genome.fa.s962.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold962
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160331

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6982--7067	26	3.2	26	66	15	75	29	32	18	19	1.96
6935--7565	55	11.3	55	89	3	924	28	29	20	21	1.98
7430--7517	26	3.3	26	65	20	63	27	32	19	20	1.97
8327--8396	21	3.4	20	88	4	86	37	17	12	32	1.87
8342--8396	20	2.7	21	97	2	103	40	18	10	30	1.85
8432--8499	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
8434--8496	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
8453--8477	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8539--8564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8519--8585	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
10927--11270	51	6.5	51	68	13	151	29	26	12	31	1.92
11103--11276	51	3.4	51	76	4	186	27	27	13	31	1.94
10988--11294	105	2.9	101	74	13	278	28	27	14	30	1.95
13768--13847	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
13834--13872	13	3.0	13	96	0	69	30	15	20	33	1.94
13992--14037	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
16412--16437	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19064--19180	52	2.3	51	88	2	155	45	11	14	28	1.80
24088--24126	3	13.0	3	94	0	69	66	2	0	30	1.05
24125--24166	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
25116--25169	19	2.8	20	78	10	60	25	1	3	68	1.16
25325--25504	90	2.0	90	95	0	324	29	17	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26432--26464	14	2.4	14	90	5	50	66	6	21	6	1.35
27699--27752	19	2.8	20	78	16	60	61	1	1	35	1.18
30012--30046	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
32575--32604	14	2.1	14	100	0	60	43	0	6	50	1.28
33116--33242	52	2.4	54	76	15	133	37	0	6	55	1.25
33155--33230	17	4.6	16	68	23	50	40	0	5	53	1.23
33153--33246	32	2.8	32	77	6	89	37	0	5	57	1.22
33225--33265	16	2.6	16	88	3	57	26	0	7	65	1.18
33297--33327	13	2.4	13	94	0	53	58	0	0	41	0.98
33295--33373	11	7.4	10	78	16	63	67	1	0	31	0.99
33325--33373	19	2.6	18	81	9	53	71	2	0	26	0.97
36659--36708	18	2.6	19	78	9	57	52	8	0	40	1.31
39488--39533	21	2.2	21	88	0	65	43	6	6	43	1.56
41484--41538	18	3.1	16	78	17	56	52	0	0	47	1.00
41576--41627	18	3.1	17	73	26	56	65	0	0	34	0.93
41719--41758	21	1.9	21	84	0	53	60	0	0	40	0.97
41752--41788	17	2.2	17	90	9	58	67	0	0	32	0.91
42896--42920	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
43475--43502	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
45036--45064	6	4.8	6	100	0	58	31	17	17	34	1.93
46147--46196	23	2.2	24	85	10	77	72	0	0	28	0.86
46153--46187	18	1.9	18	88	11	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46324--46348	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
48707--48775	31	2.2	31	94	2	120	33	17	5	43	1.73
51920--51967	15	3.3	15	79	2	53	47	4	0	47	1.21
51959--51994	17	2.1	18	89	5	56	41	5	0	52	1.24
55446--55475	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
55792--55816	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
57336--57373	19	1.9	19	85	15	51	42	2	7	47	1.46
57902--57973	34	2.1	34	84	10	92	56	2	0	40	1.13
59119--59162	20	2.2	20	87	0	61	43	4	15	36	1.68
59624--59973	119	3.0	120	79	12	349	50	6	4	39	1.47
59806--59859	21	2.7	20	85	8	65	53	3	0	42	1.18
60544--60584	21	1.9	22	90	5	66	58	0	0	41	0.98
62347--62383	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
62934--62980	20	2.3	21	82	10	62	61	0	8	29	1.25
65963--65993	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
67786--67831	15	3.1	14	81	12	56	50	6	26	17	1.70
68626--68675	6	8.3	6	84	8	66	50	0	2	48	1.12
68830--68859	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
69579--69618	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
70056--70089	17	2.0	17	94	0	59	26	23	17	32	1.97
72535--72564	13	2.3	13	100	0	60	40	16	30	13	1.87
73450--73484	18	2.0	17	94	5	61	34	11	25	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73437--73622	76	2.4	77	77	7	191	35	11	23	29	1.90
74545--74570	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74525--74588	32	2.0	33	90	3	103	28	10	15	45	1.80
75271--75314	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
76616--76658	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
77090--77114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
79201--79232	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
81035--81079	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
83300--83325	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
83280--83343	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
83280--83343	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
85619--85645	14	1.9	14	100	0	54	18	7	14	59	1.58
87008--87082	20	3.8	20	74	0	78	33	14	13	38	1.85
87990--88028	20	1.9	21	84	5	53	23	12	10	53	1.69
92189--92284	19	5.7	18	70	26	77	32	11	18	37	1.87
92209--92263	13	3.8	13	75	25	56	34	12	18	34	1.89
92190--92289	32	3.1	32	95	0	173	33	11	19	37	1.86
92337--92361	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92370--92498	52	2.5	52	89	0	204	36	17	17	29	1.92
96425--96878	240	1.9	239	87	1	667	33	12	22	31	1.91
99292--99372	33	2.3	34	83	10	101	51	0	0	48	1.00
99638--99687	22	2.3	22	86	3	66	40	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99593--99728	43	3.1	44	66	13	109	36	2	3	56	1.32
99518--100177	299	2.2	298	88	0	996	37	7	7	48	1.60
103643--104678	92	11.4	92	80	5	729	34	15	8	41	1.77
103679--104698	270	3.8	267	82	5	1081	34	15	8	41	1.78
103761--104698	92	10.5	88	80	7	897	34	15	8	41	1.78
104779--104908	24	5.1	24	72	14	107	51	4	3	40	1.38
105153--105281	44	2.9	44	69	17	113	55	3	3	37	1.31
106295--106325	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
111959--112214	10	26.0	10	71	12	172	2	18	47	31	1.61
111970--112141	16	12.3	14	73	20	85	2	20	47	29	1.63
111987--112121	4	36.2	4	70	24	100	0	21	50	27	1.54
111987--112209	18	12.1	18	80	7	171	1	18	48	30	1.59
112138--112207	2	35.0	2	73	0	50	2	11	47	38	1.55
111963--112217	42	5.9	43	76	13	186	2	18	47	31	1.63
112250--112349	28	3.5	28	78	5	110	7	21	49	23	1.73
112239--112349	58	1.9	58	92	0	186	6	18	49	25	1.71
112244--112367	58	2.1	56	81	8	149	8	20	47	23	1.77
113970--114117	76	1.9	76	90	0	233	30	22	12	33	1.92
117548--117583	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
118075--118260	50	3.7	50	86	2	250	31	14	18	35	1.91
118075--118256	100	1.8	100	88	4	278	31	14	18	35	1.91
122591--122835	50	4.9	50	91	0	382	27	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122600--122862	50	5.3	50	87	1	348	29	19	18	32	1.96
123103--123327	14	15.9	14	80	9	224	44	4	9	41	1.55
123122--123331	44	5.2	42	76	13	192	44	3	9	41	1.55
123134--123329	30	6.7	30	83	4	211	44	3	9	41	1.54
124309--124360	21	2.5	20	81	6	68	34	23	1	40	1.66
126446--126502	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
126531--126599	33	2.1	33	83	5	86	31	10	18	39	1.84
132666--132706	13	3.2	13	92	0	64	24	17	14	43	1.86
132671--132710	13	3.1	13	96	0	71	27	15	15	42	1.86
135150--135174	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2