genome.fa.s872.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold872
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251851

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887--959	31	2.3	31	83	4	92	20	10	23	45	1.83
871--946	16	4.8	16	69	15	59	18	10	25	46	1.81
1446--1484	15	2.5	16	83	4	53	58	10	5	25	1.51
1784--1809	10	2.6	10	100	0	52	57	0	0	42	0.98
1856--1886	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
1850--1887	14	2.7	14	80	15	51	52	0	0	47	1.00
2329--2369	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
4247--4272	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
4692--4737	23	2.0	23	86	0	65	50	0	2	47	1.13
7176--7206	15	2.0	16	93	6	55	32	25	0	41	1.56
8083--8286	58	3.5	58	73	7	182	44	15	10	29	1.80
9591--10829	617	2.0	617	89	1	1874	36	12	13	37	1.83
11386--11438	19	2.7	20	82	2	72	28	16	16	37	1.91
13103--13143	3	13.7	3	84	0	55	41	0	31	26	1.56
16181--16210	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
16255--16310	19	2.9	19	91	2	94	35	14	19	30	1.91
16295--16321	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
23309--23339	15	2.1	15	93	0	53	29	25	0	45	1.54
25006--25137	19	6.8	20	90	4	216	36	13	19	30	1.91
25006--25156	78	1.9	78	92	5	252	37	13	18	29	1.90
25006--25137	39	3.4	39	100	0	264	36	13	19	30	1.91
25006--25175	59	2.9	59	84	5	166	36	14	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26306--26537	79	2.9	79	94	0	392	34	15	23	26	1.94
26462--26587	51	2.5	50	92	5	211	37	13	21	27	1.91
26390--26666	129	2.1	130	91	0	448	32	14	24	27	1.94
26311--26745	208	2.1	209	93	1	739	33	14	24	27	1.94
26520--27024	79	6.4	79	93	1	852	32	14	25	26	1.95
26306--26824	287	1.8	287	94	0	932	34	14	24	27	1.94
27946--28020	18	4.1	18	71	10	62	8	20	37	34	1.82
27971--28069	43	2.2	43	85	7	126	8	17	37	37	1.79
28574--28736	50	3.3	50	89	1	265	15	27	14	42	1.86
28859--28885	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
31424--31458	13	2.7	13	86	0	52	31	22	14	31	1.94
33944--34008	32	2.0	32	85	8	87	30	13	15	40	1.86
34104--34158	20	2.8	20	88	0	92	38	10	21	29	1.88
35929--35958	14	2.1	14	93	0	51	46	6	23	23	1.75
38548--38572	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
38549--38590	11	3.9	11	84	3	50	76	0	2	21	0.90
38547--38618	6	12.7	6	86	2	53	63	0	6	29	1.20
38576--38618	18	2.4	18	84	7	61	55	0	9	34	1.32
39727--39756	15	2.0	15	93	0	51	26	0	3	70	1.03
44305--44802	153	3.2	153	76	6	395	26	12	19	42	1.86
45052--45100	25	2.0	25	100	0	98	36	12	18	32	1.88
54386--54650	97	2.7	97	87	2	354	37	9	24	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57142--57196	20	2.7	21	80	2	67	30	16	10	41	1.83
57866--58215	52	6.8	53	77	7	272	36	15	23	25	1.93
57919--58215	155	1.9	155	83	4	384	35	15	23	25	1.94
58283--58376	32	2.9	34	83	7	117	26	20	26	26	1.99
58283--58395	34	3.5	31	77	9	91	28	20	24	26	1.99
58400--58461	31	2.1	29	85	11	81	32	19	24	24	1.98
59050--59101	14	3.7	14	89	0	68	32	5	30	30	1.81
59046--59101	28	2.0	27	86	3	76	32	5	30	32	1.80
59806--59862	25	2.1	29	84	12	77	73	3	1	21	1.07
59783--59864	42	2.0	42	83	7	105	70	2	3	23	1.15
60410--60663	82	3.1	82	87	2	359	27	35	20	16	1.95
73187--73254	19	3.9	19	78	21	85	33	11	14	39	1.83
73188--73252	32	2.0	32	96	0	121	32	12	15	40	1.84
73207--73233	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
