genome.fa.s861.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold861
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  143541

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978--1004	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
5137--5257	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
5137--5277	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
5266--5290	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5355--5379	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5333--5399	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
7013--7044	14	2.3	14	100	0	64	50	15	21	12	1.77
9564--9589	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
12214--12254	20	2.0	20	90	0	64	39	21	12	26	1.89
12276--12328	21	2.6	21	84	3	72	39	15	15	30	1.87
12388--12413	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12370--12433	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
14164--14193	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
16542--16764	79	2.8	79	82	2	277	29	24	13	32	1.94
16702--16819	51	2.3	51	85	2	166	29	27	12	30	1.93
16803--16875	28	2.6	27	85	8	94	27	31	15	26	1.95
16673--17004	158	2.1	158	82	5	395	28	27	13	30	1.95
16861--16976	51	2.3	50	83	5	135	27	30	13	28	1.94
16909--17082	78	2.2	78	82	5	199	27	27	14	30	1.95
17068--17179	51	2.2	51	88	0	170	30	26	10	32	1.90
19152--19206	27	2.0	27	100	0	110	21	14	18	45	1.85
20956--21025	28	2.5	28	84	9	90	28	32	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20875--21076	107	1.9	107	90	2	325	28	27	14	30	1.95
21011--21127	51	2.3	50	83	5	137	27	29	14	28	1.95
21059--21232	78	2.2	78	84	5	217	26	27	16	30	1.96
21106--21284	78	2.3	79	85	2	236	29	25	12	32	1.93
21218--21329	51	2.2	51	88	0	170	30	26	10	32	1.90
23175--23254	26	3.2	25	78	7	72	45	1	1	52	1.16
23252--23289	19	2.1	19	90	5	60	55	5	0	39	1.23
23514--23550	18	2.1	18	90	10	58	59	0	5	35	1.20
25981--26019	14	2.9	14	92	3	62	74	0	2	23	0.94
26092--26134	6	7.3	6	89	7	54	48	0	2	48	1.14
26158--26265	49	2.2	48	80	16	109	49	0	0	50	1.07
26213--26274	21	2.9	21	75	15	56	51	1	0	46	1.10
26235--26303	27	2.7	24	74	22	61	49	1	0	49	1.09
26925--26968	18	2.6	16	80	13	52	45	0	0	54	0.99
27296--27348	19	2.7	19	77	13	54	33	1	3	60	1.26
27773--27812	2	19.5	2	94	5	71	47	0	2	50	1.14
28058--28089	17	1.9	17	93	6	57	21	0	3	75	0.95
28160--28210	18	3.0	16	76	20	50	60	0	0	39	0.97
30211--30573	81	4.5	78	78	10	349	33	10	26	30	1.89
30212--30573	160	2.2	160	82	7	430	33	10	26	30	1.89
32909--33046	51	2.7	51	81	8	165	41	13	15	29	1.85
34530--34559	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36790--37233	79	5.6	79	80	4	425	29	24	14	32	1.94
36789--37238	158	2.9	157	79	3	492	28	24	14	32	1.94
39982--40320	79	4.3	78	76	9	285	34	13	24	26	1.93
39981--40320	157	2.2	159	78	6	365	34	13	24	26	1.93
40276--40346	28	2.5	28	90	0	106	32	21	25	21	1.98
40199--40427	107	2.2	106	82	4	264	33	14	24	27	1.94
40305--40487	79	2.3	79	87	1	260	33	13	25	27	1.94
42894--42935	13	3.3	13	93	6	77	40	19	9	30	1.83
42894--42965	20	3.3	20	84	9	72	44	13	11	30	1.79
43083--43377	43	6.3	43	79	13	293	30	17	27	24	1.97
43094--43372	49	5.9	49	83	9	339	30	18	27	24	1.98
43083--43377	92	3.2	94	83	11	376	30	17	27	24	1.97
43093--43372	144	1.9	144	95	0	506	30	18	27	23	1.97
43372--43441	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
43446--44044	34	17.8	34	81	11	616	31	12	35	20	1.90
43426--44044	71	9.2	67	82	11	548	31	12	35	20	1.90
