genome.fa.s16262.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWUE01016262.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16295, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  334338

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3819--3854	17	2.1	17	94	0	63	41	8	8	41	1.65
8098--8198	33	3.2	32	88	8	120	25	19	10	43	1.84
8115--8198	33	2.7	32	92	5	136	26	17	11	44	1.84
16764--16835	29	2.4	30	83	4	92	33	29	6	30	1.84
20204--20260	12	4.5	12	77	12	60	24	14	8	52	1.69
25550--25581	9	3.6	9	91	0	55	3	50	0	46	1.17
26555--26585	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
30084--30154	9	8.2	9	70	14	51	32	7	39	21	1.80
30100--30152	15	3.5	15	75	10	54	35	7	37	18	1.80
30112--30170	30	2.0	30	89	0	91	33	8	37	20	1.83
30918--31020	45	2.3	45	84	3	127	30	13	14	41	1.84
31293--31342	24	2.1	24	92	0	82	22	18	14	46	1.84
31929--32028	50	2.0	49	92	5	166	40	8	4	48	1.51
31989--32014	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33977--34027	24	2.1	24	100	0	102	31	15	13	39	1.87
37713--37804	47	2.0	47	88	0	139	35	14	14	35	1.86
38149--38194	11	4.3	11	81	10	51	28	2	0	69	1.00
38166--38200	14	2.5	14	90	0	52	28	0	0	71	0.86
38149--38195	25	2.0	23	83	8	58	27	2	0	70	0.99
38163--38195	11	2.9	12	91	8	52	30	0	0	69	0.88
46438--46495	19	3.1	18	80	7	62	27	5	3	63	1.31
47461--47489	14	2.1	14	93	6	51	27	6	17	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47633--47713	40	2.0	41	92	2	137	28	23	18	29	1.98
51612--51643	6	5.3	6	92	0	55	0	46	0	53	1.00
51775--51816	6	7.0	6	94	0	57	16	26	0	57	1.40
51775--51816	12	3.5	12	90	0	66	16	26	0	57	1.40
57674--57740	21	3.2	21	68	16	66	52	14	4	28	1.62
57661--57743	42	2.0	42	95	0	148	48	15	6	30	1.69
57796--57917	56	2.2	54	84	7	165	40	2	19	37	1.65
57809--57919	56	2.0	56	92	0	186	43	1	19	35	1.62
58112--58136	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58133--58323	105	1.8	103	90	2	310	41	7	10	40	1.68
67262--67340	32	2.5	32	100	0	158	16	15	5	63	1.48
76352--76395	11	4.0	11	85	8	54	54	0	0	45	0.99
77304--77561	123	2.1	125	89	7	400	37	10	1	50	1.45
79043--79101	31	1.9	31	89	0	91	32	10	16	40	1.82
79040--79114	31	2.4	31	78	8	89	33	13	14	38	1.85
89244--89275	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89394--90107	237	3.0	238	95	0	1313	31	19	13	35	1.90
90558--90711	76	2.0	76	98	0	299	38	14	27	19	1.90
91232--91277	20	2.2	21	80	3	58	17	10	19	52	1.74
91245--91276	10	3.1	10	95	4	55	12	9	21	56	1.64
91399--91449	22	2.4	21	83	3	66	50	1	1	45	1.24
95561--95613	18	3.1	18	69	23	51	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96103--96159	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
98167--98199	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
108422--108451	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
109903--109964	32	2.0	32	93	3	108	20	22	24	32	1.98
115022--115056	11	3.2	11	91	0	61	0	2	17	80	0.84
117018--117053	18	1.9	19	94	5	65	52	22	0	25	1.47
117980--118060	30	2.7	30	100	0	162	51	7	13	27	1.67
120118--120295	97	1.9	96	87	2	268	34	7	4	52	1.51
123914--124074	60	2.7	59	83	5	207	36	17	18	27	1.93
124116--124283	31	5.6	30	67	17	98	27	16	20	35	1.94
124118--124279	60	2.7	60	90	1	254	27	16	19	36	1.93
125660--125715	28	2.0	28	100	0	112	42	32	3	21	1.70
134500--134531	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
142365--142420	28	2.0	28	100	0	112	17	21	10	50	1.77
149488--149631	22	6.6	21	75	8	96	38	9	12	39	1.75