73294--73319	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73274--73340	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
75644--75847	79	2.6	78	83	2	248	24	29	17	28	1.97
79569--79702	20	6.8	20	83	6	105	40	11	18	29	1.85
79589--79701	40	2.8	40	85	6	149	41	11	19	27	1.86
80431--80510	38	2.1	38	88	0	115	48	13	20	17	1.80
80558--80796	61	4.0	61	85	8	298	26	20	27	25	1.99
80683--80983	149	2.0	154	84	5	407	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80634--81166	210	2.5	208	90	4	831	26	19	28	25	1.99
80839--81037	54	3.5	55	80	7	186	26	19	26	27	1.99
81040--81198	61	2.6	61	83	5	196	32	18	26	23	1.97
82180--82261	1	82.0	1	79	0	83	0	2	8	89	0.58
82163--82259	9	10.2	9	80	17	81	1	6	7	85	0.78
82181--82261	28	3.0	26	84	12	108	0	2	8	88	0.59
85735--85798	2	34.0	2	81	12	64	46	4	1	46	1.33
87028--87112	16	5.3	16	69	14	50	57	0	1	41	1.06
87034--87101	16	3.9	16	74	20	57	52	0	1	45	1.09
87047--87102	20	3.0	19	80	15	64	53	0	1	44	1.11
87121--87154	18	1.9	17	88	5	50	58	2	0	38	1.13
87311--87381	16	4.5	16	79	8	65	56	14	1	28	1.47
87866--87935	29	2.6	26	79	14	79	51	0	0	48	1.00
88554--88600	19	2.5	20	75	10	53	36	4	2	57	1.30
88721--88745	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
93879--93925	18	2.5	19	83	13	62	57	0	0	42	0.98
95943--95976	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
97924--98071	73	2.0	73	88	0	215	42	7	9	40	1.65
98905--98929	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
103523--103600	13	5.8	13	69	19	52	43	1	5	50	1.32
104139--104221	26	3.1	27	76	16	91	61	1	1	36	1.12
104203--104248	22	2.0	24	87	8	69	41	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104531--104565	18	1.9	18	88	11	54	0	57	14	28	1.38
105520--105576	30	1.9	29	82	10	71	43	1	1	52	1.21
106344--106393	13	3.8	13	77	15	57	46	0	0	54	1.00
106500--106533	15	2.5	13	90	9	50	70	0	0	29	0.87
106805--106879	27	2.7	27	72	4	69	62	2	6	28	1.34
106866--106946	42	1.9	43	89	2	128	58	12	8	20	1.61
110486--110538	18	2.9	19	80	5	65	62	7	5	24	1.44
110486--110529	19	2.4	18	84	3	61	65	6	4	22	1.35
115794--116030	97	2.5	97	79	3	264	29	21	10	38	1.87
118050--118131	40	2.0	40	85	0	110	40	1	25	32	1.64
118296--118462	33	5.0	32	73	15	126	56	1	2	38	1.23
118384--118469	35	2.4	36	78	11	86	58	2	1	38	1.19
119244--119291	21	2.3	20	82	3	51	47	2	4	45	1.33
120256--120297	20	2.0	20	86	13	57	71	2	9	16	1.23
120270--120309	20	2.0	20	85	5	53	75	2	10	12	1.15
120615--120655	2	20.0	2	85	5	55	48	4	2	43	1.37
120615--120654	10	3.9	10	93	3	62	50	5	2	42	1.37
125717--125759	9	4.5	10	80	11	54	30	0	2	67	1.03
132141--132181	22	1.9	21	85	5	55	41	0	14	43	1.45
132414--132449	16	2.2	16	90	0	54	16	2	5	75	1.12
133058--133290	117	2.0	117	93	0	394	35	24	20	20	1.96
135200--135456	96	2.7	96	91	4	434	45	4	7	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139647--139686	20	2.0	21	85	5	55	32	5	0	62	1.17
142613--142652	22	1.9	21	85	10	55	40	2	5	52	1.37
143024--143064	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
143365--143401	18	2.1	18	89	0	56	72	0	0	27	0.84
143378--143471	48	2.0	45	80	13	102	59	1	0	39	1.04
149524--149551	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
150303--150334	16	2.0	16	93	0	55	40	6	18	34	1.76
151724--151806	36	2.4	37	82	11	104	51	0	2	45	1.14
151748--151820	36	2.0	38	86	10	107	52	0	1	46	1.09
151720--151793	30	2.3	33	77	6	82	55	0	1	43	1.08

Tables:   1   2