genome.fa.s958.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold958
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  296074

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11622--11682	1	61.0	1	73	0	50	86	11	1	0	0.63
11622--11682	13	4.5	13	82	8	70	86	11	1	0	0.63
11622--11681	9	6.7	9	83	9	61	86	11	1	0	0.64
12641--14096	55	25.3	54	80	11	1266	26	28	20	24	1.99
12662--14042	343	4.0	343	91	3	2035	26	28	20	24	1.99
13508--13596	26	3.3	27	63	16	67	28	31	17	22	1.97
14890--14956	19	3.8	19	77	22	83	34	11	14	38	1.84
14892--14954	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
14911--14935	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14997--15022	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
14977--15043	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
17352--17453	52	1.9	53	86	2	143	28	23	11	36	1.90
17462--17533	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
17487--17690	78	2.6	78	83	2	239	24	30	17	28	1.97
18661--18892	82	2.7	85	82	6	290	40	11	25	23	1.87
18675--18893	41	5.1	42	83	7	246	40	10	26	21	1.87
18870--19256	61	6.4	61	78	3	341	28	18	26	26	1.98
20247--20273	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
25336--25375	21	1.9	21	89	0	62	57	5	12	25	1.55
32664--32745	4	20.5	4	94	0	128	70	0	4	24	1.06
32665--32745	24	3.4	24	96	0	144	70	0	4	24	1.07
34956--35008	20	2.7	20	81	0	61	30	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35040--35090	20	2.7	19	87	6	68	39	13	15	31	1.87
35985--36453	157	3.0	157	83	2	494	35	12	23	28	1.91
35985--36453	79	6.0	79	82	5	475	35	12	23	28	1.91
39146--39245	43	2.3	43	98	0	191	33	18	15	34	1.91
40187--40953	79	9.8	79	79	5	653	34	12	23	29	1.92
40224--40950	158	4.6	159	78	6	723	34	12	23	29	1.91
40172--40982	236	3.5	234	79	6	809	35	12	23	29	1.91
42631--42756	50	2.5	50	82	0	153	41	12	17	28	1.86
43363--43443	34	2.4	34	82	0	99	41	13	25	18	1.87
43395--43524	42	3.4	37	83	11	149	43	11	25	20	1.85
43400--43525	40	3.1	41	81	13	154	42	11	25	20	1.85
43548--43995	61	7.3	60	80	5	450	29	17	25	27	1.98
43544--43995	182	2.5	182	80	5	491	28	18	25	27	1.98
54927--54961	4	8.8	4	93	0	61	74	0	2	22	0.95
57016--57709	157	4.4	156	83	4	718	35	13	23	27	1.92
57005--57708	236	3.0	233	83	5	824	35	13	23	28	1.92
57005--57729	79	9.2	79	79	6	648	35	12	22	28	1.91
60074--60208	50	2.7	50	85	0	180	40	11	19	28	1.86
60173--60211	20	1.9	21	89	5	62	48	5	17	28	1.68
60802--60894	34	2.7	34	86	3	125	38	11	24	24	1.89
60832--60976	42	3.7	39	78	10	129	39	14	24	21	1.91
60992--61566	61	9.4	60	83	6	640	30	18	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60996--61566	183	3.1	179	84	5	707	30	18	25	26	1.98
74928--75740	79	10.3	79	78	4	744	34	13	24	28	1.92
74931--75739	237	3.4	236	79	2	831	34	13	24	28	1.92
75674--75774	51	2.0	51	86	3	141	36	10	23	28	1.89
79967--80006	20	2.0	20	95	0	71	35	20	12	32	1.90
80064--80115	20	2.7	20	93	3	88	38	17	11	32	1.85
82575--82600	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86577--86629	20	2.7	19	80	5	61	37	18	13	30	1.89
91062--91109	15	3.1	15	84	6	60	52	4	12	31	1.58
96551--96606	19	2.9	19	86	2	76	32	17	12	37	1.88
100909--100936	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
101025--101049	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107596--107625	16	1.9	16	93	6	53	36	6	0	56	1.26
109671--109722	20	2.7	20	85	8	72	28	13	17	40	1.87
109792--109816	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110192--110245	20	2.7	20	91	2	81	33	16	11	38	1.84
