genome.fa.s877.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold877
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  219531

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2081--2152	28	2.6	27	86	8	92	23	18	34	23	1.96
2140--2364	52	4.3	51	76	5	207	32	11	24	31	1.90
2347--2422	27	2.8	27	86	6	100	22	19	32	25	1.97
2406--2528	51	2.3	53	82	6	135	32	10	23	33	1.89
4900--4925	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4879--4945	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
4965--5032	19	3.9	18	75	23	74	39	14	10	35	1.80
4987--5011	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
4968--5030	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
9805--9854	22	2.3	22	92	0	82	52	26	16	6	1.66
9949--9986	17	2.2	17	86	9	51	50	31	15	2	1.58
10045--10086	20	2.2	20	86	4	59	35	33	19	11	1.88
11570--12294	155	4.7	155	79	5	597	23	16	19	39	1.92
12705--12744	21	1.9	21	84	0	53	45	22	12	20	1.84
18333--18438	30	3.5	31	70	20	98	51	0	14	33	1.48
21220--21255	18	1.9	19	88	5	56	80	0	2	16	0.83
22025--22067	13	3.2	13	80	3	50	34	0	2	62	1.08
23125--23178	28	1.9	27	82	14	65	40	0	3	55	1.17
23130--23200	27	2.5	28	76	17	67	38	0	1	60	1.06
28056--28085	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
45463--45496	16	2.2	16	94	5	61	79	2	11	5	1.02
46836--47355	27	19.1	27	85	6	597	24	30	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46836--47481	109	5.9	109	84	3	674	26	30	14	28	1.95
46836--47355	136	3.8	136	83	3	620	24	30	14	30	1.95
47291--48123	28	28.3	28	83	5	531	30	28	18	22	1.97
47524--47912	32	12.4	32	86	2	452	31	29	19	20	1.97
47411--47912	96	5.5	95	83	5	560	31	29	18	21	1.97
48208--48379	94	1.8	94	93	2	301	21	27	17	33	1.96
48211--48410	94	2.1	94	87	3	287	22	28	17	32	1.96
48199--48397	45	4.2	49	82	7	243	20	28	18	32	1.96
48863--48888	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
48926--48980	20	2.8	20	91	0	92	30	14	12	41	1.83
51271--51507	51	4.6	51	81	6	266	30	25	10	33	1.90
51271--51506	102	2.3	103	86	3	316	30	25	10	33	1.90
51487--51562	27	2.8	28	83	2	91	25	32	21	21	1.97
51514--52125	79	7.7	79	90	0	918	26	25	15	32	1.96
53425--53509	20	4.2	20	83	5	118	30	20	11	37	1.88
54277--54315	20	1.9	21	84	5	53	20	10	10	58	1.59
59722--59785	13	4.1	15	74	20	60	50	9	1	39	1.44
61237--61287	25	2.1	24	82	10	59	52	0	0	47	1.00
61426--61507	39	2.1	37	82	10	94	37	1	2	58	1.19
61500--61533	15	2.2	16	89	5	52	20	5	5	67	1.33
63578--63607	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
63835--63867	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64380--64462	33	2.5	34	76	19	86	49	2	2	45	1.28
64444--64493	20	2.5	20	83	0	64	60	0	2	38	1.09
65049--65107	25	2.4	24	83	11	66	33	1	5	59	1.29
67350--67408	25	2.4	25	83	8	68	33	1	1	62	1.15
67378--67443	24	2.9	24	77	6	66	34	1	3	60	1.21
69018--69063	20	2.2	21	88	3	67	39	8	17	34	1.80
72818--72900	24	3.3	24	79	9	94	56	2	9	31	1.44
72834--72891	27	2.1	27	93	0	98	60	0	8	31	1.27
76761--76796	18	2.1	18	89	5	56	16	5	19	58	1.58
84282--84342	25	2.4	25	97	0	113	59	16	6	18	1.58
85871--85929	15	4.1	15	73	8	50	67	1	30	0	1.00
86000--86055	16	3.5	17	72	22	59	44	0	0	55	0.99
86000--86053	15	3.7	15	79	18	60	44	0	0	55	0.99
86340--86505	71	2.4	68	90	6	214	31	9	7	51	1.60
86361--86506	71	2.1	70	96	2	274	31	9	8	50	1.64
86873--86926	28	1.9	28	85	7	74	44	3	1	50	1.30
