	46	1.60
192145--192243	38	2.6	38	96	0	180	32	2	19	46	1.61
194496--194528	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
198465--198494	15	2.0	15	93	0	51	63	6	0	30	1.20
198596--198633	16	2.5	15	84	16	51	28	0	0	71	0.87
198590--198659	22	3.4	21	79	14	76	32	0	1	65	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198980--199018	16	2.5	15	84	12	51	48	0	0	51	1.00
198982--199021	17	2.4	17	87	8	55	47	0	0	52	1.00
199328--199372	23	2.0	23	86	4	65	62	0	0	37	0.96
199373--199420	20	2.5	20	83	6	64	47	0	0	52	1.00
202871--202898	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
203679--203884	52	4.0	51	74	8	143	34	15	24	25	1.94
203796--203930	43	3.0	44	80	7	155	31	14	25	28	1.95
203948--204443	28	17.6	28	80	7	447	20	17	29	31	1.96
203989--204437	56	8.0	55	83	7	501	21	18	29	31	1.97
203974--204443	84	5.6	84	86	4	542	20	17	29	31	1.96

Tables:   1   2