genome.fa.s975.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold975
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287369

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453--1508	1	56.0	1	81	0	67	91	8	0	0	0.43
1453--1508	14	4.0	14	88	6	87	91	8	0	0	0.43
1451--1508	24	2.4	24	91	5	91	89	10	0	0	0.48
2946--3118	29	6.0	29	83	6	174	28	30	17	23	1.97
2940--3109	57	3.0	57	82	5	209	29	31	18	21	1.97
2940--3072	28	4.7	28	84	9	171	31	31	17	19	1.95
3164--3258	33	3.0	32	84	6	113	28	32	17	21	1.96
3251--3818	49	11.7	49	84	6	723	25	26	17	30	1.98
3251--3818	98	5.9	96	89	5	805	25	26	17	30	1.98
3637--3827	91	2.0	94	89	5	289	25	26	17	30	1.97
3728--3865	52	2.6	51	81	12	145	24	24	16	34	1.96
3831--3957	67	1.9	68	86	1	184	23	24	13	38	1.91
4769--4793	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
4857--4881	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
4870--5070	52	3.9	52	91	1	323	32	18	17	31	1.94
12093--12131	19	2.1	19	95	0	69	20	7	5	66	1.36
14339--14391	20	2.7	20	87	0	88	35	18	16	28	1.93
16660--16700	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
16822--16860	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
23016--23041	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
23115--23179	33	2.0	33	93	6	114	40	16	12	30	1.86
24179--24212	3	11.3	3	93	0	59	32	0	64	2	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25442--25491	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
25449--25491	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
31763--31816	20	2.7	20	91	0	81	35	16	14	33	1.90
33139--33166	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
33403--33433	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
35703--35753	20	2.5	21	87	3	77	35	19	7	37	1.81
36287--36728	132	3.4	130	81	6	473	34	9	26	28	1.89
40510--40855	154	2.2	154	76	6	349	39	19	15	24	1.91
43892--44135	83	2.9	84	72	9	221	40	12	26	20	1.88
44588--44707	16	7.6	16	79	5	102	10	21	34	34	1.87
45166--45353	99	1.9	100	83	5	247	48	7	6	37	1.57
45318--45361	19	2.3	19	81	11	54	59	4	0	36	1.18
49010--49055	16	2.9	16	90	0	65	6	15	28	50	1.69
49264--50313	44	24.1	44	71	9	488	41	15	22	20	1.89
49234--50021	132	6.1	131	78	7	703	42	15	22	20	1.89
49675--49903	121	1.9	121	86	1	325	42	17	20	19	1.89
50302--50496	35	5.7	35	75	8	168	42	11	21	25	1.86
50308--50503	103	1.9	103	82	2	250	41	11	20	26	1.86
50481--50569	30	3.0	30	70	8	83	43	8	17	29	1.80
50678--50964	89	3.2	89	79	10	307	31	16	23	28	1.96
53663--54050	79	5.0	77	79	8	367	36	11	22	29	1.89
53678--54050	158	2.4	156	81	6	452	37	10	22	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54018--54061	23	1.9	23	86	9	63	52	0	9	38	1.33
56876--56918	23	1.9	23	90	4	70	9	16	0	74	1.06
59118--59194	20	3.7	22	77	13	74	37	12	10	38	1.78
61366--61601	95	2.5	95	85	0	328	28	26	9	35	1.88
73244--73521	153	1.8	153	85	3	389	39	20	15	24	1.91
74970--75026	14	4.2	13	77	14	53	66	0	3	29	1.08
74970--75020	21	2.5	19	73	20	50	68	0	3	27	1.07
75108--75143	15	2.4	15	86	13	56	50	2	2	44	1.31
77411--77455	23	2.0	23	82	8	56	35	20	11	33	1.88
77873--77903	13	2.4	13	94	0	53	41	12	12	32	1.81
78646--78693	21	2.2	21	85	10	62	31	29	0	39	1.57
87949--88075	22	5.8	22	71	7	78	44	11	10	33	1.75
87948--88057	44	2.5	44	79	2	123	43	11	10	34	1.75
88140--88218	22	3.7	22	84	6	108	40	13	12	32	1.83
90554--90819	59	4.6	59	79	8	271	48	12	10	28	1.74
90595--90782	29	6.5	28	69	19	111	48	12	10	27	1.74
90554--90905	59	6.1	58	75	10	197	47	12	11	28	1.76
