genome.fa.s872.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold872
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251851

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 222 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151779--151849	27	2.8	24	83	10	88	46	0	2	50	1.16
154804--154859	22	2.6	21	75	10	60	66	3	1	28	1.19
157124--157186	25	2.6	24	80	5	63	46	9	3	41	1.52
157790--157850	22	2.6	25	82	7	65	47	11	3	37	1.56
156956--158284	667	2.0	663	93	3	2277	38	14	10	36	1.81
160490--160530	3	13.7	3	100	0	82	34	0	31	34	1.58
160529--160553	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
161822--161854	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
161924--161960	14	2.6	14	91	0	56	29	8	16	45	1.76
163873--163898	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
164244--164286	21	2.0	22	86	4	61	39	0	0	60	0.97
164625--164664	2	20.5	2	84	5	55	47	2	2	47	1.29
165819--165862	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
166340--166413	35	2.1	35	85	5	96	52	12	14	20	1.73
167008--167055	23	2.2	22	81	7	53	45	2	6	45	1.40
167560--167787	120	1.9	115	85	6	314	44	14	9	32	1.77
170187--170227	19	2.2	18	91	4	64	21	0	4	73	1.02
170196--170246	23	2.2	23	82	6	59	21	3	5	68	1.27
171930--171975	23	2.0	23	86	0	65	45	0	2	52	1.13
171930--171981	23	2.2	23	82	6	59	46	0	1	51	1.12
172210--172255	17	2.6	17	82	6	56	56	2	2	39	1.24
173626--173651	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175584--175616	3	11.3	3	87	6	50	36	0	0	63	0.95
175660--175701	16	2.7	16	85	10	52	26	2	2	69	1.13
177519--177566	20	2.4	19	80	13	53	20	2	6	70	1.19
177875--177916	19	2.2	20	86	4	59	33	0	0	66	0.92
178248--178287	3	14.0	3	89	10	66	35	0	0	65	0.93
178432--178469	15	2.4	16	86	4	51	31	0	7	60	1.25
180972--181027	23	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
181940--182014	20	3.8	20	76	0	69	40	12	12	36	1.79
181937--182014	40	2.0	39	84	2	102	39	12	11	35	1.80
182625--183732	86	12.9	84	86	5	1420	22	17	32	27	1.97
182579--183726	28	39.9	29	85	6	1382	22	18	31	27	1.97
182579--183726	229	5.0	228	86	5	1474	22	18	31	27	1.97
184948--184996	10	4.8	10	84	2	53	2	4	12	81	0.91
197772--197826	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
198739--198810	20	3.6	19	75	7	72	40	9	13	36	1.78
198736--198813	40	2.0	39	89	2	120	39	11	12	35	1.80
201239--201274	18	1.9	19	88	5	56	30	2	5	61	1.33
206098--206133	11	3.3	11	88	11	56	44	0	0	55	0.99
206097--206129	11	2.8	12	90	9	59	48	0	0	51	1.00
207161--207243	23	3.5	23	85	9	114	42	0	1	56	1.07
207195--207238	11	3.9	11	79	5	52	36	0	0	63	0.95
207221--207253	16	2.1	16	94	5	59	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207366--207412	19	2.3	20	85	7	60	34	0	0	65	0.93
207366--207465	20	5.1	20	70	19	68	31	0	4	65	1.11
207962--208004	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
210623--210662	15	2.7	15	88	7	55	77	2	0	20	0.88
211164--211193	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
211215--211245	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
217722--217770	14	3.5	14	82	0	62	28	0	0	71	0.86
218228--218266	20	2.0	20	89	0	60	48	7	12	30	1.69
219300--219525	79	2.8	80	78	9	248	32	14	25	27	1.94
219460--219630	51	3.4	51	91	3	256	29	15	25	29	1.96
219383--219710	181	1.8	182	86	4	475	32	15	24	28	1.95
219562--219723	80	2.0	79	84	5	211	33	16	24	25	1.96
219617--219814	105	1.9	108	81	7	244	34	16	22	26	1.95
219755--219918	51	3.2	51	80	2	150	35	12	20	30	1.90
222274--222303	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
228413--228469	30	1.9	29	82	3	69	57	0	1	40	1.09
229744--229782	17	2.3	17	86	0	51	48	0	0	51	1.00
230608--230652	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
231565--231623	11	5.1	11	75	18	57	66	1	3	28	1.18
231637--231692	14	3.4	16	73	26	62	55	0	1	42	1.10
232245--232283	20	2.0	20	90	5	62	64	0	0	35	0.94
232699--232757	5	11.8	5	77	13	50	66	1	0	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232707--232757	20	2.5	20	79	17	61	64	1	0	33	1.05
232680--232757	41	1.9	40	84	7	104	66	1	0	32	1.00
232700--232761	23	2.7	23	80	16	74	64	1	0	33	1.03
232743--232799	24	2.4	25	77	19	59	57	0	0	42	0.98
232741--232803	32	1.9	33	90	3	101	55	0	0	44	0.99
232807--232848	20	2.0	21	86	4	59	59	0	0	40	0.97
232816--232873	28	2.0	29	87	9	84	60	0	0	39	0.97
232768--232874	17	6.5	17	68	17	57	56	0	0	43	0.99
232826--232874	19	2.9	17	82	11	57	61	0	0	38	0.96
232958--232988	7	4.3	7	95	4	53	54	0	0	45	0.99
232958--232994	14	2.5	15	86	8	58	56	0	0	43	0.99
233391--233458	21	3.3	22	73	19	58	48	0	0	51	1.00
233408--233493	19	4.5	20	72	22	78	47	0	0	52	1.00
233421--233493	16	4.3	16	68	23	51	46	0	0	53	1.00
233398--233474	40	2.1	37	88	11	113	46	0	0	53	1.00
234576--234612	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
234609--234669	27	2.2	28	82	2	70	54	0	0	45	1.00
234832--234886	10	5.6	10	82	4	67	38	1	1	58	1.20
234831--234886	29	1.9	29	85	0	76	39	1	1	57	1.20
234849--234886	19	2.0	20	94	5	69	42	2	0	55	1.14
234849--234897	19	2.5	19	86	3	53	40	4	2	53	1.32
234913--234959	20	2.4	20	82	3	60	21	2	4	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235036--235075	15	2.7	15	85	11	55	52	0	0	47	1.00
236825--237110	146	2.0	142	88	4	421	25	12	30	30	1.93
237528--237674	71	2.1	71	92	0	240	48	11	8	31	1.70
238511--238549	20	2.0	20	85	10	53	23	10	17	48	1.78
242449--242505	20	2.8	20	82	10	80	26	15	14	43	1.85
244803--244929	51	2.5	51	80	3	141	29	22	10	37	1.87
244917--244990	28	2.6	29	77	12	91	22	32	20	24	1.98
244895--245144	107	2.3	107	81	0	311	29	23	14	32	1.94
245083--245199	51	2.3	51	86	2	164	30	28	9	31	1.88
245082--245329	130	1.9	130	83	1	318	28	27	12	32	1.92
245213--245321	51	2.1	51	89	0	164	27	26	12	33	1.93
250029--250071	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
251440--251530	27	3.5	26	81	8	105	24	7	21	46	1.78
251592--251636	13	3.5	13	81	6	56	15	42	6	35	1.73

Tables:   1   2

The End!