genome.fa.s958.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold958
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  296074

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 180 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224658--224708	16	3.2	16	74	20	52	3	3	13	78	1.03
224667--224721	18	3.3	16	80	19	60	5	5	14	74	1.18
231703--231727	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231631--231814	87	2.2	84	83	8	221	35	13	16	34	1.88
231768--231834	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
231790--231814	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234865--234923	20	3.0	20	82	5	66	37	10	10	42	1.73
235683--237035	150	9.1	149	81	6	1377	33	18	20	27	1.96
235683--237035	448	3.0	442	81	6	1523	33	18	20	27	1.96
235683--237035	298	4.5	296	82	5	1462	33	18	20	27	1.96
237043--237342	155	2.0	152	83	3	377	33	19	19	27	1.96
236787--239526	793	3.5	793	93	1	4660	35	16	18	29	1.93
239777--239843	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
240382--240437	21	2.6	22	94	5	96	37	8	25	28	1.86
240425--240487	10	6.1	10	80	7	72	41	4	25	28	1.75
240404--240479	32	2.4	32	95	2	136	39	5	25	30	1.77
240368--240469	53	1.9	53	88	4	152	38	8	24	28	1.85
240511--240646	53	2.6	53	96	0	245	27	17	19	36	1.94
241079--241193	56	2.1	56	98	0	221	31	27	11	29	1.91
242975--243021	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
245577--245643	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
246112--246148	13	2.8	13	83	0	56	37	16	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246199--246244	10	5.0	10	80	20	64	39	8	30	21	1.84
246214--246244	16	1.9	16	100	0	62	38	6	32	22	1.80
246268--246401	53	2.6	52	93	1	223	29	15	17	36	1.91
246321--246442	20	6.6	19	69	20	71	30	15	17	36	1.91
246268--246402	52	2.6	53	93	1	227	29	16	17	36	1.92
249737--249763	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
249712--249780	33	2.1	32	84	10	86	37	17	11	33	1.86
249846--249870	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250422--250465	22	2.0	21	82	4	52	45	20	2	31	1.64
252497--252539	19	2.2	20	84	8	54	53	16	2	27	1.55
256926--256959	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
258564--258593	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
258639--258689	19	2.6	20	87	3	68	33	15	19	31	1.93
260395--260702	151	2.0	151	98	0	598	40	9	17	32	1.81
263506--263536	16	1.9	16	93	0	53	12	3	3	80	0.95
264669--264978	107	2.9	106	82	4	401	13	18	32	35	1.90
264922--264983	26	2.6	25	80	19	78	11	16	32	40	1.83
265635--265667	14	2.4	14	100	0	66	12	6	0	81	0.85
266843--266965	31	4.0	30	75	5	111	15	24	31	28	1.95
267121--267194	34	2.1	34	85	5	94	35	14	29	20	1.93
267139--267318	77	2.4	77	80	2	193	37	13	25	23	1.91
268573--268607	17	2.1	18	89	10	56	5	0	11	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273372--273421	22	2.3	22	89	0	82	14	8	36	42	1.74
273408--273677	47	5.8	47	69	13	166	18	21	32	28	1.97
273456--273519	23	3.0	22	70	9	60	14	23	31	31	1.94
273408--273635	90	2.5	92	82	7	250	17	21	32	28	1.96
273841--273886	18	2.4	18	85	7	56	8	30	15	45	1.76
274270--274318	20	2.4	20	86	3	62	12	8	4	75	1.16
274824--275585	42	18.0	42	79	4	640	38	16	28	16	1.91
274857--275583	169	4.3	170	81	5	805	38	16	28	16	1.91
274824--275583	126	6.0	126	78	6	711	38	16	28	16	1.91
274824--275585	84	9.0	85	80	5	715	38	16	28	16	1.91
278767--278793	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
278778--278834	19	2.9	19	84	5	78	29	15	17	36	1.91
278774--278833	20	3.0	20	80	4	77	30	15	18	36	1.91
286805--286859	21	2.5	22	88	5	85	38	3	34	23	1.73
287384--287445	33	1.9	32	83	9	81	27	11	16	45	1.81
287480--287530	20	2.5	20	90	6	77	37	13	15	33	1.87

Tables:   1   2

The End!