90739--90896	56	2.8	57	74	11	153	50	12	12	25	1.75
91484--91538	10	5.4	10	85	12	76	0	12	1	85	0.68
91485--91547	18	3.4	19	80	12	69	1	12	1	84	0.78
91487--91549	15	3.9	17	82	13	57	1	12	3	82	0.86
92333--92370	5	7.6	5	93	0	67	63	18	15	2	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96356--96553	78	2.5	78	80	6	204	40	13	14	31	1.85
96406--96555	78	1.9	80	86	2	214	38	13	14	34	1.85
96406--96590	78	2.3	78	79	3	192	38	13	15	32	1.87
101358--101409	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
105456--105486	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
107546--107586	13	3.2	13	96	0	73	36	19	14	29	1.92
109206--109248	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
109454--109491	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
109459--109504	19	2.4	19	85	3	56	32	0	32	34	1.58
110139--110164	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110121--110184	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
112384--112428	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
114232--114262	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
116489--116534	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
117988--118030	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
118236--118273	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
118241--118286	19	2.4	19	85	3	56	32	0	32	34	1.58
118921--118946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118903--118966	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
120102--120126	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124047--124072	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
124801--124918	61	1.9	61	82	0	146	36	11	26	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124897--125397	52	9.7	51	68	14	206	37	14	23	25	1.92
124999--125205	113	1.8	113	88	0	315	37	13	24	24	1.91
125143--125327	99	1.9	99	85	2	255	37	15	21	25	1.93
125397--125542	62	2.3	64	90	2	224	21	19	32	26	1.97
125397--125542	32	4.6	32	79	10	165	21	19	32	26	1.97
125555--125977	34	12.8	33	72	14	297	36	11	30	21	1.89
125594--125708	27	4.0	27	70	14	86	31	13	33	22	1.92
125560--125734	61	2.9	61	89	0	253	33	12	32	21	1.91
125749--125966	103	2.1	103	84	2	278	39	12	27	20	1.88
125928--126142	91	2.4	91	92	1	362	37	12	30	19	1.89
126215--126495	27	9.7	27	70	17	145	32	10	32	23	1.89
126255--126502	33	8.2	33	67	19	139	35	10	31	22	1.88
126174--126494	86	3.7	85	78	5	297	34	10	31	23	1.89
126290--126370	26	3.1	25	79	10	81	30	11	33	24	1.90
127665--127715	26	2.0	26	84	7	68	3	5	11	78	1.06
127677--127722	14	3.4	13	82	17	58	2	4	10	82	0.89
127676--127729	26	2.0	26	82	10	65	3	5	11	79	1.02
131106--131428	78	4.1	79	81	5	321	27	25	14	32	1.95
131106--131428	79	4.1	79	82	3	319	27	25	14	32	1.95
136647--136685	20	1.9	21	89	5	62	35	12	10	41	1.77
136720--136783	33	2.0	32	84	9	85	28	12	17	42	1.85
139320--139358	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143171--143222	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
159594--159635	8	5.4	8	91	5	59	83	11	4	0	0.79
159968--160010	23	1.9	23	90	4	70	74	0	16	9	1.06
162860--162911	28	1.9	27	88	7	79	26	30	17	25	1.97
162832--163218	158	2.5	157	82	5	473	28	22	11	36	1.90
162831--163218	79	5.0	78	79	7	380	29	22	11	36	1.90
166188--166275	30	2.9	29	72	11	79	28	17	9	45	1.78
166260--166459	35	5.9	34	75	8	183	25	20	11	43	1.85
166255--166449	68	2.8	70	82	3	232	26	19	11	42	1.85
166262--166448	103	1.8	103	83	2	250	25	19	12	42	1.86

Tables:   1   2