149529--149631	22	4.7	22	82	7	122	38	10	11	38	1.77
162975--163272	22	13.3	22	70	14	155	38	11	17	33	1.85
163126--163186	21	2.8	21	82	9	61	39	8	14	37	1.76
163317--163529	22	10.1	22	71	13	135	30	12	15	41	1.84
163414--163491	40	2.0	40	82	10	97	32	12	12	42	1.81
163327--163511	62	3.0	59	79	14	173	32	12	14	40	1.83
163440--163528	39	2.2	39	80	11	92	32	12	12	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163870--164014	70	2.1	70	98	0	281	24	6	23	45	1.76
164505--164577	38	1.9	38	97	0	137	27	10	10	50	1.71
164829--164853	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
165623--165697	25	3.0	25	100	0	150	24	32	8	36	1.84
167429--167506	34	2.3	34	91	4	122	37	15	26	20	1.92
169314--169423	37	3.0	37	91	0	193	20	7	30	41	1.79
172112--172140	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
172863--172928	34	1.9	34	81	0	78	34	1	9	54	1.41
172960--173003	22	1.9	24	86	9	65	50	4	6	38	1.50
174912--174969	26	2.3	26	96	3	109	20	25	41	12	1.87
175167--175206	18	2.2	18	100	0	80	15	5	47	32	1.66
176576--176640	26	2.9	21	73	20	67	46	16	6	30	1.72
179139--179186	20	2.4	20	96	0	87	6	31	39	22	1.79
183680--183752	33	2.2	33	100	0	146	31	31	20	16	1.95
190012--190041	15	2.0	15	93	0	51	13	30	6	50	1.67
190599--190643	23	2.0	23	100	0	90	46	13	13	26	1.80
191821--191975	55	2.8	55	95	0	274	50	8	10	30	1.67
191931--192431	100	5.0	100	97	1	941	47	14	6	31	1.69
192456--192510	27	2.1	27	90	6	87	21	5	9	63	1.44
199120--199165	21	2.2	20	81	11	56	15	17	13	54	1.71
199127--199166	21	1.9	21	94	0	71	12	17	12	57	1.65
200896--200938	20	2.2	20	86	0	59	13	23	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203935--203963	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
208779--208811	10	3.4	10	91	8	59	90	0	9	0	0.44
208779--208813	9	3.8	9	96	3	61	88	0	11	0	0.51
213688--213745	29	2.0	30	86	10	84	22	22	10	44	1.82
225483--225539	28	2.0	28	86	0	78	33	22	8	35	1.85
226214--226253	21	1.9	21	89	0	62	65	10	25	0	1.24
256495--256640	72	2.0	72	95	0	265	18	31	30	19	1.96
257400--257434	8	4.4	8	96	0	52	51	5	0	42	1.25
257404--257437	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
259408--259446	16	2.3	17	91	8	62	56	23	7	12	1.62
263497--263544	21	2.3	21	92	0	78	18	2	14	64	1.38
264432--264697	130	2.0	129	83	8	331	42	6	19	31	1.77
267834--267860	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
272163--272379	111	2.0	111	95	0	389	11	22	29	36	1.89
272363--272394	3	10.7	3	100	0	64	0	0	68	31	0.90
274102--274665	22	25.9	22	69	12	204	36	15	9	39	1.80
274341--274466	23	5.6	23	77	10	109	38	15	8	38	1.78
274341--274466	45	2.8	46	82	5	143	38	15	8	38	1.78
274343--274968	44	14.7	44	69	12	168	34	15	9	40	1.80
274365--274573	104	2.0	106	83	3	271	35	16	8	39	1.79
274715--274968	22	11.5	22	72	9	133	33	13	10	42	1.79
274717--274880	88	1.9	88	85	2	231	34	12	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275151--276223	534	2.0	539	89	1	1647	34	14	17	33	1.90
276154--276215	27	2.3	26	81	15	65	43	1	8	46	1.42
277645--277738	45	2.2	44	84	7	122	39	21	5	34	1.76
282854--283077	118	1.9	118	96	1	414	30	17	15	36	1.91
299779--299864	45	1.9	45	100	0	172	22	19	15	43	1.88
300533--300589	28	2.0	28	82	3	69	33	15	22	28	1.95
319408--319453	21	2.2	21	84	0	56	23	30	15	30	1.95
319417--319459	21	2.0	21	90	0	68	20	34	11	32	1.89
319419--319467	21	2.3	21	82	0	62	22	30	12	34	1.91
325792--325841	8	6.4	8	88	4	75	0	8	16	76	1.02

Tables:   1   2