87145--87180	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
92837--92927	32	2.8	32	93	0	155	28	24	8	38	1.85
96836--96885	2	24.5	2	87	4	73	44	2	2	52	1.24
98583--98653	32	2.2	33	82	7	83	36	2	1	59	1.21
99417--99494	32	2.4	32	84	0	111	44	3	3	47	1.39
99434--99485	16	3.2	16	73	10	61	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99884--99917	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
109037--109062	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
109709--109740	14	2.2	15	94	5	57	37	0	0	62	0.95
111125--111202	39	2.0	39	97	0	147	48	24	2	24	1.63
115530--115561	14	2.3	14	100	0	64	53	0	21	25	1.46
116491--116727	120	2.0	120	85	6	320	27	17	8	47	1.76
120308--120335	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
120288--120353	33	2.0	33	84	0	87	28	13	13	43	1.82
124909--124940	14	2.3	14	100	0	64	53	0	21	25	1.46
125867--126103	121	2.0	119	85	1	321	27	16	9	47	1.76
132545--132587	15	2.8	15	86	13	61	25	0	2	72	0.97
133265--133331	22	2.9	23	78	13	66	61	0	1	37	1.05
133786--133847	5	12.6	5	73	21	51	61	0	0	38	0.96
133787--133851	11	5.5	11	78	14	67	61	0	0	38	0.96
133800--133900	8	11.9	8	68	18	53	60	0	0	38	1.04
133812--133900	19	4.7	19	75	15	78	60	0	1	38	1.04
133833--133901	27	2.6	28	77	13	65	57	0	1	40	1.07
134378--134429	18	2.8	21	78	21	62	48	0	0	51	1.00
134376--134486	29	3.8	28	78	14	91	44	0	0	55	0.99
134379--134486	43	2.5	45	73	11	116	45	0	0	54	0.99
135057--135087	15	2.0	16	93	6	55	48	0	6	45	1.28
135108--135151	21	2.1	21	91	0	70	38	0	13	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135636--135668	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
136334--136374	2	20.5	2	89	0	64	0	46	4	48	1.23
143642--143669	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
143874--143929	3	18.7	3	92	0	94	33	3	0	62	1.12
153038--153089	21	2.4	22	90	6	79	73	3	11	11	1.23
153036--153091	22	2.6	21	86	8	76	73	3	12	10	1.22
155724--156176	166	2.8	163	81	5	441	30	10	8	51	1.65
155871--156222	164	2.1	164	83	4	433	31	9	8	51	1.63
156910--157336	166	2.6	162	79	8	427	30	10	8	50	1.66
157057--157431	164	2.3	161	76	10	359	32	9	7	50	1.63
158064--158103	21	1.9	21	85	10	55	20	10	15	55	1.68
158684--159054	148	2.5	149	78	4	385	23	16	18	40	1.90
165762--165845	32	2.7	32	85	5	100	27	9	11	51	1.69
169213--169248	18	1.9	19	88	5	56	52	5	5	36	1.48
173658--173702	22	2.0	22	95	0	81	44	2	13	40	1.56
175531--175578	2	24.0	2	95	0	87	47	0	0	52	1.00
175754--175904	6	22.8	6	68	23	65	58	1	0	39	1.09
175740--175807	32	2.1	32	83	5	84	60	1	0	38	1.06
175720--175850	25	5.0	26	69	15	83	61	0	0	36	1.07
175759--175844	45	1.9	44	90	2	136	61	0	0	38	0.96
175720--175879	77	2.0	79	91	3	261	61	1	0	36	1.09
175798--175880	32	2.5	32	81	11	105	61	1	0	37	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175758--175903	27	5.5	26	71	18	90	58	2	0	39	1.09
179746--179786	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
183196--183230	17	2.0	18	88	5	54	71	2	0	25	1.00
185246--185275	12	2.5	12	94	0	51	36	16	13	33	1.88
186783--186818	9	4.2	8	89	10	54	72	0	0	27	0.85
186783--186818	17	2.1	17	90	10	56	72	0	0	27	0.85
186754--186823	15	4.6	15	70	19	56	67	1	1	30	1.08
187973--187999	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
188602--188656	25	2.2	25	80	9	58	20	5	14	60	1.54
190218--190276	30	1.9	29	86	10	82	25	8	10	55	1.61

Tables:   1   2