43446--44079	105	6.3	102	83	9	622	32	12	34	20	1.90
43555--43608	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
45015--45052	16	2.4	16	100	0	76	5	10	5	78	1.06
49088--49130	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
62214--62309	20	4.8	20	74	8	88	35	10	17	36	1.84
64356--64493	52	2.7	51	78	4	154	44	13	12	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64529--64582	20	2.6	21	79	5	65	35	14	11	38	1.82
64549--64602	20	2.6	21	88	2	74	29	16	14	38	1.89
67567--67654	44	2.0	44	100	0	176	43	13	4	38	1.65
67578--67672	44	2.2	43	84	7	120	47	10	3	38	1.54
68785--68816	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
70136--70191	20	2.7	20	86	5	67	32	14	10	42	1.80
72585--73029	79	5.6	78	78	9	436	26	23	13	36	1.91
72585--73029	161	2.8	157	80	9	467	26	23	13	36	1.91
72886--73129	130	1.9	130	83	3	321	26	23	12	38	1.90
74108--74141	17	1.9	18	88	5	52	20	20	2	55	1.56
78217--78282	30	2.2	31	83	2	80	24	7	3	65	1.33
80665--80757	20	4.6	20	77	10	91	38	15	16	30	1.89
80703--80778	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
80685--80778	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
80685--80758	20	3.7	20	80	3	94	36	13	18	31	1.90
83056--83100	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
87025--87060	13	2.8	13	95	0	63	36	19	13	30	1.91
89494--89586	20	4.6	20	77	10	91	38	15	16	30	1.89
89532--89607	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
89514--89607	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
89514--89587	20	3.7	20	80	3	94	36	13	18	31	1.90
89646--89671	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90490--90560	32	2.2	31	82	5	88	52	1	0	46	1.09
90794--90846	2	26.5	2	96	0	97	47	0	0	52	1.00
90973--91012	21	1.9	21	94	0	71	35	2	10	52	1.48
91859--91910	23	2.4	21	78	12	52	53	9	5	30	1.57
95041--95124	19	4.7	19	74	18	90	35	10	16	36	1.84
95062--95126	32	2.0	32	93	0	112	35	10	16	36	1.84
95167--95191	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
102968--103088	52	2.3	52	94	0	215	28	18	19	34	1.95
102968--103108	52	2.7	52	85	4	187	29	18	19	33	1.95
103097--103121	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
103187--103211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103165--103231	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
107795--107876	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
107859--108029	51	3.3	51	77	4	189	33	11	25	29	1.91
108012--108087	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
110530--110585	20	2.8	20	83	0	76	44	14	14	26	1.83
110604--110671	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
110626--110650	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110607--110669	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
116812--116899	15	6.0	14	77	17	72	84	12	2	1	0.78
116826--116890	8	8.2	8	81	11	73	84	13	0	1	0.69
116836--116893	6	9.3	6	81	9	55	82	15	0	1	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116808--116884	31	2.5	31	80	14	88	85	9	2	2	0.78
116808--116890	20	4.1	19	77	17	69	84	10	2	2	0.81
116827--116872	7	6.6	7	87	7	67	86	13	0	0	0.56
116826--116899	11	6.6	11	76	16	64	83	14	0	1	0.71
116812--116884	1	73.0	1	75	0	56	86	9	2	1	0.73
118336--118540	29	7.1	29	82	6	227	31	29	15	23	1.95
118340--118511	29	5.9	29	86	4	229	30	30	16	23	1.96
118340--118511	59	2.9	58	92	2	281	30	30	16	23	1.96
118545--118702	34	4.6	34	89	3	194	19	32	13	33	1.91
118697--118958	49	5.3	49	88	0	371	25	26	16	31	1.96

Tables:   1   2