110287--110338	21	2.5	21	96	0	95	40	17	11	30	1.85
113439--113505	33	2.0	33	85	0	89	35	11	11	40	1.79
113550--113574	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
113583--113703	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
117472--117522	20	2.5	20	90	3	75	41	13	17	27	1.87
117578--117707	51	2.5	50	80	4	143	31	14	13	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136859--136907	19	2.6	19	100	0	98	40	10	16	32	1.82
136898--136922	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136879--136940	32	1.9	32	86	3	88	38	12	16	32	1.86
144844--144869	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
144824--144887	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
150215--150328	45	2.7	42	76	14	117	36	0	0	63	0.95
150220--150334	40	2.8	39	76	14	126	39	0	0	60	0.97
150299--150346	19	2.4	19	86	6	60	35	0	0	64	0.94
150308--150347	12	3.0	14	82	17	50	37	0	0	62	0.95
150312--150354	21	2.1	20	82	4	50	46	0	0	53	1.00
150352--150428	22	3.5	22	79	16	88	51	0	0	48	1.00
152101--152158	22	2.9	19	82	17	66	44	3	0	51	1.18
152215--152273	27	2.1	29	81	6	68	50	0	1	47	1.11
152357--152405	12	4.2	12	70	19	50	48	2	2	46	1.25
152868--152912	14	3.2	14	84	6	56	42	6	4	46	1.50
152909--152938	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
154713--154777	33	1.9	35	84	6	89	55	4	6	33	1.45
159422--159461	18	2.2	18	95	0	71	40	12	32	15	1.84
161571--161667	33	2.9	33	84	0	122	38	17	13	30	1.88
164152--164176	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
167412--167536	20	5.7	20	69	18	88	41	11	16	30	1.83
167585--167781	104	1.9	103	90	1	313	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174590--174623	16	2.1	16	89	10	52	26	0	2	70	1.01
174908--174963	19	2.9	19	82	12	69	71	0	8	19	1.12
174908--174961	10	5.5	10	73	20	51	72	0	7	20	1.08
176350--176693	156	2.2	156	83	3	435	26	15	19	38	1.91
176350--176717	155	2.4	156	82	4	440	26	16	18	38	1.92
189948--189978	15	2.0	15	93	6	53	25	3	6	64	1.33
195826--195865	22	1.9	20	90	10	62	37	0	0	62	0.95
195805--195876	22	3.3	22	74	16	60	45	0	0	54	0.99
197317--197351	15	2.4	14	90	4	52	71	2	5	20	1.19
197965--198086	61	2.0	61	87	6	176	36	18	18	26	1.94
201947--202001	20	2.8	20	100	0	110	34	10	18	36	1.86
207943--207982	21	1.9	21	94	0	71	17	2	25	55	1.55
208140--208166	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
220259--222403	49	44.8	52	74	15	1142	31	17	25	25	1.97
220314--221614	92	14.0	92	95	1	2289	31	18	25	25	1.97
220314--222403	184	11.2	184	87	6	2802	31	17	25	25	1.97
221636--222403	239	3.2	237	85	5	1026	30	17	26	25	1.97
222403--222640	33	7.2	33	88	5	349	18	17	34	28	1.94
222404--222639	67	3.6	67	89	5	356	18	17	35	28	1.94
222642--223277	34	19.8	33	77	14	472	30	13	34	20	1.91
222744--222803	27	2.2	27	90	0	93	28	16	38	16	1.91
222716--223322	61	9.7	61	78	13	426	30	14	34	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222873--223078	33	6.8	28	78	13	130	28	14	35	21	1.92
222873--222997	59	2.1	60	89	4	191	29	13	34	22	1.92
222771--223281	92	5.3	93	82	11	495	30	13	35	20	1.92
223093--223315	63	3.6	62	85	6	267	32	14	32	20	1.92
223195--223246	27	1.9	27	92	0	86	23	17	36	23	1.95
222715--223322	254	2.4	247	81	10	698	30	14	34	20	1.92
223253--223434	93	2.0	90	80	7	206	30	17	29	23	1.97
223286--223439	62	2.4	63	84	6	179	30	17	28	23	1.97
223317--223441	31	4.0	31	79	12	132	27	17	29	25	1.98
224373--224408	16	2.4	14	86	13	54	0	5	5	88	0.61

Tables:   1   2